V skeletnem mišičju deluje več različnih sistemov razkroja beljakovin. Poenostavljeno gledano, gre za tri tri glavne sisteme razkroja beljakovin. Najbolj poznan je lizosomalni proteolitični sistem. Lizosomi so najbolj množični v jetrih, niso pa vključeni v razkroj miofibrilarnih beljakovin. Od kalcija odvisni proteolitični sistem ne prispeva značilnega deleža k celotni proteolizi v mišicah pri kontrolnih živalih in živalih v kataboličnih stanjih. Vedno več je dokazov, da kalpaini nimajo večjega deleža pri skupni presnovi beljakovin v celici, temveč so omejeno vključeni v razkroj nekaterih specifičnih beljakovin. Fagan in sodelavci (1987) so dokazali, da v skeletnem mišičju deluje tudi ATP-ubikvitin-proteolitični sistem. Vedno bolj je očitno, da ima od ATP-ubikvitina odvisni proteolitični sistem ključno vlogo pri razkroju mišičnih beljakovin.