Background Paspalum dilatatum Poir. (common name dallisgrass) is a native grass species of South America, with special relevance to dairy and red meat production. P. dilatatum exhibits higher forage ...quality than other C4 forage grasses and is tolerant to frost and water stress. This species is predominantly cultivated in an apomictic monoculture, with an inherent high risk that biotic and abiotic stresses could potentially devastate productivity. Therefore, advanced breeding strategies that characterise and use available genetic diversity, or assess germplasm collections effectively are required to deliver advanced cultivars for production systems. However, there are limited genomic resources available for this forage grass species. Results Transcriptome sequencing using second-generation sequencing platforms has been employed using pooled RNA from different tissues (stems, roots, leaves and inflorescences) at the final reproductive stage of P. dilatatum cultivar Primo. A total of 324,695 sequence reads were obtained, corresponding to c. 102 Mbp. The sequences were assembled, generating 20,169 contigs of a combined length of 9,336,138 nucleotides. The contigs were BLAST analysed against the fully sequenced grass species of Oryza sativa subsp. japonica, Brachypodium distachyon, the closely related Sorghum bicolor and foxtail millet (Setaria italica) genomes as well as against the UniRef 90 protein database allowing a comprehensive gene ontology analysis to be performed. The contigs generated from the transcript sequencing were also analysed for the presence of simple sequence repeats (SSRs). A total of 2,339 SSR motifs were identified within 1,989 contigs and corresponding primer pairs were designed. Empirical validation of a cohort of 96 SSRs was performed, with 34% being polymorphic between sexual and apomictic biotypes. Conclusions The development of genetic and genomic resources for P. dilatatum will contribute to gene discovery and expression studies. Association of gene function with agronomic traits will significantly enable molecular breeding and advance germplasm enhancement.
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DOBA, IZUM, KILJ, NUK, PILJ, PNG, SAZU, SIK, UILJ, UKNU, UL, UM, UPUK
Se analizó el comportamiento germinativo de las unidades de dispersión y de cariopses de tres poblaciones de Setaria lachnea (Nees) Kunth (Santa Fe, La Pampa y Jujuy). Con el objetivo de discriminar ...los efectos de barrera a la entrada de agua y oxígeno de la presencia de inhibidores, se incubaron para su germinación: I) cariopses vestidos con sus envolturas (espiguillas), II) cariopses desnudos con sus envolturas y III) cariopses desnudos. Además, se estimó el efecto de años de cosecha, de pretratamientos con una solución osmótica (Polietilenglicol (PEG) 25%) y de KNO3 como substrato, sobre el comportamiento germinativo para una de las poblaciones (Jujuy). La población de Santa Fe mostró la mayor germinación total (42%), mientras que la de Jujuy la más baja (15%). Estas diferencias fueron explicadas por la variación genética entre los materiales analizados. Las diferencias entre tratamientos permitieron determinar que la causa de dormición en estas poblaciones era la presencia de inhibidores en las envolturas que protegen al cariopse. El efecto barrera que imponen las envolturas mostró ser un factor secundario. El KNO3 como substrato redujo la germinación total tanto en las unidades de dispersión como en cariopses. El pretratamiento con PEG no afectó la germinación total, pero implicó una germinación más rápida. El año de cosecha afectó a la germinación tanto de los cariopses como de las unidades de dispersión. Los resultados muestran que el comportamiento germinativo de los materiales analizados de Setaria lachnea fue condicionado por el genotipo, el año de cosecha, las condiciones hídricas previas a la incubación y el nivel de nitratos durante la incubación.
Antarctic hair grass (Deschampsia antarctica E. Desv.), the only grass indigenous to Antarctica, has well-developed freezing tolerance, strongly induced by cold acclimation. Here, we show that in ...response to low temperatures, D. antarctica expresses potent recrystallization inhibition (RI) activity that, inhibits the growth of small ice crystals into potentially damaging large ones, is proteinaceous and localized to the apoplasm. A gene family from D. antarctica encoding putative homologs of an ice recrystallization inhibition protein (IRIP) has been isolated and characterized. IRIPs are apoplastically targeted proteins with two potential ice-binding motifs: 1-9 leucine-rich repeats (LRRs) and c. 16 'IRIP' repeats. IRIP genes appear to be confined to the grass subfamily Pooideae and their products, exhibit sequence similarity to phytosulphokine receptors and are predicted to adopt conformations with two ice-binding surfaces. D. antarctica IRIP (DaIRIP) transcript levels are greatly enhanced in leaf tissue following cold acclimation. Transgenic Arabidopsis thaliana expressing a DaIRIP has novel RI activity, and purified DaIRIP, when added back to extracts of leaves from non-acclimated D. antarctica, can reconstitute the activity found in acclimated plants. We propose that IRIP-mediated RI activity may contribute to the cryotolerance of D. antarctica, and thus to its unique ability to have colonized Antarctica.
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BFBNIB, FZAB, GIS, IJS, KILJ, NLZOH, NUK, OILJ, SBCE, SBMB, UL, UM, UPUK
El objetivo de este trabajo fue analizar el comportamiento germinativo de semillas dePaspalum dilatatum Poir. provenientes de poblaciones de posición topográfica intermedia y baja y de diferentes ...historias de uso (clausura y pastoreo). Se utilizaron condiciones de incubación de alternancia de luz y temperatura (20oC 16 hs. oscuridad - 35oC 8 hs.luz) y oscuridad y temperatura constante (25oC). Previo a la incubación la mitad de las semillas se colocaron en condiciones de inmersión, por la relación de estas poblaciones con eventos naturales de inundación. Se estimó la germinación total a través del número de semillas germinadas a los 30 días y la germinación inicial a través de un índice basado en el descripto por Maguire.Tanto la inmersión en agua como la incubación en condiciones de luz y alternancia de temperaturas aumentaron significativamente la germinación inicial y total. La germinación inicial y totaltambién fue afectada por la condición de incubación mostrando en condiciones de luz y alternancia de temperatura valores superiores. La germinación inicial mostró interacciones significativas entre la ubicación topográfica y la condición de incubación y entre esta última y la historia de uso.Las diferencias en la germinación inicial entre condiciones de incubación fueron mayores en las poblaciones deposición topográfica intermedia que en las de posición media y en las provenientes de ambientes pastoreados que en las de clausuras. La interacción entre historia de uso y condición de incubación puede ser explicada por las diferencias en los tamaños de semillas generados en ambientes pastoreados y clausurados respectivamente.
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