ALL libraries (COBIB.SI union bibliographic/catalogue database)
13.
Določanje mutacijskega statusa gena IGHV pri bolnikih s kronično limfocitno levkemijo z metodo sekvenciranja naslednje generacije = IGHV gene mutational analysis in chronic lymphocytic leukemia patients using next-generation sequencing : magistrski študijski program Laboratorijska biomedicina
Vintar, Staša
Kronična limfocitna levkemija spada med limfoproliferativne novotvorbe, kjer se v periferni krvi bolnika nahaja % 5 x 109 /L klonalnih limfocitov B, ki izražajo na svoji površini označevalce CD5, ...CD19, CD20 in CD23. Gre za izjemno heterogeno bolezen, pri kateri je način zdravljenja, če je potrebno, odvisen od kliničnih, biokemičnih, citogenetskih ter molekularno genetskih parametrov. Neodvisen napovedni dejavnik poteka bolezni je določitev mutacijskega statusa preurejenega variabilnega dela gena za težko verigo imunoglobulina. Ločimo mutiran gen, ki je z zaporedjem najbližje zarodne imunoglobulinske proge skladen v manj ali enako kot 98%, ter nemutiran gen, ki je skladen v več kot 98%. Zlati standard določanja mutacijskega statusa je pomnoževanje tega gena z verižno reakcijo s polimerazo in sekvenciranje po Sangerju. V magistrski nalogi smo vrednotili ustreznost določanja z metodo sekvenciranja naslednje generacije, ki temelji na sekvenciranju s sintezo. Uporabili smo 25 vzorcev ribonukleinskih kislin, pri katerih je bil mutacijski status določen že z referenčno metodo sekvenciranja po Sangerju, jih analizirali še z novo metodo in primerjali rezultate. Zanimal nas je mutacijski status, delež identičnosti z najbolj skladnim zaporedjem zarodne imunoglobulinske proge, skladnost opredelitve preurejenega variabilnega dela gena in alela za težko verigo imunoglobulina, njegova funkcionalnost, skladnost dobljenih nukleotidnih zaporedij in opredelitev stereotipnega Bceličnega receptorja. Določili smo tudi ponovljivost med serijami pri pripravi in analizi knjižnice treh vzorcev. Pri privzeti meji skladnosti z zarodno imunoglobulinsko progo 98% smo ugotovili 100% ujemanje v mutacijskem statusu med obema metodama. Delež identičnosti se je popolnoma ujemal pri 88% vzorcev, pri odstopajočih primerih je bil z novo metodo vedno višji oz. je bil odstotek mutacij nižji. Podobno smo pri 88% vzorcev določili popolno skladnost genov in alelov. Vsi dobljeni geni so bili funkcionalni in popolnoma skladni v B-celičnem receptorju. Skladnost samega zaporedja nukleotidov je bila v vseh primerih skoraj 100%, pri tem je dolžina dobljenih fragmentov precej variirala in bila vedno daljša kot pri določanju z referenčno metodo. Nova metoda je bila popolnoma ponovljiva in primerljiva z referenčno. Zaradi odlične skladnosti rezultatov, večje občutljivosti, možnosti določitve večih preureditev gena in kvantifikacije, lahko zaključimo, da bi vpeljava metode sekvenciranja naslednje generacije v rutinsko delo veliko doprinesla k obravnavi bolnikov v prihodnosti. Pred tem jo bo potrebno še ustrezno standardizirati in validirati.
Type of material - master's thesis
; adult, serious
Publication and manufacture - Ljubljana : [S. Vintar], 2020
It was not necessary to add the material to the shelf.
Bibliographic material was successfully added on shelf.
Adding bibliographical material on shelf was not successful.
Material is already on the shelf.
Permalink
URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year
Impact factor
Edition
Category
Classification
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Select the library membership card:
DRS,
in which the journal is indexed
Database name
Field
Year
Links to authors' personal bibliographies
Links to information on researchers in the SICRIS system
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
