ALL libraries (COBIB.SI union bibliographic/catalogue database)
13.
Raziskovanje vpliva ciklizacije peptida GSYWYNVWF na njegovo afiniteto do človeških imunoglobulinov G = Investigating the effect of GSYWYNVWF peptide cyclization on its affinity for human immunoglobulins G : univerzitetni študijski program Industrijska farmacija
Nabernik, Urša
Peptidi so skupina molekul, sestavljenih iz dveh ali več aminokislinskih ostankov, povezanih s peptidno vezjo. So vsestransko uporabni, med drugim igrajo pomembno vlogo afinitetnih ligandov ...imunoglobulinov (Ig) in so dobra alternativa naravnim Ig-vezavnim proteinom. Ker imajo bolj preprosto zgradbo v primerjavi s proteini, so bolj odporni na ostre pogoje čiščenja afinitetne kromatografske kolone, hkrati pa je njihovo pridobivanje cenejše. Peptidni afinitetni ligandi se selektivno in razmeroma močno vežejo na različne biološke molekule. Zlasti ciklični peptidi izkazujejo veliko selektivnost in afiniteto vezave, saj imajo manj dostopnih konformacij. Zaradi svoje togosti so lahko boljši ligandi od njihovih linearnih različic (če je vezavna konformacija podobna tisti, ki jo ciklični peptid zavzame v raztopini, pride namreč ob interakciji z vezavnim partnerjem do manjšega znižanja entropije, kar je termodinamsko ugodno). Vendar vsaka ciklizacija ne privede nujno do izboljšane afinitete. Nasprotno, lahko celo zelo poslabša afiniteto, če konformacija ob ciklizaciji postane neugodna. Zato je pri načrtovanju takih peptidnih različic smiselno postopno preverjati, kako določene spremembe v strukturi peptida vplivajo na afiniteto. Pri identifikaciji peptidov z visoko afiniteto večkrat uporabljamo tehniko predstavitve na bakteriofagu. To je robustna tehnika, ki olajša identifikacijo močnih in selektivnih peptidnih ligandov za ciljno tarčno makromolekulo. V magistrskem delu smo raziskali vpliv ciklizacije peptida GSYWYNVWF na njegovo afiniteto vezave. Na osnovi linearnega peptida, pridobljenega v pretekli razskavi, smo načrtovali nove ciklične peptidne različice, ki bi bile zmožne še močnejše vezave na regijo Fc IgG v primerjavi z linearnim peptidom. Zasnovane peptide smo predstavili na bakteriofagu ter ovrednotili njihovo vezavno afiniteto s testom ELISA. S takšnim pristopom smo uspešno odkrili peptid 6,11 Cys z aminokislinskim zaporedjem GSYWYCVWFGC (kjer sta cisteinska ostanka povezana z disulfidno vezjo), ki je izkazoval višjo afiniteto do IgG v primerjavi z njegovo linearno različico. Ugotovili smo, da sprememba mesta ciklizacije za samo eno mesto zelo vpliva na konformacijo peptida, ki postane neugodna in ima velik vpliv na vezavo. Ker je načrtovanje peptidov zamudno in ne obljublja želenih rezultatov, smo za lažje iskanje cikličnih peptidov z visoko afiniteto do IgG predlagali delno degeneriran oligonukleotid za pripravo kombinatorične knjižnice. S takim pristopom ohranjamo določene aminokisline na mestih, ki so pomembne za afiniteto peptida, vsa ostala mesta pa so popolnoma randomizirana. Na podlagi rezultatov smo za namen prihodnjih testiranj predlagali oligonukleotid, ki kodira peptidno zaporedje GXYWYCVWFXC, pri čemer X predstavlja randomizirani mesti, na katerih se lahko pojavi katerakoli od proteinogenih aminokislin.
Type of material - master's thesis
; adult, serious
Publication and manufacture - Ljubljana : [U. Nabernik], 2022
It was not necessary to add the material to the shelf.
Bibliographic material was successfully added on shelf.
Adding bibliographical material on shelf was not successful.
Material is already on the shelf.
Permalink
URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year
Impact factor
Edition
Category
Classification
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Select the library membership card:
DRS,
in which the journal is indexed
Database name
Field
Year
Links to authors' personal bibliographies
Links to information on researchers in the SICRIS system
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
