Adipogeneza je kompleksen proces, na katerega vpliva veliko število genetskih in okoljskih faktorjev. Ker je posledica prekomernega nalaganja maščob debelost, pogosto pa tudi pojav diabetesa tipa 2, ...postaja proučevanje molekulskih osnov adipogeneze vse bolj pomembno tudi z vidika zdravja človeka. V živalski proizvodnji proces tvorbe maščobnega tkiva pomembno vpliva na kakovost prirasta, preko porabe krme pa na ekonomičnost proizvodnje. Poleg leptina in leptinskega receptorja, ki odločilno uravnavata nalaganje maščob, je bil v zadnjem času odkrit tudi mehanizem uravnavanja tvorbe maščobnega tkiva, ki vključuje adaptivno termogenezo in biosintezo mitohondrijev. Pomembna regulatorja teh procesov sta PPARg in njegov koaktivator PGC-1a. V pričujočem prispevku opisujemo mehanizem uravnavanja adipogeneze in vlogo PPARg in PGC-1a v njem. Prikazana je tudi medvrstna primerjava aminokislinskih zaporedij PGC-1a in možnosti za razvoj farmacevtskih učinkovin, ki bi vplivale na izražanje PGC-1a.
Izhodišča: Cirkadiani ritem se uravnava na centralni in celični ravni preko transkripcijsko-translacijskih povratnih zank, ki so natančno uravnavane. Vpliv na uravnavanje cirkadianega ritma imajo ...miRNA molekule, ki skupaj s proteinskimi kompleksi privedejo do utišanja prevajanja določenih celičnih proteinov. Kronična motnja v cirkadianem ritmu lahko privede do maligne transformacije celic. Hepatocelularni karcinom je eden najpogostejših vrst raka pri človeku, pri katerem še vedno ni pojasnjen vpliv različnih signalnih poti na karcinogenezo. Namen študije je bil ugotoviti vpliv transkripcijskih dejavnikov cirkadianega ritma in miRNA na izražanje mRNA in krožnih RNA iz istega genskega lokusa, tj. gena LDLR (LDL receptor).
Metode: Poskus smo izvedli na celičnih linijah Hep G2 in Huh7. Sprva smo v celice s postopkom transfekcije vnesli želene molekule (hsa-miR-17 in cirkadiane transkripcijske faktorje), s katerimi smo želeli vplivati na izražanje genov, ki so nas zanimali. Iz celic smo nato osamili RNA, ki smo jo nato prepisali v komplementarno DNA in izvedli qPCR (kvantitativno verižno reakcijo s polimerazo), na podlagi katere smo sklepali na raven izražanja želenih genov. Rezultate smo računalniško obdelali in jih grafično predstavili.
Rezultati: Z obdelavo rezultatov smo ugotovili, da nobene od treh hipotez nismo uspeli potrditi, saj pri nobenem rezultatu v stopnji izražanja želenih genov nismo ugotovili statistično pomembne razlike (α=0,05).
Zaključki: Kljub temu da sprememb v izražanju genov nismo uspeli potrditi, bi bilo raziskovano področje vredno nadaljnjih raziskav, ki bi trdneje prikazale povezavo. Osrediniti bi se morali na konkretne molekule, s čimer bi pridobili nove tarče za zdravljenje jetrnih bolezni, s katerimi bi izboljšali kakovost življenja bolnikov s HCC. Ugotovili bi lahko tudi nove dejavnike tveganja, na podlagi katerih bi lahko bolje ozaveščali prebivalstvo o preventivi, ki bi zmanjšala incidenco HCC.
Nova generacija sekvenciranja predstavlja znatan tehnološki napredak koji omogućuje velik napredak u poznavanju genoma životinja te sve širu primjenu u različitim područjima veterinarske medicine. ...Danas se napredne tehnologije primjenjuju u sekvenciranju cijelog genoma životinja, sekvenciranju njihovih egzoma, ciljanom sekvenciranju DNK fragmenata i sekvenciranju RNK. Ovaj pregled usmjeren je na trenutačna dostignuća, primjenu i izazove povezane s uporabom naprednih tehnologija sekvenciranja. Prikazana je i primjena tehnologije nove generacije sekvenciranja u genomici životinja kao i njezin daljnji razvoj i buduća primjena.
Završetkom projekta sekvenciranja ljudskoga genoma, omogućen je znatan napredak u molekularnoj biologiji čime se otvaraju novi viditci, kao i mogućnosti i u veterinarskoj medicini. Nova generacija ...sekvenciranja predstavlja znatan tehnološki napredak, koji omogućuje velik napredak u poznavanju genoma životinja te sve širu primjenu u različitim područjima veterinarske medicine. U radu su podrobno opisane različite metode novih generacija sekvenciranja, navodeći prednosti i nedostatke svake od platformi, prikazana je i povijest razvoja sekvenciranja kao i njezin daljnji razvoj i buduća primjena.
Molecular genetic testing is part of modern medical practice. DNA tests are an essential part of diagnostics and genetic counseling in single gene diseases, while their application in polygenic ...disorders is still limited. Pharmacogenetics studies DNA variants associated with variations in drug efficacy and toxicity, and tests in this field are being developed rapidly. The main method for molecular genetic testing is the polymerase chain reaction, with a number of modifications. New methods, such as next generation sequencing and DNA microarray, should allow simultaneous analysis of a number of genes, even whole genome sequencing. Ethical concerns in molecular genetic testing are very important, along with legislation. After molecular genetic testing, interpretation of results and genetic counseling should be done by professionals. With the example of thrombophilia, we discuss questions about genetic testing, its possibilities and promises.
Molekularno genetički testovi su deo savremene medicinske prakse. Primenjuju se pre svega u dijagnostici i genetičkom savetovanju kod monogenskih bolesti, dok su kod poligenskih poremećaja još uvek u razvoju. Farmakogenetski testovi su vezani za ulogu DNK varijanti u različitom odgovoru na terapiju i već dobijaju punu afirmaciju. Metode izvođenja molekularno genetičkih testova su bazirane na reakciji lančane polimerizacije DNK (PCR) i njenim modifikacijama. Nove metode, kao što su sledeća generacija sekvenciranja i primena genskih čipova, omogućiće simultano dobijanje velikog broja podataka o ispitivanoj DNK, pa čak i analizu čitavog genoma. Molekularno genetičko testiranje je povezano sa striktnim etičkim postulatima, koji su i zakonski regulisani. Tumačenje rezultata testiranja i sledstveni genetički savet treba da da profesionalac. Na primeru trombofilije iznosimo savremene stavove o genetičkom testiranju, razmatramo njegove mogućnosti i nove smernice.
Rodovniški podatki kontroliranih tropov so bistvenega pomena za rejce ovc in izvajanje selekcijskih programov. V tej študiji smo preverili, če je možno z osmimi molekularno genetskimi označevalci ter ...uporabo računalniškega programa ATLAS preveriti skladnost podatkov v več-generacijskih rodovnikih jezersko-solčavske in oplemenjene jezersko-solčavske pasme. Ugotovili smo 90,9 % točnost beleženja rodovniških podatkov, medtem ko smo neskladja ugotovili pri štirih družinah od 44-ih. V dveh primerih je bil potomcu nepravilno pripisan oče ali mati, pri ostalih dveh primerih pa sta bila jagnjetu napačno pripisana oba starša. V drugem delu raziskave smo poskušali z istim nizom mikrosatelitnih označevalcev določiti očetovstva štirim jagnjetom istrske pramenke, kjer v času paritev v trop pripuščajo dvajset ovnov in tako jagnje nima poznanega očeta. Trem jagnjetom smo lahko nedvoumno določili očeta z izločitvijo ostalih devetnajstih. V enem primeru smo ugotovili, da niz osmih označevalcev ni dovolj informativen za določitev očeta potomcu, zato smo analizo razširili in z vključitvijo dodatnih štirih mikrosatelitnih označevalcev uspešno določili očetovstvo tudi v tem primeru. Z izbranim nizom molekularnih označevalcev in obdelave podatkov je možno učinkovito preverjati obstoječe rodovniške podatke in napovedati očetovstvo jagnjetom v tropih, kjer pripuščajo večje število ovnov. Rezultati take analize so lahko v pomoč rejcem in selekcijskim službam za izboljšanje točnosti rodovniških podatkov in učinkovitejše načrtovanje reje in selekcije pri ovcah.
Z razvojem molekularne genetike so postale inbridirane linije učinkovito in nepogrešljivo orodje v biomedicinskih raziskavah. Njihova uporabnost sega od raziskovanja osnovnih mehanizmov delovanja ...genov in genskega uravnavanja do razvoja modelov za človeške bolezni, ki so nepogrešljivi pri raziskovanju patofizioloških, biokemičnih in molekularnih mehanizmov nastanka in razvoja bolezni kot tudi pri razvijanju novih terapevtskih sredstev. Zato je povsem razumljivo, da so zahteve po uniformnih in avtentičnih živalih znotraj genetsko standardiziranih linij upravičene in s stališča verodostojnosti rezultatov nujne. Namen prispevka je opozoriti na potencialne vire genetskega razhajanja med linijami in predstaviti metode, ki se lahko uporabljajo pri genetskem nadzoru glodalcev (predvsem laboratorijskih miši in podgan) tako v vzrejnih kot poskusnih enotah.
