Hodgkin lymphomas (HLs) are a heterogeneous group of lymphoid neoplasia associated with Epstein-Barr virus (EBV) infection. EBV, considered to be an important etiological co-factor in approximately ...1% of human malignancies, can be classified into two genotypes based on EBNA-2, EBNA-3A and EBNA-3C sequences, and into genetic variants based on the sequence variation of the gene coding for the LMP1 protein. Here, we present the results on the distribution of EBV genotypes 1 and 2 as well as
gene variants in 50 patients with EBV-positive classical HL selected from a cohort of 289 histologically verified cases collected over a 9-year period in a tertiary clinical center in the Southeast of Europe. The population-based sequencing of the
gene showed the exclusive presence of EBV genotype 1 in all cHL samples. The analysis of EBV LMP1 variant distribution showed a predominance of the wild-type strain B95-8 and the Mediterranean subtype with 30 bp deletion. These findings could contribute to the understanding of EBV immunobiology in cHL as well as to the development of a prophylactic and therapeutic vaccine.
Full text
Available for:
IZUM, KILJ, NUK, PILJ, PNG, SAZU, UL, UM, UPUK
Display omitted
•Molecular analyses of archived macrozoobenthos can contribute to ecological studies.•Formaldehyde well preserves morphology and proteins of archived ...macrozoobenthos.•Macroinvertebrates archived in ethanol are suitable for DNA-analysis.•Time gap between sampling and analyses greatly affects organisms’ macromolecules.•Sample preservation greatly depends on the chosen fixative and age of the archive.
The existence of archival collections of macroinvertebrates opens the possibility of using these organisms as biological indicators and model organisms for developing indices of aquatic ecosystem health and stress, which provide a powerful basis for sustainable environmental monitoring and management of water resources. The environmental assessment of urbanization influence on urban stream biota over time can include molecular (proteomic, transcriptomic and genomic) analyses of aquatic insects isolated from archive samples. These analyses could include confirmation of detected species by barcoding, determination of the changes in the expression of specific genes and detection of changes in signaling pathways in cells of the studied organisms. Since the preservation of the organisms’ macromolecules (DNA, RNA and proteins) is a prerequisite for the implementation of molecular methods, the aim of this study was to assess the quality of macromolecule preservation within archival samples of aquatic macroinvertebrates collected in urban streams during last 28 years. Results indicated that the optimal way for archive storage is 3.6% formaldehyde solution if they have a purpose of morphological assessment or protein analyses, and in absolute ethanol for nucleic acids evaluation. Furthermore, it is of great importance that samples are treated with fixative in situ and processed in a laboratory as soon as possible.
Full text
Available for:
GEOZS, IJS, IMTLJ, KILJ, KISLJ, NLZOH, NUK, OILJ, PNG, SAZU, SBCE, SBJE, UILJ, UL, UM, UPCLJ, UPUK, ZAGLJ, ZRSKP
MicroRNAs are a class of small non-coding RNA molecules that regulate gene expression on post-transcriptional level. Their biogenesis consists of a complex series of sequential processes, and they ...regulate expression of many genes involved in all cellular processes. Their function is essential for maintaining the homeostasis of a single cell; therefore, their aberrant expression contributes to development and progression of many diseases, especially malignant tumors and viral infections. Moreover, they can be associated with certain states of a specific disease, obtained in the least invasive manner for patients and analyzed with basic molecular methods used in clinical laboratories. Because of this, they have a promising potential to become very useful biomarkers and potential tools in personalized medicine approaches. In this review, miRNAs biogenesis, significance in cancer and infectious diseases, and current available test and methods for their detection are summarized.
Background
Preserving the optimal quality of DNA and RNA is mandatory for molecular testing in lung adenocarcinoma cytological smears (LACSs).
Methods
DNA and RNA were isolated from 90 frozen ...unstained and 46 May Grünwald Giemsa (MGG) stained LACSs prepared from bronchial washing (BW), bronchial brushing (BB), and pleural effusion (PE) samples during 3 years. Concentrations of nucleic acids in all LACSs were assessed by spectrophotometric analysis. Fragmentation of DNA and RNA was determined by PCR amplification of selected genes. Amplicons of 100, 200, 300, 400, and 600 bp were used for DNA and 108 bp‐long HPRT1 transcript fragment for RNA fragmentation analysis.
