Določanje odprtih regij kromatina v celicah CHO s transpozazo in sekvenciranjem naslednje generacije = Determination of chromatin open regions in CHO cells with transposase and next generation sequencing : magistrska naloga : enoviti magistrski študij farmacija
Tuta, Nika
Rekombinantna tehnologija je omogočila velik napredek na področju bioloških zdravil in zdravljenja mnogih bolezni. Proizvodnja bioloških zdravil poteka v ustreznih ekspresijskih sistemih, med ...katerimi so najbolj pogosto uporabljene ovarijske celice kitajskega hrčka (CHO), ki so relativno enostavne za genetsko manipulacijo in omogočajo človeku kompatibilne post-translacijske modifikacije proteinov. Trenutne strategije razvoja rekombinantnih celičnih linij temeljijo na naključni integraciji ekspresijskega vektorja v genom. Z razvojem orodij urejanja genoma in vse boljše bioinformatske analize genoma celic CHO pa se razvijajo metode integracije ekspresijskega vektorja v tarčne genomske regije, ki bi potencialno lahko omogočile razvoj visoko producirajočih in stabilnih celičnih linij. V okviru magistrske naloge smo želeli poiskati aktivne regije genoma, kjer se nahajajo regulatorni elementi, ki regulirajo transkripcijo bližnjih genov. Za te regije je značilno, da je kromatin v odprti obliki, saj s tem omogoča dostop transkripcijski mašineriji. Odprte regije kromatina v celicah CHO smo iskali z metodo, ki temelji na uporabi encima modificirane transpozaze, ki dostopne predele kromatina fragmentira in hkrati doda sekvenčne adapterje, ki omogočijo nadaljno analizo DNA fragmentov s sekvenciranjem naslednje generacije. V sklopu optimizacije metode smo določili, da optimalno število celic za pripravo ustrezne knjižnice DNA znaša 5x 104 celic in da moramo za dosego minimalno pomnožene knjižnice zmanjšati število ciklov PCR za dva glede na protokol iz literature. Za analizo sekvenčnih odčitkov smo testirali več bioinformatskih pristopov ter tri različne referenčne genome CHO. Ugotovili smo, da je referenca CHOK1GS_HDv najbolj reprezentativna, saj so se sekvenčni odčitki nanjo prilegali v več kot 94 %. Ponovljivost metode smo potrdili s sekvenciranjem dveh replikatov in močno korelacijo (Pearsonov korelacijski koeficient = 0,95) med regijami, ki so bile skupne obema vzorcema. Po uspešni implementaciji metode na celicah CHO smo odprte regije iskali v treh starševskih celičnih linijah CHO in v dveh časovnih točkah bioprocesa (na dan 3 in dan 7), saj smo želeli določiti univerzalne in stabilno odprte regije. Med odprtimi regijami smo nato identificirali super-ojačevalce in rezultate primerjali z javno dostopno podatkovno bazo transkripcijsko aktivnih regij v celicah CHO. Za več kot polovico identificiranih super-ojačevalcev smo potrdili, da gre res za transkripcijsko aktivne regije. Zaključimo lahko, da je ta metoda določanja odprtih regij kromatina hitra, enostavna in uporabna tudi za identifikacijo super-ojačevalcev.
Vrsta gradiva - magistrsko delo
; neleposlovje za odrasle
Založništvo in izdelava - Ljubljana : [N. Tuta], 2019
Knjižnica emšf 615 TUTA NIKA Določanje 685 IN: 0016119
prosto - za čitalnico
Vnos na polico
Dodajanje gradiva na polico je uspelo.
Dodajanje gradiva na polico je spodletelo.
Dodajanje gradiva na polico ni bilo potrebno.
Bibliografsko gradivo je bilo uspešno dodano na polico.
Dodajanje bibliografskega gradiva na polico ni uspelo.
Gradivo je že na polici.
Trajna povezava
URL:
Faktor vpliva
Dostop do baze podatkov JCR je dovoljen samo uporabnikom iz Slovenije. Vaš trenutni IP-naslov ni na seznamu dovoljenih za dostop, zato je potrebna avtentikacija z ustreznim računom AAI.
Leto
Faktor vpliva
Izdaja
Kategorija
Razvrstitev
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
JCR
SNIP
Izberite knjižnično izkaznico:
Baze podatkov,
v katerih je revija indeksirana
Ime baze podatkov
Področje
Leto
Povezave do osebnih bibliografij avtorjev
Povezave do podatkov o raziskovalcih v sistemu SICRIS
Storitev za pridobivanje naslova trenutno ni dostopna, prosimo, poskusite še enkrat.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in naslov za dostavo ter dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrani naslov za dostavo in dokončali postopek rezervacije.
Obvestilo
Trenutno je storitev za avtomatsko prijavo in rezervacijo nedostopna. Gradivo lahko rezervirate sami na portalu Biblos ali ponovno poskusite tukaj kasneje.
Citiranje
Funkcionalnost trenutno ni na voljo. Prosimo, poskusite kasneje.
