Imunoreakcija u respiratornoj infekciji mora biti brza i učinkovita u prevenciji infekcija koje su potencijalno letalnog ishoda. Međutim, pretjerana i neadekvatna upalna i imunosna reakcija može značajno oštetiti tkivo pluća i poremetiti respiracijsku funkciju. Prvu liniju obrane čine mukus i trepetljike respiratornog epitela, a zatim medijatori koji predstavljaju prirođenu imunost. Ti medijatori (npr. laktoferin, lizozim, kolektini i defenzini) mogu direktno lizirati mikroorganizme ili ih uništiti opsonizacijom i mobilizacijom upalnih stanica. Specifi čna imunost uključuje lučenje antitijela i T-limfocite. Različite podgrupe T-limfocita koji izlučuju Th1 ili Th2-tipične citokine mogu značajno utjecati na odstranjenje mikroorganizma u plućima i inducirati oštećenje tkiva ovisno o vrsti citokina koje izlučuju.