ALL libraries (COBIB.SI union bibliographic/catalogue database)
13.
Ugotavljanje povzročiteljev respiratornih okužb s sekvenciranjem kratkih in dolgih odčitkov = Identification of respiratory pathogens by short and long–reads sequencing : magistrski program laboratorijska biomedicina
Makoter, Izabela
Respiratorne okužbe zaradi bakterij, virusov ali gliv so pomemben vzrok umrljivosti na svetovni ravni. Pri omejevanju širjenja okužb je ključnega pomena čim bolj hitro in točno prepoznavanje ...respiratornih patogenov, pri čemer pa je ključno dobro poznavanje lastnosti metod za njihovo določanje. Slednje je bilo ključno pri obvladovanju pretekle pandemije COVID-19. Namen te magistrske naloge je preučitev variabilnosti diagnostične identifikacije respiratornih patogenov na podlagi primerjave rezultatov kvantitativnega PCR (qPCR) in sekvenciranja kratkih ter dolgih odčitkov. V magistrski nalogi bo podrobneje opisan celoten postopek začetne priprave biološkega vzorca pa do končnega bioinformatsko in statistično ovrednotenega rezultata. Biološke vzorce so predstavljali brisi nosnožrelnega predela (nazofaringealni bris) 35 preiskovancev s sumom na respiratorne okužbe. S qPCR in sekvenciranjem kratkih odčitkov smo analizirali vseh 35, s sekvenciranjem dolgih odčitkov pa 15 vzorcev. Primerjali smo ujemanje rezultatov identifikacije virusov influence A in SARS-CoV-2 in ugotovili, da so vse tri izbrane metode skladne pri 76,92 % od 13 analiziranih vzorcih, metodi qPCR in sekvenciranje kratkih odčitkov sta skladni pri 82,86 % od 35 analiziranih vzorcih, metodi qPCR in sekvenciranja dolgih odčitkov pa pri 84,62 % od 13 analiziranih vzorcih. Diagnostično natančnost določitve virusov influence A in SARS-CoV-2 smo ovrednotili in ugotovili, da sta metodi qPCR in sekvenciranje kratkih odčitkov skladni pri 82,85 %, qPCR in sekvenciranje dolgih odčitkov pri 84,61 %. Sekvenciranje kratkih in dolgih odčitkov sta bili skladni prav tako pri 84,61 % vzorcev. Dobljeni podatki nakazujejo na to, da največjo primerljivost rezultatov glede na identifikacijo izbranih virusnih respiratornih povzročiteljev lahko pripišemo qPCR in sekvenciranju dolgih odčitkov, sledita obe metodi sekvenciranja, ter qPCR in sekvenciranje kratkih odčitkov z enakim odstotkom variabilnosti rezultatov.
Type of material - master's thesis
; adult, serious
Publication and manufacture - Ljubljana : [I. Makoter], 2024
It was not necessary to add the material to the shelf.
Bibliographic material was successfully added on shelf.
Adding bibliographical material on shelf was not successful.
Material is already on the shelf.
Permalink
URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year
Impact factor
Edition
Category
Classification
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Select the library membership card:
DRS,
in which the journal is indexed
Database name
Field
Year
Links to authors' personal bibliographies
Links to information on researchers in the SICRIS system
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
