Resumen: La soberanía alimentaria es el derecho colectivo a decidir sobre la producción, distribución y consumo de alimentos y promueve la generación de suministros alimenticios para el consumo local de tal forma que los consumidores queden resguardados de la volatilidad de los precios de mercados internacionales. En los pueblos indígenas esta tendencia resulta trascendental para hacer frente a condiciones de inequidad histórica que han impactado negativamente su salud pública. No obstante, es ignorada en algunos casos y en otros reemplazada por nociones centradas en la seguridad alimentaria, término alineado con políticas transnacionales derivadas del modelo económico dominante. Objetivo: analizar con tres comunidades indígenas de Colombia las perspectivas de soberanía alimentaria y su influencia en la salud. Método: investigación participativa basada en la comunidad, para recolectar datos mediante grupos de discusión, entrevistas y observación. La población de estudio fueron tres comunidades indígenas del sur de Colombia. La selección de participantes se realizó según su trayectoria en la comunidad. Resultados: las comunidades entienden la soberanía alimentaria como la conservación de semillas nativas y alimentos propios, vista como oportunidad para el cuidado de la salud. Su debilitamiento se relaciona con el desarrollo de enfermedades de las personas y de la madre tierra. Para su fortalecimiento identificaron el tul, el yatul y la chagra (huerta) que reafirman la unión familiar, contribuyen a la recuperación de modos de producción desde la sabiduría ancestral y se posicionan como alternativa para la sostenibilidad económica. Conclusión: la soberanía alimentaria conserva los saberes y prácticas tradicionales para una alimentación propia, debilitada por los sistemas agroindustriales. Es asumida como iniciativa local suscrita en un proyecto global de resistencia política y económica para la salud colectiva de los pueblos.