Gliomi so najpogostejši primarni možganski tumorji. Po novih smernicah jih razlikujemo na podlagi molekularnih markerjev, kar daje pomembno podlago za razvoj zdravljenja po meri bolnika. Tipizacija ...tumorjev je lahko invazivna s pomočjo biopsije in neinvazivna. Slednja v zadnjem času pridobiva veliko vlogo zaradi razvoja radiogenomike, ki proučuje povezavo med slikovnimi fenotipi tumorjev in genomiko. Magnetnoresonančna ocena tumorjev, pri kateri uporabljamo številne standardne in funkcionalne sekvence, omogoča neinvazivno tipizacijo tumorjev glede na specifične morfološke značilnosti posameznih vrst tumorjev s posameznimi molekularnimi markerji. Po pregledu obstoječe literature so avtorji v članku opisali slikovne značilnosti treh tumorskih genotipov, in sicer mutacije izocitratne dehidrogenaze, kodelecije 1p19q in metilacije promotorja metilgvanin metiltansferaze. Kljub hitremu razvoju radiogenomike primanjkuje obširnih študij z dovolj velikimi in standardiziranimi vzorci bolnikov, ki bi podale zanesljivejše rezultate.
Genska banka hmelja zagotavlja dolgoročno gensko pestrost in ohranitev biotske raznovrstnosti v kmetijstvu. Na Inštitutu za hmeljarstvo in pivovarstvo Slovenije predstavlja genska banka hmelja zbirko ...akcesij hmelja, nabranih na naravnih rastiščih hmelja v Sloveniji in na območju bivše Jugoslavije, ter slovenske sorte hmelja. V kolekciji avtohtonega hmelja ženskih rastlin, ki je bila nabrana v začetku sedemdesetih let na območju bivše Jugoslavije, imamo zbranih 25 različnih akcesij hmelja. Zbirko genskih virov hmelja vsako leto povečujemo z novo nabranim materialom. Pri žlahtnjenju novih sort hmelja je takšna kolekcija avtohtonega, genetsko raznolikega materiala izrednega pomena. V članku so predstavljeni rezultati vrednotenja divjih genotipov, pridobljeni z molekulskimi pristopi.
Genska banka koruze na Oddelku za agronomijo Biotehniške fakultete v Ljubljani je ena od najstarejših in najobsežnejših genskih bank kmetijskih rastlin v Sloveniji. Prve populacije, ki jih hranimo so ...bile nabrane že v začetku 50. let. Trenutno hranimo v genski banki skupno 587 genotipov koruze, od katerih je največ domačih populacij trdink ter iz njih vzgojenih samooplodnih linij z različno stopnjo homozigotnosti. Njen glavni namen je ohraniti živost oz. kalivost hranjenega genskega materiala. Ker ga hranimo na srednjeročni način (pri temp. 4-6 °C, z do 8 % vlage v zrnju), ki zagotavlja ustrezno kalivost približno 20 let, je za dolgoročno ohranjanje živosti genskega materiala, le-tega potrebno kontinuirano obnavljati in razmnoževati na selekcijskem polju z ročno izolacijo in opraševanjem. Z obnavljanjem genotipov poteka istočasno tudi opis in vrednotenje po deskriptorjih IPGRI ter v sklopu drugih projektov še dodatno proučevanje na druge gospodarske lastnosti, pomembne za velik in kakovosten pridelek. Rezultati vrednotenja in proučevanja dokazujejo, da hranimo vreden material, ki bi ga v bodoče bilo potrebno intenzivneje vključiti v žlahtnjenje novih kultivarjev.
Opisana je zgodovina hranjenja in vzgoje novih sort krompirja v Sloveniji, od prvih sortnih poskusov leta 1895 na Ljubljanskem barju, do varietetnega vrta po letu 1935 na Bokalcah. Z vzgojo novih ...sort so na Kmetijskem inštitutu Slovenije začeli leta 1949 in do leta 1999 vzgojili 15 novih slovenskih sort krompirja. Z novim programom žlahtnjenja smo po letu 1993 vzgojili 9 na PVY odpornih sort krompirja. Slovenske sorte krompirja: 'Igor', 'Cvetnik', 'Dobrin', 'Jubilej', 'Karmin', 'Vesna', 'Matjaž', 'Jana', 'Jaka', 'Meta', 'Tone', 'Kresnik', 'Cita', 'Pšata', 'Bistra', 'KIS Mirna', 'KIS Sora', 'KIS Sotla', 'KIS Kokra', 'KIS Mura', 'KIS Vipava' in 'KIS Krka' se hrani na Kmetijskem inštitutu Slovenije v laboratoriju za tkivne kulture in vitro kot rastline in mikrogomolje ter kot rastline v mrežniku in na polju. Sortno pristnost zagotavljamo z metodo mikrosatelitskih markerjev.
Opisana je zgodovina hranjenja in vzgoje novih sort krompirja v Sloveniji, od prvih sortnih poskusov leta 1895 na Ljubljanskem barju, do varietetnega vrta po letu 1935 na Bokalcah. Z vzgojo novih ...sort so na Kmetijskem inštitutu Slovenije začeli leta 1949 in do leta 1999 vzgojili 15 novih slovenskih sort krompirja. Z novim programom žlahtnjenja smo po letu 1993 vzgojili 9 na PVY odpornih sort krompirja. Slovenske sorte krompirja: 'Igor', 'Cvetnik', 'Dobrin', 'Jubilej', 'Karmin', 'Vesna', 'Matjaž', 'Jana', 'Jaka', 'Meta', 'Tone', 'Kresnik', 'Cita', 'Pšata', 'Bistra', 'KIS Mirna', 'KIS Sora', 'KIS Sotla', 'KIS Kokra', 'KIS Mura', 'KIS Vipava' in 'KIS Krka' se hrani na Kmetijskem inštitutu Slovenije v laboratoriju za tkivne kulture in vitro kot rastline in mikrogomolje ter kot rastline v mrežniku in na polju. Sortno pristnost zagotavljamo z metodo mikrosatelitskih markerjev.
The history of potato breeding and gene bank in Slovenia is described. First variety trials were organized in 1895 in Ljubljansko barje, followed by variety garden in Bokalce after 1935. Breeding of new potato varieties started at Kmetisjski inštitut Slovenije in 1949 and 15 varieties had been released until 1999. 9 new potato varieties resistant to PVY has been developed in a new breeding programme after 1993. At Kmetijski inštitut Slovenije slovenian potato varieties are maintained as in vitro plantlets in tissue culture lab, as micro tubers, and as plants in screenhouse and in the field: 'Igor', 'Cvetnik', 'Dobrin', 'Jubilej', 'Karmin', 'Vesna', 'Matjaž', 'Jana', 'Jaka', 'Meta', 'Tone', 'Kresnik', 'Cita', 'Pšata', 'Bistra', 'KIS Mirna', 'KIS Sora', 'KIS Sotla', 'KIS Kokra', 'KIS Mura', 'KIS Vipava' and 'KIS Krka'. Variety identity is checked by microsatelite markers.