Results
Among 90 frozen LACSs, significantly lower DNA concentrations of BB and RNA concentrations of BW samples frozen for 6–10 months were observed in comparison with samples frozen for longer periods (p < .05). Among 46 paired LACSs, 44 (95.7%) frozen and 15 (32.6%) MGG‐stained samples showed 600 bp‐long DNA amplicons. Statistically significant difference (p < .05) in the fragmentation of DNA between frozen and MGG‐stained LACSs was observed (p < .05), with DNA being less fragmented in frozen LACSs. In addition, 33 (71.7%) frozen and 36 (78.2%) MGG‐stained LASCs showed HPRT1 gene amplicon of 108 bp. RNA was less fragmented in 3‐year old MGG‐stained samples than in LACSs frozen for 3 years.
Conclusion
DNA and RNA extracted from frozen and MGG‐stained LACSs showed different results depending on the time of storage and/or type of samples, but in general all samples had adequate quantity and quality for downstream molecular testing.
Full text
Available for:
BFBNIB, FZAB, GIS, IJS, KILJ, NLZOH, NUK, OILJ, SBCE, SBMB, UL, UM, UPUK
Virusi kao najjednostavniji oblici života na Zemlji su tema koja je učenicima vrlo zanimljiva, ali i vrlo apstraktna. S obzirom da su bolesti koje izazivaju virusne čestice dio teme uz koju učenici ...posjeduju određeno iskustvo, moguće je pripremiti simulaciju širenja viroze uz igru uloga i simulaciju tijeka procesa uz elemente izrezane od papira. Kako je poželjno osmisliti simulaciju u kojoj su glavni akteri osobe bliske učenicima, u ovom primjeru za nastavu je zamišljena rođendanska zabava na koju su pozvani svi učenici iz razreda. Učenici su kao aktivni sudionici pozitivno reagirali na ovakav način rada, a poteškoća se kod nekih učenika javila pri izračunavanju stope infekcije te grafičkom prikazu podataka dobivenih simulacijom širenja virusa kao i pri objašnjavanju rezultata koje su iščitali iz grafičkog prikaza.
Epidemiološka situacija vezana uz pandemiju COVID-19, kako u cijelom svijetu, tako i u Hrvatskoj, uvjetovala je određene promjene u organizaciji i provedbi nastavnog procesa. Osim klasične nastave u ...školi, učenici odgojno-obrazovne ishode ostvaruju i kroz mješoviti oblik nastave koji osim nastave u školi uključuje i nastavu na daljinu ili modelom koji podrazumijeva isključivo rad na daljinu. Zbog promjena u provedbi nastavnog procesa se u organizaciji Ministarstva znanosti i obrazovanja i Agencije za odgoj i obrazovanje pristupilo izradi videolekcija, u sklopu podrške učiteljima i nastavnicima, ali i učenicima i njihovim roditeljima, pri izvođenju nastave na daljinu u školskoj godini 2020./2021. Kako su videolekcije na određeni način novitet i učiteljima i učenicima, cilj je bio analizirati uspješnost ostvarivanja odgojno-obrazovnih ishoda uz rad s učenicima putem videolekcija. Utvrđeno je da učenici uglavnom mogu uspješno ostvariti odgojno-obrazovne ishode propisane Okvirnim godišnjim izvedbenim kurikulumom, uz aktivno uključivanje u nastavni proces, ali i da imaju poteškoće u izdvajanju pojmova ključnih za izgradnju temeljnih koncepata i prikazivanju njihovih međuodnosa. S obzirom na reakcije učenika uz određene aktivnosti, zaključeno je kako bi uspješnijem ostvarivanju odgojno-obrazovnih ishoda svakako doprinijela i provedba praktičnih radova ili priprema video materijala njihove provedbe, ako ih učenici ne mogu samostalno izvesti kod kuće.
Cilj ovog istraživanja je analiza konceptualnih mapa uz udžbenike Biologije za osnovnu školu u svrhu utvrđivanja mogućih konceptualnih poveznica za olakšano učenje. U ranijem istraživanju utvrđeno je ...postojanje problema kod usvojenosti koncepta razmnožavanje te su kao najizraženije uočene miskoncepcije uz ključni koncept životni ciklus stanice i organizma te kod razumijevanja koncepta oplodnje. Utvrđene miskoncepcije ukazuju na nužnu promjenu organizacije nastavnih sadržaja biologije, kao i na potrebu uvođenja novih nastavnih strategija s naglaskom na aktivno sudjelovanje učenika. S obzirom na ograničenja nastavnog plana i programa prema kojem su mape pripremane kao sistematizacija uz nastavne teme, a ne kao podrška izgradnji ciljanog koncepta, uočeni problemi nisu u potpunosti podržani, iako omogućavaju 73 % uspješno učenje uz djelomično razrješenje uočenih problema, pod uvjetom da se pravilno primjenjuju u nastavi. U pripremi konceptualne mape prema kurikulumu Biologije koji podržava konceptualni pristup učenju procijenjeno je da pripremljena ekspertna mapa podržava učenje uz razrješenje mogućih miskoncepcija u udjelu većem od 87 %.
