As plantas daninhas são causa do encarecimento das lavouras, entre elas está Conyza spp, conhecida como buva. Marcadores moleculares vem sendo utilizados para complementar sua caracterização. A técnica AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) é adaptada para diversas análises genéticas, fornecendo alta cobertura do genoma. Com objetivo de caracterizar molecularmente morfotipos de buva, foram coletadas 60 plantas da UENP – Bandeirantes/PR. A análise molecular com AFLP seguiu etapas de digestão, ligação de adaptadores, amplificação pré-seletiva e seletiva, utilizando combinação de seis pares de primers AFLP. Os fragmentos foram separados em gel de poliacrilamida 8% e corados com AgNo3. Dos 218 loci, 97 foram polimórficos sendo 53 específicos para um morfotipo e 44 para o outro. A matriz de distância genética, a porcentagem de locos polimórficos, diversidade gênica de Nei (1978), e a distância genética foram obtidas utilizando o programa TFPGA (Tools For Population Genetcs Analyses). Os resultados da AMOVA mostram que a variação entre as populações é de 85,18% e dentro das populações é de 14,82% indicando que os morfotipos sejam espécies diferentes. Através das análises moleculares e principais características morfológicas demonstrou se que os morfotipos são espécies distintas, o morfotipo A é Conyza sumatrensis e o morfotipo B Conyza bonariensis.