Aim Island biotas provide opportunities to study colonization and adaptation to novel environments. Islands, especially near‐shore islands, may have a long record of human habitation such that some lineages result from human‐assisted introductions. Here, we combine phylogenetic analyses with fossil data and historical specimen records to reconstruct colonization histories, characterize among‐island divergence and assess the role of humans in shaping the evolutionary history of lizards inhabiting a near‐shore island archipelago. Location Channel Islands and adjacent mainland of California, United States. Taxa Western fence lizard (Sceloporus occidentalis), southern alligator lizard (Elgaria multicarinata), common side‐blotched lizard (Uta stansburiana). Methods We sequenced mitochondrial DNA (ND1, cyt‐b) from each of three lizard species, covering their entire island distributions plus the adjacent mainland. For each, we estimated diversity within and among each island, obtained maximum likelihood bootstrapped phylogenies, constructed haplotype networks and tested for population expansion. We used museum specimen records and microfossil evidence to infer colonization scenarios. Results Sceloporus occidentalis is characterized by a single island‐colonization event, and exhibits the deepest divergences from mainland relatives and the highest among‐island divergence. Elgaria multicarinata and Uta stansburiana each have at least three distinct colonization events, with fossil and historical data indicating that some of these occurred after humans arrived to the islands. Main Conclusions The evolution of Channel Island lineages for two lizard taxa has been mediated by ancient and contemporary anthropogenic activity, while the evolution of the third is shaped by natural dispersal and vicariance caused by sea‐level rise. Genetic divergence corroborates the treatment of S. occidentalis as an endemic island species, Sceloporus becki. The unique histories of these three taxa are synthesized with other Channel Island lineages highlighting that taxa inhabiting islands with long histories of human activity should be carefully studied to assess the role of people in facilitating colonization and subsequent gene flow. Objetivo Las biotas de islas proveen oportunidades para estudiar la colonización y la adaptación a ambientes novedosos. Las islas, en especial aquellas cerca de la costa, pueden tener un largo historial de actividad humana, de tal modo que muchos linajes pueden ser resultado de introducciones asistidas por humanos. En este estudio combinamos análisis filogenéticos con registros fósiles y registros históricos de especímenes en las islas para reconstruir la historia de colonizaciones, caracterizar la divergencia entre las islas, y evaluar el rol de los humanos en amoldar la historia evolutiva de lagartijas que habitan este archipielago. Localidad Las Islas Channel, adyacentes a California continental, EEUU. Taxa Sceloporus occidentalis, Elgaria multicarinata, y Uta stansburiana. Métodos Secuenciamos ADN mitocondrial (ND1 y cyt‐b) de múltiples especímenes de tres especies de lagartijas, y abarcando la totalidad de su distribución en las islas y parte del continente aledaño. Para cada especie, estimamos la diversidad dentro y entre islas, obtuvimos filogenias de máxima verosimilitud, contruimos redes de haplotipos e hicimos pruebas de expansión poblacional. Usamos registros fósiles y registros de museos para inferir distintos escenarios de colonización. Resultados Sceloporus occidentalis se caracteriza por tener un solo evento de colonización, y exhibe la mayor divergencia con respecto al continente y también entre las islas. Elgaria multicarinata y Uta stansburiana tienen al menos tres eventos de colonización, y los registros fósiles y de especímenes sugieren que algunos de estos eventos ocurrieron luego de que los humanos llegaran a las islas. Conclusiones La evolución de los linajes de las islas Channel para dos de las especies de lagartijas ha sido mediado por actividad antropogénica tanto reciente como antigua, mientras que la evolución de la tercera especie parece ser mediada por eventos naturales y por vicarianza debido a la subida del nivel del mar. La divergencia genética corrobora el tratamiento de S. occidentalis como una especie endémica de las islas Channel, S. becki. Las historias únicas de estas tres especies son contextualizadas con otros linajes de las islas Channel, resaltando que las especies que habitan islas con larga historia de actividad antropogénica deben ser estudiadas minuciosamente para poder evaluar el rol de los humanos en facilitar tanto colonizaciones como flujo génico posterior.