Identifikacija kultivarjev vinske trte z metodami, ki temeljijo na morfoloških razlikah med rastlinami, je lahko zaradi vpliva ekoloških dejavnikov nepravilna, zato so bile razvite metode, ki ...omogočajo analizo kultivarjev na nivoju genotipa. V zadnjih dvajsetih letih so se uveljavile različne tehnike za karakterizacijo kultivarjev, od izoencimskih analiz do analiz na nivoju DNA (RFLP, RAPD, AFLP, SCAR in SSR markerji). Med omenjenimi so se najbolj uveljavili mikrosateliti, ki kažejo največjo informacijsko vrednostjo polimorfizma in so večinoma zelo variabilni. Sestavljeni so iz kratkih, tandemsko ponovljivih motivov DNA, ki so prisotni pri večini organizmov. Glavni vzrok polimorfizma med posamezniki so spremembe v številu ponovitev osnovnega motiva mikrosatelita. Za izdelavo začetnih oligonukleotidov mikrosatelitskih lokusov so v začetnih raziskavah uporabili zaporedja obrobnih regij že znanih mikrosatelitov, ki so bila shranjena v podatkovnih bazah DNA. Kasneje pa se je strategija razvijala v smeri nastanka genomskih knjižnic obogatenih z mikrosateliti. Pri vinski trti je bilo razvitih več kot 500 mikrosatelitskih markerjev in njihov izredni potencial in uporabnost pri določanju kultivarjev vinske trte in podlag je bil dokazan v številnih raziskavah. Za genotipizacijo se večinoma uporablja set šestih oz. devetih mikrosatelitskih markerjev (označevalcev), ki so zelo polimorfni in najbolj primerni za ugotavljanje genetske variabilnosti med evropskimi kultivarji vinske trte. Uporaba enotnega seta markerjev ter vključevanje referenčnih kultivarjev v analize genotipizacije omogoča primerjave genotipov med različnimi raziskovalnimi skupinami, in tako lahko rešujemo številne dilem o sinonimih, homonimih ali o izvoru sort vinske trte.
Field assessments of resistance to powdery mildew of 103 hop cultivars, analyses of hop essential oil and correlation between the score for powdery mildew and the relative percentage of essential oil ...compounds were performed over three years. Seven susceptibility markers (peaks 29 (methyl-5-methyl-hexanoate), 30 (myrcene), 34 (iso-amyl-iso-butyrate), 38 (1-8-cineole), 56 (methyl-octanoate), 88 (methyl decanoate) and 122 (undetermined peak)) and seven resistance markers (peaks 112 (santalene), 114 (germacrene-D), 118 (alpha-selinene), 138 (cariophylene epoxide), 26, 135 and 158 (undetermined peaks)) were selected from peaks with a positive or negative correlation between powdery mildew scores and their presence in the essential oil of extremely susceptible or resistance cultivars. The number and value of resistance/susceptibility markers decreased with an increase in the level of cultivar susceptibility/resistance. Susceptible cultivars mainly appeared to contain North American germplasm, while more resistant cultivars belong to European hops. Analysis of the presence/absence of the selected markers showed that the absence of susceptibility markers, particularly 30, 34 and 38, can be of practical value in resistance hop breeding.
V raziskavi so bila izvedena opazovanja poljske odpornosti 103 sort hmelja na hmeljevo pepelovko v treh letih, analizirana so bila eterična olja hmelja vseh sort z določenimi relativnimi deleži posameznih komponent ter njihove korelacije z oceno poljske odpornosti na hmeljevo pepelovko. Sedem markerjev, povezanih z občutljivostjo (vrhovi 29 (metil-5-metil-heksanoat), 30 (mircen), 34 (izo-amil-izo-butirat), 38 (1-8-cineol), 56 (metil-oktanoat), 88 (metil dekanoat) in 122 (nedeterminiran vrh)) in sedem povezanih z odpornostjo na hmeljevo pepelovko (piki 112 (santalen), 114 (germakren-D), 118 (alfa-selinen), 138 (kariofilen epoksid), 26, 135 in 158 (nedeterminirani piki)) so bili izbrani na osnovi pozitivnih ali negativnih korelacij s poljskimi ocenami odpornosti na hmeljevo pepelovko in prisotnostjo vrhov v eteričnem olju ekstremno občutljivih in odpornih sort. Število in vrednost markerjev povezanih z odpornostjo/občutljivostjo se je zmanjšala s povečanjem stopnje občutljivosti/odpornosti sort. Občutljive sorte na hmeljevo pepelovko večinoma vključujejo severnoameriško dednino, medtem ko odpornejše sorte izvirajo iz evropske dednine. Analiza prisotnosti/odsotnosti izbranih markerjev kaže na praktično uporabnost odsotnosti markerjev povezanih z občutljivostjo, zlasti 30, 34 in 38 v žlahtnjenju hmelja v smeri odpornosti na hmeljevo pepelovko.