Cilj ovog istraživanja bio je odrediti usvojenost i konceptualno razumijevanje koncepta Životni ciklusi kod učenika osnovne škole i gimnazije. U svrhu ostvarenja cilja učenici su rješavali slikovne ...zadatke primjene znanja i konceptualnog razumijevanja u on line sustavu e-učenja MoD. Analiza učeničkih odgovora uključivala je kodiranje odgovora i tumačenje biološkog značenja odgovora. Izdvojeni su i objašnjeni problemi i miskoncepcije vezani uz koncept Životni ciklusi te je analizirana uspješnost učinka kumulativnog provjeravanja. Prosječna riješenost provjere za 10 % odudara od srednje riješenosti provjera iz biologije na nacionalnoj razini. Pogrešan odabir slika za pojedine faze unutar životnog ciklusa upućuje na nedovoljnu vizualizaciju bioloških sadržaja od strane učenika, jer učitelji nisu u poučavanju koristili univerzalne obrasce, odnosno na njih upućivali. Slabije snalaženje učenika u univerzalnom obrascu posljedica je izostanka ili nedovoljne upotrebe grafičkih organizatora znanja tijekom učenja te nedovoljnog naglašavanja principa i poveznica pri poučavanju životnih ciklusa različitih organizama. Na rješavanje zadataka vezanih uz životni ciklus u kumulativnom slijedu učenja utječe složenost zadataka, kao i bolje poznavanje organizama koji se provjeravaju u povezanosti sa iskustvom učenja prema razini obrazovanja. Utvrđene miskoncepcije i problemi ukazuju na potrebu uvođenja nastavnih tehnika kao što je kumulativno učenje, uz izraženiju potrebu za vizualnom i iskustvenom potporom te uspostavljenjem uzročno-posljedičnih veza pri učenju.
Cilj ovog istraživanja je utvrditi razumijevanje makrokoncepta Ravnoteža i međuovisnost u živome svijetu, na temelju odgovora učenika 7. razreda osnovne škole na zadatke sa Županijskog natjecanja iz ...Biologije 2018. godine. Odgovori učenika analizirani su u svrhu procjene sposobnosti učenika u rješavanju zadataka viših kognitivnih razina uz navedeni makrokoncept te uz zadatke koji povezuju više makrokoncepata. Analiza odgovora učenika uključivala je specifično kodiranje odgovora i tumačenje biološkog značenja odgovora učenika. Tijekom analize učeničkih odgovora utvrđeni su problemi i miskoncepcije osobito vezani uz koncept Međuovisnost živog svijeta i okoliša. Statistički značajna razlika utvrđena je kod miskoncepcija i problema vezanih uz proces disanja, te uz načine i uvjete prijenosa malarije. Izdvojeni problemi i miskoncepcije dati će jasnu sliku razumijevanja navedenog makrokoncepta, te će omogućiti učiteljima biologije bolje planiranje nastave pri obradi nastavnih sadržaja koji pružaju kontekst za poučavanje ovog makrokoncepta. Miskoncepcije koje su utvrđene tijekom analize, ukazuju na nužno osuvremenjivanje nastave biologije, te na veću potrebu korištenja primjene znanja, a manje reprodukcije, s naglaskom na iskustveno učenje i što samostalnije učeničke aktivnosti tijekom nastave biologije.
Cilj ovog istraživanja je odrediti usvojenost i konceptualno razumijevanje makrokoncepta Razmnožavanje i razvoj organizma među učenicima 7. i 8. razreda osnovnih škola, na temelju učeničkih odgovora ...na pitanja uz makrokoncept Razmnožavanje i razvoj organizma na Županijskom natjecanju iz biologije 2015. i 2017. godine. Analiza učeničkih odgovora uključivala je specifično kodiranje odgovora i tumačenje biološkog značenja odgovora učenika. Izdvojeni su i objašnjeni problemi koje učenici pokazuju u svojim odgovorima kao i njihove miskoncepcije vezane uz koncept razmnožavanje. Utvrđeno je i opisano postojanje niza problema kod usvojenosti koncepta razmnožavanje te su kao najizraženije uočene miskoncepcije uz ključni koncept životni ciklus stanice i organizma te kod razumijevanja koncepta oplodnje. Utvrđene miskoncepcije ukazuju na nužnu promjenu organizacije nastavnih sadržaja biologije, kao i na potrebu uvođenja novih nastavnih strategija s naglaskom na aktivnost i samostalni rad učenika.
PDF
