ALL libraries (COBIB.SI union bibliographic/catalogue database)
-
Analiza in primerjava kemijskih prostorov učinkovin s protibakterijskim delovanjem na organizmih ESKAPE = Analysis and comparison of chemical spaces occupied by compounds with antibacterial properties against ESKAPE organisms : enoviti magistrski študijski program FarmacijaVindiš, SašoAnaliza kemijskih prostorov spojin v velikih podatkovnih bazah se že nekaj časa uporablja kot metoda za odkrivanje novih aktivnih molekul. Farmacevtska podjetja nenehno preiskujejo svoje knjižnice ... spojin v upanju, da bodo odkrila novo spojino vodnico in jo razvila v naslednje uspešno zdravilo. Naš cilj je bil natančno in v širokem obsegu prikazati podobnosti oz. razlike med porazdelitvijo molekularnih lastnosti v kemijskem prostoru spojin, aktivnih na različne mikroorganizme. V ta namen smo analizirali in primerjali kemijski prostor molekul z visoko učinkovitostjo (MIC 1 [mikro]g/mL), ki so bile testirane na mikroorganizmih ESKAPE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa in Enterobacter spp.) in E. coli. Vse spojine, skupaj 8.513 edinstvenih struktur, smo našli v podatkovni zbirki ChEMBL, ki je brezplačen in odprt vir informacij. Najprej smo določili Tanimotov koeficient podobnosti med vsemi spojinami v našem vzorcu in vsemi registriranimi zdravili za sistemsko zdravljenje bakterijskih infekcij (ATC razred J01). Kjer je bila vrednost koeficienta podobnosti med zdravili in molekulami našega vzorca najvišja, smo to molekulo uvrstili v antibiotični razred tega zdravila (pod pogojem, da je njuna podobnost presegala nastavljeni prag). Odkrili smo, da večina spojin (~60 %) ni presegala meje 0,5 Tanimotovega koeficienta, kar kaže na potencial za odkrivanje novih in drugačnih protimikrobnih učinkovin, s katerimi bi lahko zdravili okužbe s patogenimi bakterijami. Nadalje smo izvedli statistične teste med vsemi pari mikroorganizmov (t-test za zvezne in chi2 test za diskretne deskriptorje), kjer smo pokazali stopnjo podobnosti znotraj Gram-pozitivnih in znotraj Gram-negativnih bakterij ter raven razlike med obema paroma mikroorganizmov. Velik del raziskave smo posvetili primerjanju oblik molekul pri teh dveh populacijah. Določili smo 3D-obliko vseh molekul v našem vzorcu in s to informacijo izračunali glavne vztrajnostne momente vsake spojine. Izrisali smo trikotne diagrame PMI, kjer smo pokazali, da so spojine, aktivne na Gram-pozitivne mikroorganizme, po obliki bistveno bolj linearne kot pri Gram-negativnih. Delovni tok, s katerim smo primerjali spojine, aktivne na različne mikroorganizme, smo uporabili tudi za primerjanje razlik v kemijskem prostoru med registriranimi protimikrobnimi in drugimi učinkovinami. Našli smo občutne razlike v porazdelitvi molekularnih lastnosti med tema dvema populacijama zdravilnih učinkovin. Ugotovili smo, da je treba odkrivanje in razvoj novih protimikrobnih učinkovin obravnavati na drugačen način kot pri običajnih učinkovinah.Type of material - master's thesis ; adult, seriousPublication and manufacture - Ljubljana : [S. Vindiš], 2020Language - slovenianCOBISS.SI-ID - 31475203
Author
Vindiš, Sašo
Other authors
Gobec, Stanislav, 1970- |
Jukič, Marko
Topics
Farmacevtska kemija |
kemoinformatika |
kemijski prostor |
ChEMBL |
ESKAPE |
PMI |
glavni vztrajnostni momenti |
akronim mikroorganizmov
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
Library/institution |
City | Acronym | For loan | Other holdings |
---|---|---|---|---|
Faculty of Pharmacy, Ljubljana | Ljubljana | FFALJ |
reading room 1 cop.
|
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
Shelf entry
Permalink
- URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year | Impact factor | Edition | Category | Classification | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP |
Select the library membership card:
If the library membership card is not in the list,
add a new one.
DRS, in which the journal is indexed
Database name | Field | Year |
---|
Links to authors' personal bibliographies | Links to information on researchers in the SICRIS system |
---|---|
Vindiš, Sašo | ![]() |
Gobec, Stanislav, 1970- | 15284 |
Jukič, Marko | 32587 |
Source: Personal bibliographies
and: SICRIS
Select pickup location:
Material pickup by post
Delivery address:
Address is missing from the member's data.
The address retrieval service is currently unavailable, please try again.
By clicking the "OK" button, you will confirm the pickup location selected above and complete the reservation process.
By clicking the "OK" button, you will confirm the above pickup location and delivery address, and complete the reservation process.
By clicking the "OK" button, you will confirm the address selected above and complete the reservation process.
Notification
Automatic login and reservation service currently not available. You can reserve the material on the Biblos portal or try again here later.
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
Pickup location | Material status | Reservation |
---|
Reservation in progress
Please wait a moment.
Reservation was successful.
Reservation failed.
Reservation...
Membership card:
Pickup location: