Postoji zanimanje istraživača za provjeru pretpostavke o vezi između oksidacijskog stresa i patofizioloških procesa tijekom kliničkog mastitisa. Glavni je cilj ovog istraživanja bio ustanoviti profil ...antioksidacijske genske ekspresije u mliječnih krava s kliničkim mastitisom. Uzorci mlijeka 77 krava s kliničkim mastitisom uzeti su između 15. i 70. dana laktacije (DIM) i analizirani standardnim bakteriološkim testovima. Istraživana je mRNA ekspresija antioksidacijskih gena, kao što je katalaza (CAT), glutation-peroksidaza (GPx) i superoksid-dismutaza (SOD). Osim toga u uzorcima mlijeka zdravih krava i onih s kliničkim mastitisom mjerene su razine lipidne peroksidacije. Izolirane su bakterije Staphylococcus aureus (S. aureus, 10,48 %), Streptococcus agalactiae (7,69 %), Streptococcus dysagalactiae (6,29 %) i Escherichia coli (E. coli, 29,37 %). Dominantan patogen pronađen u mlijeku krava s kliničkim mastitisom u ranoj laktaciji bila je bakterija E. coli. Prosječna vrijednost malondialdehida (MDA) u uzorcima krava s kliničkim mastitisom bila je znakovito veća (P < 0,05) nego u zdravih krava. Rezultati su pokazali da je ekspresija profila SOD-a u mlijeku krava s mastitisom, inducirana bakterijom S. aureus, bila znakovito veća (P < 0,0001) u usporedbi s E. coli. Također, ekspresija mRNA razine GPx-a u mlijeku krava s mastitisom zbog bakterije E. coli bila je znakovito veća (P < 0,0001) u usporedbi s bakterijom S. aureus. Genska ekspresija CAT-a imala je tendenciju povećanja u mlijeku krava s mastitisom uzrokovanim bakterijom S. aureus u usporedbi s mlijekom krava koje su imale E. coli. Rezultati pokazuju da se mRNA razine antioksidacijskih gena mogu razlikovati ovisno o vrsti bakterije i da smanjena ekspresija antioksidacijskih gena može povećati prijemljivost na mastitis.
Genomics is a comprehensive study of the whole genome, genetic products, and their interactions. Human genome project has identified around 25,000-30,000 genes, and prevailing presence in tumor ...pathogenesis, high number of mutations, epigenetic changes, and other gene disorders have been identified. Microarrays technology is used for the analysis of these changes. Postgenome age has begun, and the initial results ensure the improvement of molecular tumor diagnostics and the making of a new taxonomic tumor classification, as well as the improvement, optimization and individualization of anti-tumor therapy. First genomic classifications have been made of leukemias, non-Hodgkin lymphoma, and many solid tumors. For example, 4 molecular types of breast carcinoma, three types of diffuse B cell lymphoma, two types of chromophobic renal carcinoma have been identified. Also, gene structures for favorable and unfavorable outcome in leukemia, breast cancer, prostate, bronchi, and other tumors have been identified. It is absolutely possible to diagnose the primary outcome of tumors with which standard tumor position may not be proved using standard diagnostic tools. Pharmacogenomic profiles have ensured better definition of interindividual differences during therapy using antineoplastic drugs and the decrease of their toxicity, as well as individual treatment approach and patient selection with which favorable clinical outcome is expected. Pharmacogenomics has impacted the accelerated development of target drugs, which have showed to be useful in practice. New genomic markers mtDNA, meDNA, and miRNA have been identified, which, with great certainty, help the detection and diagnostics of carcinoma. In the future, functional genomics in clinical oncology provides to gain knowledge about tumor pathogenesis; it will improve diagnostics and prognosis, and open up new therapeutic options.
