Cross‐kingdom interactions with plants were frequently related to microbial pathogens and herbivores. Yet, mutualistic interactions that involve multiple partners can confer cross‐kingdom functional benefits, which have been understudied. Ant gardens (AGs) are recognized as one of the most sophisticated of all symbioses between ants and flowering plants, forming good models to study cross‐kingdom interactions. The aim of this study was to examine whether ant‐plant interactions can influence the community composition of root‐associated fungi. We assessed whether two AG ant species, Camponotus femoratus and Neoponera goeldii, confer different physico‐chemical properties to their nests, and affect root fungal community composition and fungal functional guilds in the bromeliad Aechmea mertensii. The diversity and community composition of root‐associated fungi depended on ant species identity. The two ants had a contrasting influence on the structure and chemistry of the nest, and on the floristic diversity of the AGs. Multiple drivers may therefore determine the root‐associated fungal communities. As the outcome of the ant‐bromeliad interaction depends on the ant species, and because the plants are also involved in interactions with root‐associated symbionts, this study provided evidence that ecologically relevant symbioses can be mediated by cross‐kingdom interactions. in French is available with online material. RESUMÉ Les interactions inter‐règnes avec les plantes ont été principalement abordé par l’étude d’interactions antagonistes avec des pathogènes et des herbivores. Pourtant, les interactions mutualistes qui impliquent plusieurs partenaires peuvent conférer des avantages inter‐règnes qui ont été jusqu’à présent très peu étudiés. Les jardins de fourmis sont reconnus comme l’un des mutualismes les plus sophistiqués entre des fourmis et des plantes à fleurs, et constituent de bons modèles pour étudier les interactions inter‐règnes. L’objectif de cette étude était d’examiner si les interactions plantes‐fourmis pouvaient influencer la composition de la communauté fongique des racines. Nous avons évalué si les deux espèces de fourmis initiant les jardins de fourmis, Camponotus femoratus et Neoponera goeldii, modifiaient les propriétés physico‐chimiques de leurs nids en carton et affectaient la composition et les groupes fonctionnels des communautés fongiques dans les racinaires de la broméliacée Aechmea mertensii. La structure et la composition chimique du nid en carton et la diversité floristique des jardins de fourmis étaient différentes selon l’espèce de fourmis. La diversité et la composition des communautés fongiques racinaires dépendaient de l’identité de la fourmi alors que la diversité fonctionnelle était inchangée. De multiples facteurs biotiques et abiotiques peuvent donc modifier les communautés fongiques associées aux racines. Comme les bénéfices de l’interaction plantes‐fourmis dépendent de l’espèce de fourmis, et comme les plantes sont également impliquées dans des interactions avec des endophytes racinaires, cette étude met en évidence l’importance des interactions inter‐règnes dans la structuration des communautés fongiques racinaires. The two ant gardens ants Camponotus femoratus and Neoponera goeldii had a contrasting influence on the structure and chemistry of the nest, and on the floristic diversity of the ant‐gardens. The diversity and community composition of root‐associated fungi in the bromeliad Aechmea mertensii depended on ant species identity. This study provided evidence of the importance of cross‐kingdom interactions in structuring root‐associated fungal communities