La domesticación de plantas y animales permite estudiar diferentes procesos evolutivos, como la selección, adaptación y especiación. En este artículo se describen avances recientes en el estudio de ...las calabazas, las cuales constituyen el género Cucurbita (Cucurbitaceae) siendo un grupo de plantas herbáceas americanas que incluyen entre 12 y 15 especies. Cucurbita ha tenido seis eventos de domesticación, de los cuales cuatro sucedieron en México. Este es un género relativamente reciente, que surgió en Norte América hace 16 millones de años y sus especies cultivadas mantienen una alta variación genética; Cucurbita pepo es la especie que presenta mayor variación genética,variación asociada a dos domesticaciones independientes, una en el norte de México, y otra en el Sureste de los Estados Unidos. En otra especie, Cucurbita argyrosperma, sus poblaciones de la Península de Yucatán, representan una poza genética diferenciada del resto de la especie. El estudio del genoma de C. argyrosperma y taxa cercanos ha revelado las regiones de su genoma asociadas a la domesticación. Las poblaciones de las especies de este género representan una fuente de importantes recursos genéticos frente al cambio climático y constituyen un buen sistema para el estudio de la domesticación y de diferentes procesos evolutivos.
Estudios previos del género Phyllophaga Harris, 1827 han aportado evidencias que permitirían restituir al subgénero Chlaenobia Blanchard, 1850 a nivel de género. Por otra parte, sugieren que ...Chirodines Bates, 1888 podría constituir una rama del tronco ancestral de las especies incluidas en Chlaenobia pues con ellas comparte el mayor número de caracteres morfológicos. Para comprobar el estatus de Chlaenobia y corroborar la monofilia de Chlaenobia+Chirodines se realizó un estudio filogenético basado en parsimonia, que incluyó 12 representantes de estos subgéneros y 88 taxones de otros grupos de Phyllophaga s. lato. La topología obtenida en el árbol de consenso estricto muestra que los límites de Chlaenobia son muy claros (bootstrap del 80%), sustentados por 3 sinapomorfías y una combinación de 4 estados de carácter que no son exclusivos para el grupo. Con base en la hipótesis obtenida se propone la revalidación de Chlaenobia como género y la sinonimia de Chirodines.
Previous studies of the genus Phyllophaga Harris, 1827 have provided evidence that would allow the subgenus Chlaenobia Blanchard, 1850 to be restored at the genus level. Moreover, they suggest that Chirodines Bates, 1888 could be a branch of the ancestral stem of species included in subgenus Chlaenobia, because it shares with them the highest number of morphological characters. To test the Chlaenobia status and to corroborate the monophyly of Chlaenobia+Chirodines, a phylogenetic study based on parsimony, including 12 representatives of such genera and 88 taxa of other groups of Phyllophaga s. lato was carried out. The topology obtained in the strict consensus tree shows that the Chlaenobia limits are very clear (bootstrap of 80%), supported by 3 synapomorphies and a combination of 4 character states that are not exclusive to the group. Based on the hypothesis obtained, the revalidation of Chlaenobia as genus and the synonymy of Chirodines are proposed.
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En el presente trabajo indagamos en una concepción cognitiva del lenguaje a través de un examen de la “hipótesis del recableado” propuesta por Bermúdez (2005), según la cual la adquisición del ...lenguaje (tanto en la ontogenia como en la filogenia) genera una profunda reestructuración de la arquitectura de la cognición, haciendo posibles nuevas formas de procesamiento y representación. Con el fin de evaluar esta hipótesis, exploramos sus dimensiones ontogénica y filogénica, concluyéndose que la evidencia disponible solo respalda cierta versión filogénica de esta hipótesis. Más precisamente, que durante la evolución del lenguaje se habría “recableado” la cognición haciendo posible la capacidad de meta-representación, en tanto que durante la adquisición de una lengua no se produce una reconfiguración sustantiva de la arquitectura de la cognición.
Resumen Introducción y objetivo Las secuencias de proteasa y transcriptasa reversa del VIH-1 aportan una información muy valiosa para el manejo de la infección por VIH, más allá de la información de ...resistencias a los antirretrovirales. En nuestro estudio la hemos utilizado para evaluar las cadenas de transmisión, la transmisión de resistencias entre ellos, y para conocer la distribución espacial de los diferentes subtipos utilizando técnicas de georreferenciación. Métodos Hemos estudiado 693 pacientes diagnosticados de VIH-1 durante el periodo 2005-2012, todos ellos residentes en Andalucía Oriental. La secuencia del gen pol (transcriptasa reversa y proteasa) se generó utilizando Trugene® HIV Genotyping Kit (Siemens, NAD). La historia evolutiva fue inferida a través de MEGA 5.2 mediante el método de Neighbor-Joining. Para la filogeografía y el estudio de resistencias utilizamos ArcGIS y REGA. Resultados Doscientos noventa y ocho pacientes se asociaron en 77 clusters diferentes. La mayoría de los cluster estaban formados por parejas (n = 49), de hombres que practican sexo con hombres (n = 26), de nacionalidad española (n = 37), con una edad menor a 45 años (73,5%). Las áreas de mayor heterogeneidad de subtipos fueron el área metropolitana de Granada y las zonas de costa de Almería y Granada. Hemos encontrado 5 cluster con más de 10 individuos. En 15 cluster detectamos mutaciones de resistencia. Conclusiones Presentamos datos que demuestran que el estudio epidemiológico de los diferentes clusters de transmisión de VIH mediante análisis filogenético se presenta como una herramienta potente y de gran utilidad para la vigilancia y control epidemiológico de la propagación del VIH, que puede ayudar a diseñar actuaciones eficaces para prevenir la diseminación del VIH.
RESUMEN Se describe una especie nueva de rana del género Chiasmocleis de los bosques montanos del suroriente del Ecuador, en las laderas occidentales de la Cordillera del Cóndor, entre 1.025-1.630 m ...de altitud. En base a nuevas secuencias de ADN mitocondrial y nuclear presentamos las relaciones filogenéticas de la nueva especie y sus congéneres. La filogenia muestra una relación cercana a C. antenori, C. carvalhoi, C. magnova, y C. tridactyla. La nueva especie forma parte de un clado integrado por especies que previamente habían sido asignadas al género Syncope. Este clado es hermano de otro conformado por el resto de especies de Chiasmocleis. La nueva especie difiere de sus congéneres por su dorso café ladrillo a café obscuro (sepia) cubierto por puntos diminutos blanco-amarillentos. Chiasmocleis parkeri sp. nov. se parece a Chiasmocleis antenori por la ausencia del dedo I, tanto en las manos como en los pies, pero difiere en la coloración, la disposición y tamaño de las manchas claras y la ausencia de una línea clara en la región cantal. La especie nueva presenta algunos rasgos que le distinguen de especies similares. Describimos el canto, caracterizado por tener notas sin pulsos y aportamos datos ecológicos de la localidad típica y áreas adyacentes.
The economic and ecological importance of genus Pinus has been universally recognised. However, there is still not a good consensus phylogeny that goes down to the species level. In addition there is ...not aconsensus barcode marker for land plants. This is mainly due to low genetic variability in pines and/or inadequate selection of molecular markers. We propose the matK marker to be used in the whole length of the gene for better results instead of only the barcode region of matK used in many studies. We also evaluate the variability and substitution saturation of a new marker recently proposed, ycf1, and search for conflicting phylogenetic signals between the two markers. We downloaded all the matK sequences for Pinusavailable on GenBank longer than 1600 base pairs and all ycf1 sequences for those species. The statistics of the resulting alignments where analysed and compared to other studies. The alignments where then subjected to two types of phylogenetic analyses, maximum likelihood and bayesian inference. The phylogenetic and barcode performance of the matK marker significantly increased when using its whole length. The phylogenetic performance of ycf1 was not significantly affected by the removal of the supposedly saturated region but could have saturation issues if used above the genus level. Globally the ycf1 marker was found to be more useful than matK for phylogenetic inference of pines as well as to serve as a barcode marker for the genus. Finally we provide a recommendation on how the two markers should be used for better resolved pine phylogenies.
A pesar de la importancia ecológica y económica mundial del género Pinus, aún no hay una filogenia de consenso del género que llegue hasta el nivel de especie. Asimismo tampoco existe un marcador “código de barras” de consenso para las plantas terrestres. Esto se debe principalmente a la reducida variabilidad genética de Pinus y/o a la inadecuada selección de marcadores. Para obtener mejores resultados, proponemos que el marcador matK se utilice en su longitud total en lugar de solo la región “código de barras” habitualmente utilizada. También evaluamos la variabilidad y susceptibilidad a la saturación de un marcador recientemente propuesto, ycf1. Se descargaron todas las secuencias de matK presentes en GenBank del género Pinus de longitud igual o superior a 1600 nucleótidos, y todas las secuencias de ycf1 para esas especies. Las estadísticas de los alineamientos de secuencias resultantes fueron analizadas y comparadas con otros estudios. A continuación se realizaron análisis filogenéticos mediante el método bayesiano y el de máxima verosimilitud. También se hizo un estudio de saturación del marcador ycf1. El desempeño de matK mejoró significativamente al utilizar la longitud total, corroborando la hipótesis inicial. Otro hallazgo fue que la variabilidad de matK se reparte de manera relativamente uniforme por toda la longitud del marcador. Como se esperaba ycf1 tuvo un nivel de variabilidad mucho mayor. No se constató saturación en ycf1 pero se recomienda precaución en su uso por encima de la categoría taxonómica del género. También se comentan dos conflictos encontrados entre la señal filogenética de matK e ycf1.
RESUMEN El departamento de Nariño ocupa el cuarto lugar como productor de cebolla de rama, a nivel nacional. En los últimos años, su producción y área de cultivo se han reducido por múltiples ...limitantes, destacándose, como la más importante, la susceptibilidad al ataque de hongos causantes de pudriciones radicales, los cuales, perjudican el sistema productivo y la rentabilidad. El objetivo del estudio fue caracterizar morfológica y molecularmente las poblaciones de Fusarium, asociados a la enfermedad de pudrición basal de cebolla de rama. Para ello, en los municipios de Pasto, Potosi y Buesaco, se colectaron plantas con síntomas de pudrición basal, acompañada de necrosis de raíces y ablandamiento de tejido. En el laboratorio de Sanidad Vegetal de la Universidad de Nariño, se sembraron tejidos en medio PDA y, a continuación, se purificaron los aislamientos para su posterior caracterización morfológica y molecular. El estudio morfológico, se realizó usando claves taxonómicas para el género Fusarium y la caracterización molecular con cebadores específicos para el género Fusarium y mediante secuenciación. Finalmente, se realizó un análisis filogenético de la variabilidad intraespecífica. Los resultados de la caracterización morfológica y molecular corroboran la presencia de dos especies dentro del género asociadas a esta patología, F. oxysporum f sp. cepae y F. solani. Los análisis filogenéticos muestran alta variabilidad intraespecífica entre los aislamientos de F. oxysporum y F. solani, formando dos complejos Fusarium oxysporum (FOSC) y Fusarium solani (FSSC), manifestando que estas especies no parten de un ancestro común.
El Sistema del Complemento parecía ser propio de los vertebrados. Los estudios llevados a cabo sobre la estructura de genomas completos en algunas especies, nos muestra que los genes del Sistema del ...Complemento de los mamíferos tienen sus homólogos parálogos en modelos genómicos del protocordado anfioxo que serían el origen genético de los tetrápodos. En los agnados y las lampreas sobreviven funciones primitivas, genes y proteínas de este Sistema. Es importante el hallazgo de sistemas funcionalmente análogos a los del Complemento en diferentes especies. El Complemento está muy asociado a la función de la respuesta inmunológica, a los fenómenos inflamatorios y a la coagulación. Su principal mecanismo antimicrobiano es la lisis de las células extrañas mediante una reacción en cascada de factores. Evolutivamente el Complemento pasó de ser un mecanismo efector independiente en el origen de los vertebrados, a estar asociado a la respuesta inmunológica, tanto lítica como antiinflamatoria. Las observaciones y estudio de estos mecanismos efectores de los vertebrados anamniotas ofrecen una mirada al pasado evolutivo.
