Mikročipiranje se pokazalo najkorisnijom metodom označavanja životinja u veterinarskoj medicini i stočarstvu. Zbog visoke učinkovitosti i jednostavne primjene vrlo brzo je doseglo globalne razmjere. U Republici Hrvatskoj mikročipiranje smiju obavljati samo ovlašteni veterinari koji su dužni slijediti zakonski propisane upute o načinu implantacije. Mikročip je pasivan uređaj i svojom prisutnošću ne šteti organizmu. Od početka njegove uporabe kao uređaja za označavanje životinja, prijavljeno je svega nekoliko slučajeva nuspojava i istraživanja u svrhu proučavanja njegove biokompatibilnosti s organizmom. Među najčešćim neželjenim učincima spominju se pretjerane reakcije organizma, tumori, pogrešna implantacija te migracija kao daleko najzastupljenija pojava. Iako su nuspojave moguće, današnjim napretkom tehnologije, usavršavanjima u području biokompatibilnosti te trajanju mikročipova, njihov rizik sveden je na minimum. Uz sve navedeno, odgovornost veterinara za pravilnu implantaciju ima znatnu ulogu u smanjivanju tog rizika. Microchipping of animals has proven to be the most useful animal marking technique. Due to its high efficiency and easy application, it quickly reached a global scale. Microchipping in the Republic of Croatia may only be performed by authorized veterinarians who are obliged to abide by the legislation regulating implantation. The microchip is a passive device and its presence causes no harm to the animal. Since its common use as an animal marking technique, only a few studies have reported side effects. Most of the side effects are excessive body reactions, tumours, incorrect implantation and migration. Although side effects are possible, today’s technological advancements in the area of biocompatibility and duration of microchips have reduced the risk of side effects to a minimum. Additionally, the veterinarian’s responsibility for proper implantation also plays a role in reducing this risk.