Next-generation sequencing (NGS) technologies can generate billions of reads in a single sequencing run. However, with such high-throughput comes quality issues which have to be addressed before ...undertaking downstream analysis. Quality control on short reads is usually performed at default settings due to a lack of in-depth understanding of a particular software's parameters and their effect if changed on the output. Here we demonstrate how to optimize read trimming using Trimmomatic. We highlight the benefits of trimming by comparing the quality of transcripts assembled using trimmed and untrimmed reads.
The availability of RNA-Seq method allows researchers to capture the spatial or temporal profile of transcriptomes from various types of biological samples. The transcriptome data from a species can ...be analyzed in the context of its sequenced genomes or closely related genome to score biological sample-specific transcript isoforms, novel transcribed regions and to refine gene models including identification of new genes, in addition to the differential gene expression analysis. However, many plant species of importance currently lack a sequenced genome or a closely related reference genome and thus, rely on the de novo methods for generating transcript models and transcriptome assemblies. Here we describe various tools used for de novo transcriptome assembly and discuss the data management practices and standards.
The radio frequency emission at 10.7 cm (or 2800 MHz) wavelength (considered as solar flux density) out of different possible wavelengths is usually selected to identify periodicities because of its ...high correlation with solar extreme ultraviolet radiation as well as its complete and long observational record other than sunspot related indices. The solar radio flux at 10.7 cm wavelength plays a very valuable role for forecasting the space weather because it is originated from lower corona and chromospheres region of the Sun. Also, solar radio flux is a magnificent indicator of major solar activity. Here in the present work the solar radio flux data from 1965 to 2014 observed at the Domimion Radio Astrophysical Observatory in Penticton, British Columbiahas been processed using Date Compensated Discrete Fourier Transform (DCDFT) to identify predominant periods within the data along with their confidence levels. Also, the multi-taper method (MTM) for periodicity analysis is used to validate the observed periods. Present investigation exhibits multiperiodicity of the time series
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10.7 solar radio flux data around 27, 57, 78, 127, 157, 4096 days etc. The observed periods are also compared with the periods of MgII Index data using same algorithm as MgII Index data has 99.9% correlation with
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10.7 Solar Radio Flux data. It can be observed that the MgII index data exhibits similar periodicities with very high confidence levels.Present investigation also clearly indicates that the computed results are very much confining with the results obtained in different communication for the similar data of 10.7 cm Solar Radio Flux as well as for the other solar activities.
Obuhvatnim istraživanjima različitih arhivskih izvora relevantnih za problematiku transfera vlasništva umjetnina neposredno prije i tijekom Drugoga svjetskoga rata te u poslijeratnom razdoblju ...utvrđeni su raniji vlasnici i/ili neke od okolnosti promjena vlasništva nekoliko slika koje su u zbirni fond Strossmayerove galerije starih majstora HAZU pristigle temeljem odluka državnih tijela Federativne Narodne Republike Jugoslavije između 1948. i 1958. godine. Istraživanje sudbine tih slika prije i tijekom Drugoga svjetskoga rata dopunjeno je analizom arhivskih dokumenata koji svjedoče o procesu poslijeratne muzealizacije brojnih umjetnina u hrvatskim muzejima.
Zusammenfassung
Hintergrund
Die DGSS initiierte 1998 mit dem Dokumentationssystem „QUAST“ die Grundlage für eine anonymisierte Datenbank. Diese wurde nun für eine klinisch relevante Abbildung der ...Klientel in deutschen schmerztherapeutischen Einrichtungen herangezogen. Neben soziodemografischen Merkmalen wurden zentrale Schmerzparameter sowie Ausprägungsgrade in den psychometrischen Verfahren des Deutschen Schmerzfragebogens sowohl für die Gesamtstichprobe als auch für einzelne Schmerzdiagnosen analysiert.
Methodik
Es lagen 28.865 Datensätze aus 19 Praxen und Kliniken der Jahre 1998–2004 zur Analyse vor; 10.054 Datensätze erfüllten die Einschlusskriterien für die statistische Analyse, die übrigen mussten u. a. aufgrund fehlender Diagnose, fehlendem Erstfragebogen und fehlendem Erstkontakt ausgeschlossen werden.
Ergebnisse
In der Analysestichprobe war die Hauptdiagnose Rückenschmerz (37%) am häufigsten vertreten, gefolgt von neuropathischem Schmerz (21,4%), Muskel-, Gelenk- und Knochenschmerz (19,5%) und Kopfschmerz (10,6%). Zu Behandlungsbeginn lag die Erkrankungsdauer im Mittel bei 7 Jahren, aber fast ein Fünftel der Patienten stellte sich bereits vor Ablauf des ersten Erkrankungsjahres bei speziellen Schmerztherapeuten vor. Mehrheitlich wurden die Patienten dem Chronifizierungsstadium II (43,8%) und dem Chronifizierungsstadium III (39,0%) des Mainzer Stadienmodells zugeordnet. Die psychometrischen Verfahren (Allgemeine Depressionsskala, Pain Disability Index, Schmerzempfindungs-Skala, Fragebogen zur gesundheitsbezogenen Lebensqualität) wiesen eine hohe psychische Belastung des Patientenkollektivs auf, sodass die bisherigen Referenzwerte nach oben korrigiert werden müssen. Deutliche Unterschiede zwischen den Hauptdiagnosegruppen zeigten sich nicht nur für die psychischen Befindensmaße, sondern auch für die direkten Schmerzparameter.
Schlussfolgerung
Die mit QUAST dokumentierten Datensätze aus 19 schmerztherapeutischen Einrichtungen weichen von denen populationsspezifischer Erhebungen ab. Dennoch unterstreichen die vorgestellten Befunde den Nutzen eines solchen Datenbanksystems, weil es einen praxisnahen Einblick in die Klientel von deutschen Schmerzeinrichtungen liefert: Die Öffentlichkeitsarbeit der verschiedenen Fachgruppen scheint Früchte getragen zu haben. Anders als üblicherweise angenommen, findet sich ein Teil der Patienten mit chronischem Schmerz durchaus frühzeitig in spezialisierten Einrichtungen ein. Die bislang gängige Anwendung von generischen syndromübergreifenden Diagnostik- und Behandlungstools muss aufgrund der gefundenen Unterschiede zwischen den Hauptdiagnosegruppen prinzipiell infrage gestellt werden. Darüber hinaus liefert die vorliegende Analyse aktualisierte Referenzwerte für die gängigen psychometrischen Verfahren. Die sich dabei abzeichnende hohe psychische Belastung von Schmerzpatienten bestätigt erneut die Unverzichtbarkeit von psychotherapeutischen Behandlungsangeboten bei der Versorgung von chronischen Schmerzpatienten.
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With the ball on the Bears' 1-yard line and a first down just a foot away, Roseville (2-2) went for it on fourth down. But the White Bear Lake defense stopped a quarterback sneak by B.J. Letourneau. ...The Bears were forced to punt on the ensuing drive, but the Raiders' Andrew Spangenberg fumbled to give White Bear the ball back on Roseville's 32. A holding penalty forced the Bears into a third- and-13 situation, but quarterback Derek Quast took a draw play for 30 yards to set up first and goal on Roseville's 5. Three second-half sacks, including two by Brent Borowske, helped the Bears' defense hold Roseville to minus-22 yards in the half until there was less than a minute left. Out of Roseville's 53 total yards, 34 came on one play with the game already decided.
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