ALL libraries (COBIB.SI union bibliographic/catalogue database)
13.
Računalniška simulacija regeneracije flavina s kisikom v monoaminskih oksidazah = Computer simulation of flavin regeneration with oxygen in monoamine oxidases : enoviti magistrski študijski program Farmacija
Černjavič, Tjaša
Flavini so derivati riboflavina s triciklično strukturo, imenovano izoaloksazin. Znana encimsko aktivna flavina sta flavinmononukleotid (FMN) in flavinadenindinukleotid (FAD). Gre za redoks aktivne ...koencime, ki katalizirajo različne kemijske reakcije in skupaj z apoproteini tvorijo komplekse imenovane flavoencimi. Med imenovane encime spada monoamin oksidaza (MAO), ki vezana na zunanjo membrano mitohondrijev v reduktivni polreakciji reducira flavin do popolnoma reduciranega flavina (FADH2), v oksidativni polreakciji pa oksidacijo FADH2 nazaj do FAD. Dejstvo, da se flavin lahko popolnoma reducira do FADH2 je pomemben predpogoj za regeneracijo MAO z molekularnim kisikom. Pri regeneraciji nastane vodikov peroksid, ki lahko še naprej reagira in povzroči nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti, ki so odgovorne za oksidativni stres in s tem povezano nevrodegeneracijo. Namen magistrske naloge je bil z uporabo molekulskega modeliranja in kvantne kemije določiti aktivacijsko prosto energijo reakcije flavina s kisikom. Za konstrukcijo tridimenzionalnih modelov smo uporabili program Molden, kvantnokemijske izračune pa smo izvedli s programom Gaussian. Izračune smo najprej izvedli v plinski fazi in nato za realnejšo simulacijo upoštevali še vpliv topila na reakcijo s pomočjo implicitnih modelov z metodo samouglašenega reakcijskega polja in z metodo Langevinovih dipolov. Izračunana aktivacijska energija za našo reakcijo v plinski fazi je bila 49,18 kcal/mol. Po vključitvi reakcijskega polja z implicitnimi modeli topila smo opazili, da so se energijske bariere znižale, in sicer za IEFPCM metodo oziroma model polarizabilnega kontinuuma, podprt s formalizmom integralskih enačb (ang. integral equation formalism polarizable continuum model) je bila vrednost bariere 40,91 kcal/mol, za CPCM oziroma model polarizabilnega kontinuuma s formalizmom prevodnika (ang. conductor-like polarizable continuum model) 40,85 kcal/mol, za SMD oziroma solvatacijski model, ki temelji na elektronski gostoti (ang. solvation model based on density) 33,65 kcal/mol in vrednost pri metodi Langevinovih dipolov 40,82 kcal/mol. Iz rezultatov smo zaključili, da voda znižuje aktivacijsko prosto energijo in pospešuje kemijsko reakcijo v primerjavi s plinsko fazo, in sicer najbolj v primeru SMD solvatacijskega modela. Uspeli smo izračunati proste energije aktivacije in potrditi, da je s kvantnokemijskimi metodami mogoče ovrednotiti reaktivnost regeneracije flavina s kisikom. Ugotovili smo, da reakcija v vodni raztopini brez upoštevanja encimske okolice, ne poteka. V prihodnje bi lahko raziskovali, ali je možno z zaviralci in drugimi učinkovinami vplivati na nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti v flavoencimih.
Type of material - master's thesis
; adult, serious
Publication and manufacture - Ljubljana : [T. Černjavič], 2020
It was not necessary to add the material to the shelf.
Bibliographic material was successfully added on shelf.
Adding bibliographical material on shelf was not successful.
Material is already on the shelf.
Permalink
URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year
Impact factor
Edition
Category
Classification
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Select the library membership card:
DRS,
in which the journal is indexed
Database name
Field
Year
Links to authors' personal bibliographies
Links to information on researchers in the SICRIS system
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
