Objective Sulphadoxine–pyrimethamine (SP) is widely used as intermittent preventive treatment (IPT) for malaria in pregnant women in Sub‐Saharan Africa. There are reports of wide‐spread SP resistance in countries where SP had once been used as a first‐line treatment. It is unclear whether the development of SP resistance also affects countries where SP is mainly used in the context of IPT, as is the case in Burkina Faso. To assess the efficacy of SP‐based IPT, we monitored the prevalence of SP conferring genetic mutations in the genes dhfr and dhps in Plasmodium falciparum populations in a rural area of Burkina Faso over a period of 13 years. Methods Molecular epidemiological study consisted of six consecutive cross‐sectional surveys of rainy and dry seasons (2009–2012). Data from the rainy season in 2000 served as a baseline. Mutations in dhfr and dhps associated with SP resistance were analysed by pyrosequencing in 861 parasite‐positive samples. Results The prevalence of the SP resistance conferring triple dhfr mutation 51I, 59R, 108N increased from 1.3% in the rainy season of 2000 to 35.3% in 2009, and 54.3% in 2011 (P ≤ 0.001). Comparing rainy and dry seasons, we observed an increasing step‐like pattern with higher prevalence of the dhfr triple mutant in the respective dry season compared with the preceding rainy season. The proportion of the dhps 437Gly mutation in the rainy season of 2000 was 53.2% and subsequently increased to 77.6% in 2009 (P ≤ 0.001). Conclusion The increase in molecular markers linked with SP resistance jeopardises the efficacy of IPTp and the planned IPTi interventions in Burkina Faso, calling for careful monitoring of genotypic resistance markers and in vivo validation of IPT efficacy. Objectif Le sulfadoxine‐pyriméthamine (SP) est largement utilisé comme traitement préventif intermittent (TPI) du paludisme chez les femmes enceintes en Afrique subsaharienne. Il y a des rapports sur la résistance répandue au SP dans les pays où il avait autrefois été utilisé comme traitement de première ligne. Il est difficile de savoir si le développement de la résistance au SP affecte aussi les pays où il est principalement utilisé dans le contexte du TPI, comme par exemple au Burkina‐Faso. Pour évaluer l'efficacité du TPI basé sur le SP, nous avons surveillé la prévalence des mutations génétiques associées au SP dans les gènes dhfr et dhps dans des populations de Plasmodium falciparum dans une zone rurale du Burkina‐Faso sur plus de 13 ans. Méthodes Etude d’épidémiologie moléculaire composée de six enquêtes transversales consécutives en saisons sèches et pluvieuses (de 2009 à 2012). Les données de la saison des pluies de 2000 ont servi de base. Les mutations dans dhfr et dhps associées à la résistance au SP ont été analysées par pyroséquençage dans 861 échantillons positifs pour le parasite. Résultats La prévalence de la résistance au SP associée à une triple mutation dhfr (51I, 59R, 108N) a augmenté de 1,3% au cours de la saison des pluies de l'année 2000 à 35,3% en 2009 et à 54,3% en 2011 (p < = 0,001). En comparant la saison des pluies et la saison sèche, nous avons observé un profil d'augmentation par étape avec une prévalence plus élevée des triples mutants dhfr en saison sèche par rapport aux saisons des pluies respectives. La proportion des mutations 437Gly dans dhps dans la saison des pluies de 2000 était de 53,2% et a par la suite augmenté à 77,6% en 2009 (p < = 0,001). Conclusion L'augmentation des marqueurs moléculaires liés à la résistance au SP met en péril l'efficacité du programme TPI et des interventions TPI prévues au Burkina‐Faso, appelant à une surveillance attentive des marqueurs génotypiques de résistance et à la validation in vivo de l'efficacité du TPI. Objetivo La sulfadoxina‐pirimetamina (SP) se utiliza de forma amplia como tratamiento preventivo intermitente (IPT) para la malaria en mujeres embarazadas en África subsahariana. Hay informes sobre la amplia diseminación de la resistencia a SP en países en donde se había utilizado alguna vez como primera línea de tratamiento. No está claro si el desarrollo de la resistencia a SP también afecta a países en donde la SP se utiliza principalmente dentro del contexto del IPT, como es el caso de Burkina Faso. Para evaluar la eficacia del IPT basado en SP, hemos monitorizado la prevalencia de mutaciones genéticas inducidas por SP en los genes dhfr y dhps en poblaciones de Plasmodium falciparum en un área rural de Burkina Faso en los últimos 13 años. Métodos Estudio de epidemiología molecular que consistió en seis estudios croseccionales consecutivos, durante épocas de lluvia y secas (2009‐2012). Los datos de la época de lluvias en el 2000 sirvieron de base. Las mutaciones en dhfr y dhps asociadas con resistencia a SP se analizaron mediante pirosecuenciación en 861 muestras positivas para parásitos. Resultados La prevalencia de resistencia a SP por una triple mutación en dhfr 51I, 59R, 108N aumentó del 1.3% en la época de lluvias del 2000 al 35.3% en 2009, y 54.3% en el 2011 (p<= 0.001). Comparando la época de lluvias y la época seca hemos observado un patrón incremental escalonado con una mayor prevalencia del triple mutante dhfr en la época seca respectiva, comparado con la época lluviosa precedente. La proporción de la mutación dhps 437Gly durante la época lluviosa del 2000 era del 53.2% y aumentó después al 77.6% en el 2009 (p< =0.001). Conclusión El aumento en marcadores moleculares relacionado con la resistencia al SP pone en peligro la eficacia del IPTp y las intervenciones de IPTi planeadas en Burkina Faso, requiriendo una monitorización cuidadosa de los marcadores genotípicos de resistencia y la validación in vivo de la eficacia del IPT.