El Potato virus Y (PVY) es el virus más limitante de los cultivos de solanáceas en el mundo. Este virus tiene una alta diversidad de variantes gracias a sus altas tasas de mutación y recombinación ...genética. En este estudio se realizó un análisis filogenético de 24 aislamientos de PVY obtenidos en cultivos de papa y tomate de árbol de tres regiones de Colombia, con base en la secuenciación parcial del gen de la cápside viral (CP). Adicionalmente, en 12 de los aislamientos, se secuenció completamente dicho gen, con el fin de evaluar su similitud a nivel de aminoácidos con respecto a secuencias de referencia mundial. Los resultados indicaron la presencia de tres variantes principales de PVY en el país (denominadas I-Col, II-Int y IV-Col), dos de las cuales (I-Col y IV-Col) no se asociaron con ninguna secuencia de referencia de las razas tradicionales de PVY; mientras que el tercer grupo hizo parte del clado representando el linaje PVY N/NTN. Los tres grupos incluyeron conjuntamente cepas de papa y tomate de árbol, lo que permite inferir que ambas especies son hospedantes alternos de los mismos genotipos del virus. El análisis de aminoácidos de CP, reconfirmó la presencia de las tres variantes, aunque la variante I-Col se presentó asociada con dos aislamientos recombinantes (PVY NTN x PVYNE-11) del Brasil, pero con un bajo soporte de bootstrap. Los resultados obtenidos señalan la necesidad de ajustar los sistemas de diagnóstico del PVY y profundizar en la caracterización biológica de las variantes de este virus en Colombia.
RESUMEN Introducción. En Venezuela existen pocos reportes que describan las bases genéticas del potencial patogénico y filogenético de las cepas de Escherichia coli provenientes de hospitales. ...Objetivo. Determinar la diversidad genética de cepas extraintestinales de E. coli productoras de las betalactamasas TEM, SHV y CTX-M asociadas a la atención de salud. Materiales y métodos. Se estudió una colección de 12 cepas extraintestinales de E. coli con sensibilidad disminuida a las cefalosporinas de amplio espectro. La sensibilidad antimicrobiana se determinó por concentración inhibitoria mínima. La detección de los grupos filogenéticos, de los factores de virulencia y de los genes que codifican la resistencia antimicrobiana se hizo mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa y la relación clonal se estableció mediante reacción en cadena de la polimerasa de elementos palindrómicos extragénicos repetitivos (Repetitive Element Palindromic-PCR, rep-PCR). Resultados. Todas las cepas analizadas presentaron resistencia a las cefalosporinas, y resistencia conjunta a quinolonas y aminoglucósidos. La distribución filogenética evidenció que los grupos A y B1 fueron los más frecuentes, seguidos por D y B2; en este último, se detectaron todos los factores de virulencia evaluados, y el gen más frecuente fue el fimH. En todas las cepas analizadas, se encontró bla CTX-M, con predominio de las bla CTX-M-8, y en dos de estas cepas se evidenció la presencia simultánea de bla CTX-M-9, variantes bla CTX-M-65 y bla CTX-M-147. Conclusión. Las cepas estudiadas demostraron diversidad genética y albergaron diferentes genes de virulencia y betalactamasas de espectro extendido (BLEE) sin predominio de ningún filogrupo en particular. Este estudio constituye el primer reporte de la variante bla CTX-M-65 en Venezuela y de la variante bla CTX-M-147 en el mundo, en cepas no relacionadas genéticamente aisladas de hospitales, situación que merece atención y la racionalización del uso de los antimicrobianos.
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