Stabilna crijevna mikrobiota utječe na mnogo načina na održavanje ili poboljšanje zdravlja svinja. Dosadašnja istraživanja su pokazala pozitivan utjecaj crijevne mikrobiote u iskoristivosti hranjivih tvari, poboljšanju morfoloških i fizioloških svojstava gastrointestinalnog (GI) trakta, u sprječavanju prodora patogenih vrsta, a također mikroorganizmi probavila imaju važnu imunološku ulogu. Osim korisnih i poželjnih bakterijskih vrsta, crijevna mikrobiota svinja može uključivati patogene poput Salmonella spp., Clostridia spp. i patogenih sojeva E. coli. U slučaju narušene ravnoteže prirodno prisutnih mikrobnih zajednica, ovi patogeni mogu uzrokovati bolesti svinja te posljedično gubitke u proizvodnji. U prošlosti su za osiguranje stabilne mikrobiote GI trakta preventivno korišteni antibiotici, no od kada je prepoznata štetnost takve prakse sve više se koriste probiotici, prebiotici te različiti aditivi. Za takav pristup, potrebno je poznavati sastav i brojnost mikrobnih zajednica prisutnih u GI traktu svinja kao i identificirati ključne mikroorganizme u prevenciji infekcija i održavanju zdravlja domaćina. Zbog toga je u fokusu znanstvenog interesa definirati i detaljno karakterizirati crijevnu mikrobiotu zdravih jedinki, istražiti međusobne mikrobne interakcije, kao i interakcije s domaćinom, te različite načine osiguravanja stabilne crijevne mikrobiote kako bi se održala vitalnost i zdravlje životinja.