Viruses are important constituents of ecosystems, with the capacity to alter host phenotype and performance. However, virus discovery cued by disease symptoms overlooks latent or beneficial viruses, ...which are best detected using targeted virus detection or discovered by non-targeted methods, e.g., high-throughput sequencing (HTS). To date, in 64 publications, 701 viruses have been described associated with indigenous species of Aotearoa New Zealand. Viruses were identified in indigenous birds (189 viruses), bats (13 viruses), starfish (4 viruses), insects (280 viruses), and plants (126 viruses). HTS gave rise to a 21.9-fold increase in virus discovery rate over the targeted methods, and 72.7-fold over symptom-based methods. The average number of viruses reported per publication has also increased proportionally over time. The use of HTS has driven the described national virome recently by 549 new-to-science viruses; all are indigenous. This report represents the first catalogue of viruses associated with indigenous species of a country. We provide evidence that the application of HTS to samples of Aotearoa New Zealand's unique fauna and flora has driven indigenous virus discovery, a key step in the process to understand the role of viruses in the biological diversity and ecology of the land, sea, and air environments of a country.
El objetivo de esta investigación es aproximar al lector al conocimiento de la cerámica, los materiales, la acústica y la simbología presentes en la botella antropomorfa de triple elipsoide ...comunicante con doble silbato de la cultura Bahía de la República del Ecuador mediante el estudio multidisciplinar del artefacto sonoro. En dicho estudio se planteó la aplicación de una metodología cualitativa y cuantitativa desarrollada a través de la investigación documental, complementada con técnicas de análisis de materiales en laboratorio, métricas acústicas, ensayos de posibilidades sonoras y producción de réplicas en arcilla. Estos aportes permiten definir la botella como un objeto acústico complejo en el cual confluyen múltiples conocimientos desarrollados durante más de mil años de evolución. ENGLISH: The purpose of this research is to bring the reader closer to the knowledge of ceramics, materials, acoustics and symbology present in the anthropomorphic bottle of triple communicating ellipsoid with double whistle of the Bahia culture of the Republic of Ecuador through the multidisciplinary study of the sonorous artifact. In this study, the application of a qualitative and quantitative methodology developed through documentary research, complemented with techniques of analysis of materials in the laboratory, acoustic metrics, tests of sound possibilities and production of clay replicas was proposed. These contributions allow us to define the bottle as a complex acoustic object in which multiple knowledge developed during more than a thousand years of evolution converge.
El sonagrama¹ también llamado sonograma ( sonogram ) y espectrograma ( spectrogram ) es un diagrama de frecuencia en función del tiempo, en el que el grosor del punto o de la línea indica ...cualitativamente el nivel sonoro. Es decir, se trata de una gráfica bidimensional en la que se puede observar las tres variables del sonido (frecuencia, tiempo, nivel sonoro). Esta gráfica fue inicialmente inventada para efectuar el análisis del habla pero ahora es una herramienta extremadamente útil e indispensable para analizar sonidos de toda clase, ya que da una representación completa y fácilmente interpretable de los fenómenos sonoros.
Abstract
Motivation
Tumor mutational burden (TMB) has been proposed as a predictive biomarker for immunotherapy response in cancer patients, as it is thought to enrich for tumors with high neoantigen ...load. TMB assessed by whole-exome sequencing is considered the gold standard but remains confined to research settings. In the clinical setting, targeted gene panels sampling various genomic sizes along with diverse strategies to estimate TMB were proposed and no real standard has emerged yet.
Results
We provide the community with TMBleR, a tool to measure the clinical impact of various strategies of panel-based TMB measurement.
Availability and implementation
R package and docker container (GPL-3 Open Source license): https://acc-bioinfo.github.io/TMBleR/. Graphical-user interface website: https://bioserver.ieo.it/shiny/app/tmbler.
Supplementary information
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
This paper examines two prehispanic double whistles, probably of Inca culture, both of which are constructed to emit sounds which undulate, in other words, with pulsations or beats. Each whistle ...consists of two tubes of slightly uneven lengths which, when blown simultaneously, emit sounds that are also slightly different in pitch, and when combined provoke periodic fluctuations in amplitude. These ancestral sounds closely resemble the pulsating sound quality of certain contemporary rural wind ensembles of the Bolivian Andes, such as the multiphonic and vibrant timbre of pinkillu flutes and of certain types of panpipes. The «complex tubes» of the contemporary Chilean pifilka and of other types of pre-Columbian panpipes also reveal continuity in aesthetic and in the technology to create it, from prehispanic times to the present. PUBLICATION ABSTRACT
Las flautas con tubo complejo, capaces de dar un “sonido rajado”, son conocidas en diversas culturas prehispánicas entre el sur de Perú, el altiplano boliviano, el Noroeste Argentino y Chile Norte y ...Centro-Sur. Actualmente sólo se conocen entre los mapuches y los bailes chinos, en Chile, y su pasado arqueológico había sido analizado respecto a estas tradiciones vivas. En este artículo queremos entregar nueva información que permite ampliar este panorama hacia los Andes Centrales en tiempos prehispánicos. Se trata de flautas de cerámica correspondientes a diferentes tiempos y sistemas culturales. Estos hallazgos relativizan la diferencia, que hasta ahora hacíamos, entre flautas de un solo tubo (llamadas genéricamente ‘pifilkas’) y las de varios tubos (conocidas genéricamente como ‘antaras’). La interpretación de estos datos abre nuevas perspectivas al panorama sonoro de la región en el pasado, demostrando un gran refinamiento en torno a las propiedades tímbricas del sonido y su uso como parte de la cultura.
La tarka es una flauta recta andina con canal portaviento de insuflación, de sonido ronco, gritón y temblante que se toca por "tropas" desde Todo Santos hasta Carnaval. En las tropas, por lo general ...se mezclan dos tamaños, la taika (grande) y la mala (pequeña), afinadas con un intervalo de quinta casi justa en el caso estudiado. Se han medido las alturas de sonido sucesivas de una decena de tarkas "ullara" , que forman una "tropa" y se ha podido evidenciar que por lo general las melodías son pentatónicas en modo "b" menor según D'Harcourt D'Harcourt, 1925, 1959. Existe bastante dispersión entre las alturas paralelas de los diferentes instrumentos de un mismo tamaño, esta discrepancia varía de 45 a 80 cents para las taikas. Estas "desigualdades" provocarán pulsaciones (batimientos) al tocar los instrumentos en paralelo. Sin embargo si se compara el comportamiento promedio de las taikas y de las malas se observa una gran similitud. El intervalo entre las dos primeras notas es mayor que el tono bien temperado, es de 231 cents en las taikas y 225 cents en las malas (en promedio). Los intervalos entre las digitaciones 2 y 4 por una parte y 5 y 7 por otra parte son de tercera menor y fluctúan entre 297 y 330 cents. Las notas intermedias tradicionalmente no utilizadas (digitación 3 y 6), si es que formaran con las demás una escala diatónica mayor, deberían encontrarse a 100 cents de la nota superior (un semitono) y 200 cents de la nota inferior, pero no es el caso, los intervalos superiores e inferiores con estas notas fluctúan entre 133 y 187 cents, lo que parece indicar que estas estarían aproximadamente al medio de este intervalo de tercera formando intervalos estadísticamente próximos a 150 cents. Las demás segundas mayores fluctúan entre 174 y 200 cents. Estos resultados no permiten todavía presentar un modelo de escala (sucesión de alturas de sonido).
