Faculty of Pharmacy, Lj. (FFALJ)
-
Ugotavljanje povzročiteljev respiratornih okužb s sekvenciranjem kratkih in dolgih odčitkov = Identification of respiratory pathogens by short and long–reads sequencing : magistrski program laboratorijska biomedicinaMakoter, IzabelaRespiratorne okužbe zaradi bakterij, virusov ali gliv so pomemben vzrok umrljivosti na svetovni ravni. Pri omejevanju širjenja okužb je ključnega pomena čim bolj hitro in točno prepoznavanje ... respiratornih patogenov, pri čemer pa je ključno dobro poznavanje lastnosti metod za njihovo določanje. Slednje je bilo ključno pri obvladovanju pretekle pandemije COVID-19. Namen te magistrske naloge je preučitev variabilnosti diagnostične identifikacije respiratornih patogenov na podlagi primerjave rezultatov kvantitativnega PCR (qPCR) in sekvenciranja kratkih ter dolgih odčitkov. V magistrski nalogi bo podrobneje opisan celoten postopek začetne priprave biološkega vzorca pa do končnega bioinformatsko in statistično ovrednotenega rezultata. Biološke vzorce so predstavljali brisi nosnožrelnega predela (nazofaringealni bris) 35 preiskovancev s sumom na respiratorne okužbe. S qPCR in sekvenciranjem kratkih odčitkov smo analizirali vseh 35, s sekvenciranjem dolgih odčitkov pa 15 vzorcev. Primerjali smo ujemanje rezultatov identifikacije virusov influence A in SARS-CoV-2 in ugotovili, da so vse tri izbrane metode skladne pri 76,92 % od 13 analiziranih vzorcih, metodi qPCR in sekvenciranje kratkih odčitkov sta skladni pri 82,86 % od 35 analiziranih vzorcih, metodi qPCR in sekvenciranja dolgih odčitkov pa pri 84,62 % od 13 analiziranih vzorcih. Diagnostično natančnost določitve virusov influence A in SARS-CoV-2 smo ovrednotili in ugotovili, da sta metodi qPCR in sekvenciranje kratkih odčitkov skladni pri 82,85 %, qPCR in sekvenciranje dolgih odčitkov pri 84,61 %. Sekvenciranje kratkih in dolgih odčitkov sta bili skladni prav tako pri 84,61 % vzorcev. Dobljeni podatki nakazujejo na to, da največjo primerljivost rezultatov glede na identifikacijo izbranih virusnih respiratornih povzročiteljev lahko pripišemo qPCR in sekvenciranju dolgih odčitkov, sledita obe metodi sekvenciranja, ter qPCR in sekvenciranje kratkih odčitkov z enakim odstotkom variabilnosti rezultatov.Type of material - master's thesis ; adult, seriousPublication and manufacture - Ljubljana : [I. Makoter], 2024Language - slovenianCOBISS.SI-ID - 193726467
Author
Makoter, Izabela
Other authors
Trebušak Podkrajšek, Katarina |
Šket, Robert, 1988-
Topics
SARS-CoV-2 |
Respiratorna insuficienca |
qPCR |
nazofaringealni bris |
sekvenciranje kratkih odčitkov |
sekvenciranje dolgih odčitkov |
influenca A
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
Call number – location, accession no. ... |
Copy status | Reservation |
---|---|---|
Knjižnica mlab 0000000578 MAKOTER IZABELA Ugotavljanje 0000000364 IN: 0018140 Knjižnica mlab 578 MAKOTER IZABELA Ugotavljanje 364 IN: 0018140 |
available - reading room
|
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
Shelf entry
Permalink
- URL:
Impact factor
Access to the JCR database is permitted only to users from Slovenia. Your current IP address is not on the list of IP addresses with access permission, and authentication with the relevant AAI accout is required.
Year | Impact factor | Edition | Category | Classification | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP |
Select the library membership card:
If the library membership card is not in the list,
add a new one.
DRS, in which the journal is indexed
Database name | Field | Year |
---|
Links to authors' personal bibliographies | Links to information on researchers in the SICRIS system |
---|---|
Makoter, Izabela | ![]() |
Trebušak Podkrajšek, Katarina | 20253 |
Šket, Robert, 1988- | 37426 |
Source: Personal bibliographies
and: SICRIS
Select pickup location:
Material pickup by post
Delivery address:
Address is missing from the member's data.
The address retrieval service is currently unavailable, please try again.
By clicking the "OK" button, you will confirm the pickup location selected above and complete the reservation process.
By clicking the "OK" button, you will confirm the above pickup location and delivery address, and complete the reservation process.
By clicking the "OK" button, you will confirm the address selected above and complete the reservation process.
Notification
Automatic login and reservation service currently not available. You can reserve the material on the Biblos portal or try again here later.
Subject headings in COBISS General List of Subject Headings
Select pickup location
The material from the parent unit is free. If the material is delivered to the pickup location from another unit, the library may charge you for this service.
Pickup location | Material status | Reservation |
---|
Reservation in progress
Please wait a moment.
Reservation was successful.
Reservation failed.
Reservation...
Membership card:
Pickup location: