In this study, we report the development and characterization of 15 new microsatellite markers for
Stryphnodendron adstringens
(Leguminosae) in order to support future analyses of genetic diversity ...in populations of this species. In screening with 48 individuals from three different populations of
S. adstringens
, we tested the amplification of 20 microsatellite loci, of which five are not useful for population genetic studies due to the lack of polymorphisms or amplification failures. For the final set of 15 loci, the number of alleles ranged from 2 to 15, with a total of 116 alleles. The expected heterozygosity ranged from 0.1219 to 0.8965, with an average of 0.6694 per locus. The combined probability of genetic identity (
PI
= 8.12 × 10
−15
) and paternity exclusion (
Q
= 0.99999) estimations showed that the loci may be useful to discriminate between individuals of
S. adstringens.
Initial cross-amplification tests were satisfactory in three species of the genus
Stryphnodendron
:
S. rotundifolium
,
S. coriaceum
and
S. polyphyllum
. This new set of markers will be a useful tool for population genetic studies, contributing to the knowledge about the evolutionary history of
S. adstringens
and, additionally, correlated species.
Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2018-11-05T13:39:32Z
No. of bitstreams: 2
Dissertação - Luciana Oliveira Barateli - 2018.pdf: 3641421 bytes, checksum: ...a96d12f5fce8d5c02a9793dec50ebfbf (MD5)
license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)
Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-11-05T14:49:58Z (GMT) No. of bitstreams: 2
Dissertação - Luciana Oliveira Barateli - 2018.pdf: 3641421 bytes, checksum: a96d12f5fce8d5c02a9793dec50ebfbf (MD5)
license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)
Made available in DSpace on 2018-11-05T14:49:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2
Dissertação - Luciana Oliveira Barateli - 2018.pdf: 3641421 bytes, checksum: a96d12f5fce8d5c02a9793dec50ebfbf (MD5)
license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)
Previous issue date: 2018-08-27
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
Stryphnodendron adstringens presents a wide geographical distribution, being;
predominant in regions of Cerrado sensu stricto and is popularly known as;
"barbatimão". It is a species widely used in herbal medicine because of its anti-inflammatory,;
antibacterial and antiulcerogenic potential. The Cerrado’s removal of vegetation cover;
reduces significantly the number of several native species, among them S. adstringens.;
Thus, it is important that efficient strategies for the use and conservation of this species are;
drawn. In order to provide molecular tools for studies of genetic diversity and conservation of;
S. adstringens, the present work had the objective of developing microsatellite markers;
for the species. Genomic DNA was obtained from leaf tissue using the CTAB protocol. The;
identification of the microsatellite regions and the design of the primers were performed using;
the QDD program modules. From the identified microsatellite regions, 20 pairs of primers;
were designed, 14 of which flank microsatellite regions composed of dinucleotides, four by;
tetranucleotides and two by pentanucleotides. Initially, four individuals were used for the;
standardization tests of the PCR protocol and annealing temperatures. Subsequently, 48;
individuals were selected, distributed in three populations, to evaluate polymorphism via 6%;
polyacrylamide gel. Of the 20 pairs of primers evaluated, 16 presented polymorphic;
amplification products and four monomorphic amplification products. Considering the 16;
polymorphic markers, the number of alleles varied between two (SadH19) and 13 (SadH13),;
with a mean of seven alleles per locus. The observed heterozygosity (Ho) and expected (He);
and PIC values were 0.506, 0.543, 0.635, respectively. The mean Hmax value founded;
(65,519) indicates values of genetic diversity that can be considered medians for this set of;
loci evaluated in three populations of S. adstringens. On the other hand, although genetic;
diversity is median, this set of 16 polymorphic markers exhibited a ombined probability of;
paternity exclusion high (0.9999983) and combined probability of genetic identity low;
(3,49x10-15). The analysis of variance of allelic frequencies presented significant values for;
;
two of the three estimated statistics with f not significant 0.050, significant θ equal to 0,329;
and F in the overall value also significant 0.360. Thus, it can be concluded that the panel of;
polymorphic markers developed for S. adstringens is highly informative and indicated for;
population genetic studies for the species. Another important factor is that these markers can;
be tested in other evolutionarily close species for the availability of microsatellite markers,;
without the need to develop new primers.
Stryphnodendron adstringens apresenta ampla distribuição geográfica, sendo predominante;
em regiões de Cerrado stricto sensu e é conhecida popularmente como “barbatimão”. É uma;
espécie utilizada na medicina fitoterápica por seu potencial anti-inflamatório, antibacteriano e;
antiulcerogênico. A retirada de cobertura vegetal do Cerrado diminui significativamente o;
;
número de diversas espécies nativas, dentre elas S. adstringens. Dessa forma, é importante;
que sejam traçadas estratégias eficientes para o uso e a conservação dessa espécie. A fim de;
disponibilizar ferramentas moleculares para estudos de diversidade genética e conservação de;
S. adstringens, o objetivo desse estudo foi desenvolver marcadores microssatélites e estimar;
o potencial informativo desses marcadores para subsidiar estudos de genética populacional da;
espécie. A identificação das regiões microssatélites e o desenho dos primers foram realizados;
usando o programa QDD. Inicialmente, foram utilizados quatro indivíduos para os testes de;
padronização do protocolo de PCR e temperaturas de anelamento. Posteriormente, foram;
selecionados 48 indivíduos, provenientes de três populações, para avaliação de polimorfismo;
via gel de poliacrilamida a 6%. A partir das regiões microssatélites identificadas, foram;
desenhados 20 pares de primers, sendo que 14 flanqueiam regiões microssatélites compostas;
por dinucleotídeos, quatro por tetranucleotídeos e dois por pentanucleotídeos. Dos 20 pares;
de primers avaliados, 16 apresentaram produtos de amplificação polimórficos e quatro;
monomórficos. Considerando os 16 marcadores polimórficos, o número de alelos variou entre;
dois (SadH19) e 13 (SadH13), com uma média igual a sete alelos por loco. Os valores das;
médias da heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He) e do PIC foram iguais a 0,506,;
0,543, 0,635 respectivamente. A proporção da diversidade máxima encontrada foi de 65%, o;
que indica valores de diversidade genética que podem ser considerados medianos para esse;
conjunto de locos avaliados em três populações de S. adstringens. Por outro lado, embora a;
diversidade genética seja mediana, esse conjunto de 16 marcadores polimórficos exibiu uma;
probabilidade de exclusão de paternidade combinada alta (0,999983) e uma probabilidade de;
identidade combinada baixa (3,49x10-15). A análise de variância das frequências alélicas;
apresentou valores significativos para duas das três estatísticas estimadas com f não;
significativo 0,050, θ significativo igual a 0,329 e F no valor global também significativo;
0,360. Assim, pode-se concluir que o painel de marcadores polimórficos desenvolvidos para;
S. adstringens é altamente informativo e indicado para estudos genéticos populacionais;
para a espécie. Outro fator importante é que esses marcadores podem ser testados em outras;
espécies próximas evolutivamente para possível disponibilização de marcadores;
microssatélites, sem a necessidade de desenvolvimento de novos primers.
PDF