Analizirali smo dve skupini slovenskih populacij koruze iz genske banke Oddelka za agronomijo Biotehniške fakultete v Ljubljani. V prvo skupino smo uvrstili enajst populacij koruze iz Bohinja (B1-B9 ...in B11-B12), v drugo štirinajst štajerskih populacij, z okolice Vojnika in Laškega (Š1-Š14). Petintrideset morfoloških lastnosti rastlin, storžev in zrnja smo izvrednotili v skladu z mednarodnimi deskriptorji IPGRI v času rastne dobe na polju in v laboratoriju. Genetski opis je temeljil na 161 Heartbreaker (Hbr) markerjih, pri čemer je bila analiza izvedena na skupnih vzorcih DNA, po 25 rastlin iz vsake populacije. Populacije iz Bohinja so se na splošno dobro razlikovale od štajerskih populacij, tako po morfoloških lastnostih kot na osnovi genetskih markerjev. Izjemi sta le populaciji B1 in B8, ki sta po morfoloških znakih še najbolj podobni štajerskim populacijam. Glede na posamezne morfološke lastnosti B1 odstopa od drugih bohinjskih populacij le po barvi zrnja, ki je ob brezbarvnem perikarpu pogojena z barvo alevrona. Je edina bohinjka z rumenim zrnjem, vse ostale bohinjske populacije imajo bakreno barvo zrnja, medtem ko imajo štajerske populacije rumeno ali belo zrnje. Glede na vse analize, še posebej glede na prisotnost/odsotnost Hbr elementov ter njihove frekvence v populacijah, lahko kljub nekaterim podobnostim med posameznimi populacijami trdimo, da gre za različne populacije, čeprav nekatere izhajajo iz lokacij, ki so si geografsko zelo blizu. Torej so posamezni pridelovalci s svojim vzdrževanjem in ponovno setvijo lastnega semena uspeli obdržati karakteristične lastnosti svoje populacije, s tem da so preprečili nekontrolirano skrižanje z drugimi populacijami.
Iskali smo genetski polimorfizem, s katerim bi bilo mogoče razlikovati med slovenskimi avtohtonimi (donavskimi) in vnešenimi (atlantskimi) populacijami postrvi (Salmo trutta). Znotraj kontrolne ...regije mitohondrijske DNK smo našli tri polimorfna mesta s štirimi genetskimi variantami, od katerih sta bili dve značilni za donavski tip postrvi, ena za atlantski tip in druga za ohridsko postrv. Pri analizi mikrosatelitne DNK smo našli en informativen lokus s štirimi aleli, ki so omogočali razlikovanje med donavskim in atlantskim tipom postrvi ter ohridsko postrvjo. S temi genetskimi markerji smo ugotovili, da je na območjih, kjer vlagajo ribogojniško postrv, ogrožena genetska in fenotipska identiteta slovenske avtohtone postrvi.
Iskali smo genetski polimorfizem, s katerim bi bilo mogoče razlikovati med slovenskimi avtohtonimi (donavskimi) in vnešenimi (atlantskimi) populacijami postrvi (Salmo trutta). Znotraj kontrolne ...regije mitohondrijske DNK smo našli tri polimorfna mesta s štirimi genetskimi variantami, od katerih sta bili dve značilni za donavski tip postrvi, ena za atlantski tip in druga za ohridsko postrv. Pri analizi mikrosatelitne DNK smo našli en informativen lokus s štirimi aleli, ki so omogočali razlikovanje med donavskim in atlantskim tipom postrvi ter ohridsko postrvjo. S temi genetskimi markerji smo ugotovili, da je na območjih, kjer vlagajo ribogojniško postrv, ogrožena genetska in fenotipska identiteta slovenske avtohtone postrvi.
PDF