Akademska digitalna zbirka SLovenije - logo
VSE knjižnice (vzajemna bibliografsko-kataložna baza podatkov COBIB.SI)
  • Enhancing Gibbs sampling method for motif finding in dna with initial graph representation of sequences
    Stepančič, Živa, 1985-
    Iskanje kratkih neohranjenih vzorcev v setu sekvenc je še vedno odprt problem v genetiki, saj rezultati algoritmov za iskanje motivov v DNA in proteinskih sekvencah niso dokončni na realnih podatkih. ... Prav tako je uspešnost teh algoritmov razpršena na različnih skupinah podatkov. Torej je iskanje novih algoritmov in izboljšava že obstoječih strategij pomembna pri raziskovanju in razumevanju genskih lastnosti ter mehanizmov za sestavo proteinov iz DNA zapisa. V članku predstavimo postopek za iskanje motivov v DNA sekvencah, ki sloni na principu Gibbsonovega vzorčenja. Začetne točke v prostoru rešitev so deloma določene z grafičnim modelom vhodnih sekvenc namesto slučajnega izbora začetnih vrednosti za začetek iteracije. Predstavimo tudi rezultate algoritma na sintetičnih in realnih podatkih glede na vrednosti raznih statistik, kot so občutljivost, pozitivna napovedna vrednost, specifičnost, koeficient uspešnosti in koeficient korelacije. Za prikaz izboljšane natančnosti, ponovljivosti in delovanja našega algoritma dodatno primerjamo dobljene rezultate z rezultati osnovnega Gibbsonovega vzorčenja.
    Vir: Journal of computational biology. - ISSN 1066-5277 (Vol. 21, no. 10, 2014, str. 741-752)
    Vrsta gradiva - članek, sestavni del
    Leto - 2014
    Jezik - angleški
    COBISS.SI-ID - 17146457