Genomika je sveobuhvatna studija celokupnog genoma, genskih produkata i njihovih interakcija. Projekat ljudskog genoma identifikovao je oko 30.000 gena i preovladstrock;ujuće prisustvo intergenskih sekvenci. U onkogenima, supresornim genima tumora i dr. genima koji imaju ulogu u patogenezi tumora, identifikovan je veliki broj mutacija, epigenetskih promena i dr. genskih poremećaja. Za analizu ovih promena upotrebljava se mikroarej tehnologija. Postgenomska era je počela, i prvi rezultati omogućavaju da se poboljša molekularna dijagnostika tumora i izvrši nova taksonomska klasifikacija tumora, kao i da se poboljša, optimalizuje i individualizuje antitumorska terapija. Izvršene su prve genomske klasifikacije leukemija, non-Hodgkin limfoma i mnogih solidnih tumora. Na primer, identifikovana su 4 molekularna tipa karcinoma dojke, tri tipa difuznog B ćelijskog limfoma, dva tipa papilarnog karcinoma bubrega. Takodstrock;e, identifikovane su genske signature za povoljan i nepovoljan ishod u lečenju leukemije, karcinoma dojke, prostate, bronha i dr. tumora. Apsolutno je moguće dijagnostikovati primarno ishodište u tumora kod kojih se standardnim dijagnostičkim sredstvima ne može dokazati primarno ležište tumora. Farmakogenomski profili omogućili su bolje definisanje interindividualnih razlika u toku terapije antineoplastičnim lekovima i smanjenje njihove toksičnosti, kao i individualni pristup u lečenju i selekciju pacijenata u kojih se očekuje povoljan klinički ishod. Farmakogenomika je uticala na ubrzani razvoj ciljanih lekova, koji su se u praksi pokazali svrsishodnim. Identifikovani su novi genomski markeri mtDNA, meDNA i miRNA, koji sa velikom sigurnošću pomažu u detekciji i dijagnostici karcinoma. U budućnosti, funkcionalna genomika u kliničkoj onkologiji omogućće upoznavanje patogeneze tumora, poboljšaće molekularnu dijagnostiku, prognozu, i otvoriti nove terapijske opcije.
Iako su cijepljenje i istraživanja nakon cijepljenja znatno dobila na važnosti u borbi protiv bolesti u akvakulturi, malo se zna o mehanizmu imunološke zaštite u cijepljenih riba nakon izazivačke ...infekcije. U ovom se istraživanju pokušalo rasvijetliti mehanizam zaštite nakon cijepljenja modificiranim cjepivom pripravljenim od rekombinantnog proteina R (rOmpR) vezanog na adjuvans u vrste Labeo rohita (za Indiju važne vrste šarana) i izazivačke infekcije vrstom Aeromonas hydrophila. U tu svrhu analizirana je ekspresija niza imunosnih molekula (IgM, faktor 3 komplementa, interleukin 1β, interleukin 6, faktor tumorske nekroze α, interleukin 15, MHC I and MHC II) u bubrežnim tkivima cijepljenih riba 0, 12, 24, 48, 72 i 120 h nakon izazivačke infekcije. Više razine transkripata IgM, MHC I i MHC II bile su očite u skupina cijepljenih OmpR-om s mineralnim uljem kao adjuvansom i modificiranim OmpR-om s mineralnim uljem u različitim vremenskim razmacima nakon izazivačke infekcije kao i onih koje nisu bile podvrgnute izazivačkoj infekciji. Rana pojava proupalnih citokina i ekspresije većine imunosnih gena bila je više izražena u cijepljenih riba u različitim vremenskim točkama nakon izazivačke infekcije što upućuje na bolji imunosni odgovor u tih riba. Ovo istraživanje naznačuje aktivaciju i humoralne i stanične imunosti u cijepljenih rohu riba nakon izazivačke infekcije bakterijom A. hydrophila.
Uvod: Analiza genske ekspresije zasnovana na mikropostrojima je tijekom proteklog desetljeća prepoznata kao koristan alat od strane znanstvene zajednice, ali nije ušla u rutinsku dijagnostičku ...primjenu. Kako je skupa i podložna značajnim eksperimentalnim varijacijama, na trenutnom tehnološkom stupnju razvoja ta tehnologija nije prikladna za rutinske kliničko-dijagnostičke primjene. U svrhu premošćivanja jaza između mogućnosti navedene tehnologije i potreba kliničke dijagnostike razvijeni su različiti računalni alati za smanjenje dimenzionalnosti. Njihova osnovna svrha je odabir malog skupa kandidata za biomarkere iz ogromnog skupa sadržanog u profilima genske ekspresije prikladnog za rutinsko postavljanje dijagnoze.
Cilj: Slučajna šuma (engl. Random Forest, RF) se nametnula kao pouzdan pretkazatelj. Ipak, njene su mogućnosti u odabiru relevantnih gena privukle manje pažnje. Cilj ove studije je evaluacija prikladnosti na RF-u zasnovanoga odabira biomarkera iz skupova genskih profila. Tri takva skupa, preuzeta iz literature, prikupljena tijekom manjih kliničkih pokusa izabrana su u navedenu svrhu.
Rezultati: Dobiveni rezultati ukazuju da RF može lako identificirati dobre uni-varijatne klasifikatore, tj. pojedinačne biomarkere kada je složenost skupa mala. Za nešto složenije probleme pouzdani dvodimenzionalni klasifikator može se također pronaći. Ipak, ako je odnos između dijagnoze/prognoze i profila genske ekspresije vrlo složen ili ako je skup premalen, na RF-u zasnovano smanjenje dimenzionalnosti ne omogućava odabir pouzdanog skupa kandidata za biomarkere.
Zaključci: Unutar ograničenja zadanih složenošću skupa RF predstavlja prikladan alat za izbor kandidata za biomarkere.
PDF
