Prvi pisani spomen šibenske crkve sv. Julijana datira u treću četvrtinu 14. stoljeća, kada se ona navodi kao ecclesia sancti Iuliani. U 15. je stoljeću nad tom crkvom dograđena gornja, crkva sv. Nikole, o čemu svjedoči vizitacija koju je kanonik Juraj Šižgorić obavio 1481. godine. Dana 17. ožujka 1569., prema odluci mletačkog Senata, crkva je dana na korištenje pravoslavnim Grcima i uređena je po propisima istočne crkve, no katolički oltar sv. Mihovila i sv. Julijana, tada smješten na bočnom zidu crkve, i nadalje je održavan. Od 1778. godine crkva je postupno bila u sve lošijem stanju, čak je početkom 19. stoljeća služila kao skladište. Dana 25. srpnja 1875. nadarbenik Ivan Belamarić se u korist pravoslavne šibenske crkvene općine odrekao prava na katolički dio. Gornju su pak crkvu pravoslavni Srbi prepustili starokatolicima 1931. godine, a od 1933. godine je u donjem prostoru bila „Nova štamparija“. U prosincu 1943. cijela je građevina znatno stradala u savezničkom bombardiranju Šibenika. Konzervatorsko-restauratorska i arheološka istraživanja provedena 2019. godine ponudila su uvid u povijesni pregled zbivanja i određivanje pojedinih faza, te su ostvareni preduvjeti za buduće korištenje crkve sv. Julijana, valorizirajući njezinu pripadnost malobrojnom tipološkom krugu dvokatnih crkvi na našoj obali, kao i kontinuitet postojanja i održavanja više liturgija na tom mjestu, ispreplićući različite obrede i vjere kroz nekoliko stoljeća.