V zadnjem obdobju smo priča znatnemu naraščanju uporabe mikroračunalnikov pri raziskavah in analizah zaporedij DNA. Molekule DNA so računalnikom najpogosteje predstavljene v obliki zapisov v formatu ...FASTA , ki kodirajo sekvence DNA v obliki ASCII niza štirih nukleotidnih oznak A, G, C in T, katerim se po potrebi pridružijo še degenerativne kode in znak za presledek, ko gre za množice med seboj poravnanih zaporedij DNA. Zapis FASTA je dojemljiv za biologa in enostaven za programerja, ki razvija računalniški program, saj si pri razvoju lahko pomaga z bogatim naborom obstoječih knjižnic za delo z znakovnimi polji. Kljub omenjenim prednostim ima zapis FASTA določene slabosti, kot je manj učinkovito iskanje zaporedij nukleotidov, še posebej ob prisotnosti degenerativnih kod. Druga slabost izvira iz dejstva, da vsak posamezni znak FASTA za presledek zasede po en zlog računalniškega pomnilnika, kar je ob prisotnosti velikega števila presledkov neučinkovito in tudi dodatno manjša hitrost iskanja nukleotidnih zaporedij. Zaradi omenjenih slabosti predstavljamo alternativni zapis zaporedij DNA, ki omogoča hitrejše iskanje nukleotidnih zaporedij in učinkovitejše shranjevanje informacij o poravnavi, kar vodi v hitrejše delovanje programov in odpira možnost shranjevanja večjega števila zapisov DNA v delovni pomnilnik računalnika.
Gene expression analysis by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) allows accurate and sensitive measurment of gene expression levels. However, a series of steps needs ...to be taken to ensure the relevance, accuracy, correct interpretation and repeatability of the RT-qPCR experiment. We describe here a simple experiment of determining relative gene expression for caspase 8 gene in chicken chondrocytes treated with an apoptosis inducing compound 5-fluorouracil. We use this example to point out some important guidelines in setting up a gene expression study in tissue cells, analyzing and interpreting the results and reporting on the findings.
Analiza izražanja genov z metodo reverznega pomnoževanja in kvantitativne verižne reakcije s polimerazo v realnem času (RT-qPCR) omogoča natančno in občutljivo določanje nivoja izražanja tarčnih genov. Vendar je za zagotavljanje točnosti, natančne interpretacije in ponovljivosti eksperimenta, predvsem pa relevantnosti rezultatov, pomembno natančno poznavanje korakov postopka. V tem prispevku opisujemo enostaven poskus, v katerem smo v celični liniji kokošjih hondrocitov, ki smo jih tretirali s spojino 5-fluorouracil, ki sproži apoptozo, določili relativno izražanje gena, ki kodira encim kaspazo 8. Ta primer smo uporabili za izpostavitev nekaterih pomembnih smernic pri oblikovanju študije izražanja genov v tkivnih celicah, analizi in interpretaciji rezultatov ter oblikovanju zaključkov.
Osteogenesis imperfecta (OI) je obilježena prijelomima uz minimalnu ili odsutnu traumu i predstavlja kontinuum u rasponu od
perinatalne smrtnosti, osobe s teškim skeletnim deformitetima do gotovo ...asimptomatskih osoba s niskom sklonošću prijelomima.
Dijagnosticiranje OI je interdisciplinski zadatak koji se temelji na obiteljskoj i/ili bolesnikovoj povijesti prijeloma u kombinaciji sa
znakovitim fi zičkim nalazima. Radiografsko snimanje otkriva prijelome različite starosti i stadija zaraštanja, Wormove kosti i osteopeniju.
Kako nema konačnog testa za OI, molekularno genetsko testiranje pomoću next generation sequencing (NGS) gena COL1A1
i COL1A2 te do 12 drugih gena bitno je za potvrdu genetske podloge. Stoga smo izradili NGS genski panel koji sadrži 12 gena uključenih
u OI ili tešku osteoporozu. Prikazujemo rezultate dobivene u nizu od 11 očito sporadičnih mladih bolesnika s OI, svi potomci
nezahvaćenih roditelja, koji su bili upućeni na ortopedsku kirurgiju u Specijalnoj bolnici sv. Katarina u Zaboku/Zagrebu. Deset od tih
11 bolesnika mogli smo genetski klasifi cirati. Sveukupno, uključena su bila tri gena u različitim postocima u našem nizu bolesnika:
COL1A1 (63,6%), COL1A2 (18,18%) i WNT1 (9,09%).
Celotno besedilo
Dostopno za:
DOBA, IZUM, KILJ, NUK, PILJ, PNG, SAZU, UILJ, UKNU, UL, UM, UPUK
PDF
