Objectives We adapted a rapid quality of care monitoring method to a fragile state with two aims: to assess the delivery of child health services in South Sudan at the time of independence and to strengthen local capacity to perform regular rapid health facility assessments. Methods Using a two‐stage lot quality assurance sampling (LQAS) design, we conducted a national cross‐sectional survey among 156 randomly selected health facilities in 10 states. In each of these facilities, we obtained information on a range of access, input, process and performance indicators during structured interviews and observations. Results Quality of care was poor with all states failing to achieve the 80% target for 14 of 19 indicators. For example, only 12% of facilities were classified as acceptable for their adequate utilisation by the population for sick‐child consultations, 16% for staffing, 3% for having infection control supplies available and 0% for having all child care guidelines. Health worker performance was categorised as acceptable in only 6% of cases related to sick‐child assessments, 38% related to medical treatment for the given diagnosis and 33% related to patient counselling on how to administer the prescribed drugs. Best performance was recorded for availability of in‐service training and supervision, for seven and ten states, respectively. Conclusions Despite ongoing instability, the Ministry of Health developed capacity to use LQAS for measuring quality of care nationally and state‐by‐state, which will support efficient and equitable resource allocation. Overall, our data revealed a desperate need for improving the quality of care in all states. Objectifs Nous avons adapté une méthode rapide de surveillance de la qualité des soins dans un Etat fragile avec deux buts: évaluer la prestation des services de santé de l'enfant dans le Sud‐Soudan à l’époque de l'indépendance et renforcer les capacités locales à effectuer des évaluations rapides et régulières des établissements de santé. Méthodes En utilisant le concept d’échantillonnage par Assurance de la Qualité du Lot (LQAS) à deux étapes de la conception, nous avons mené une enquête transversale nationale dans 156 établissements de santé choisis aléatoirement dans 10 Etats. Dans chacun de ces établissements, nous avons obtenu des informations sur une gamme d'accès, d'intrants, de processus et d'indicateurs de performance au cours d'entretiens et d'observations structurés. Résultats La qualité des soins était faible avec tous les Etats n'atteignant pas l'objectif de 80% pour 14 sur 19 indicateurs. Par exemple, seuls 12% des établissements ont été classés comme acceptables pour leur utilisation adéquate par la population pour les consultations des enfants malades, 16% pour le personnel, 3% pour la disponibilité de fournitures de lutte contre les infections et 0% pour la disponibilité de toutes les directives pour les soins de l'enfant. La performance des agents de santé a été classée comme acceptable dans seulement 6% des cas liés aux évaluations des enfants malades, 38% des cas liés à un traitement médical pour le diagnostic posé et 33% des cas liés à des conseils aux patients sur la façon d'administrer les médicaments prescrits. La meilleure performance a été enregistrée pour la disponibilité de la formation et la supervision au sein du service pour 7 et 10 Etats, respectivement. Conclusions Malgré l'instabilité actuelle, le Ministère de la Santé a développé la capacité à utiliser la méthode LQAS pour mesurer la qualité des soins à l’échelle nationale et par Etat, ce qui soutiendra une répartition efficace et équitable des ressources. Dans l'ensemble, nos données ont révélé un besoin désespéré de l'amélioration de la qualité des soins dans tous les Etats. Objetivos Hemos adaptado un método rápido para la monitorización de la calidad de cuidados sanitarios a un estado frágil con dos objetivos: evaluar la entrega de servicios sanitarios infantiles en el Sur de Sudán en el momento de la independencia, y fortalecer la capacidad local de desempeñar evaluaciones regulares rápidas a los centros sanitarios. Métodos Utilizando un diseño de muestreo de aceptación de lotes (LQAS), hemos realizado un estudio croseccional a nivel nacional en 156 centros sanitarios de 10 estados seleccionados al azar. En cada una de estas instalaciones hemos obtenido información sobre un rango de indicadores de acceso, ingresos, procesos, y desempeño durante entrevistas estructuradas y observaciones. Resultados La calidad de los cuidados era mala y en ninguno de los estados se alcanzaba el objetivo del 80% en 14 de 19 indicadores. Por ejemplo, solo un 12% de las instalaciones estaban clasificadas como aceptables para un uso adecuado de la población en lo que respectaba a consultas de niños enfermos, 16% por personal, 3% por disponibilidad de insumos para el control de infecciones, y 0% por tener todas las guías para el cuidado y la atención infantil. El desempeño de los trabajadores sanitarios estaba catalogado como aceptable en solo un 6% de los casos relacionados con la evaluación de niños enfermos, 38% relacionados con el tratamiento médico para un diagnóstico específico, y 33% relacionado con el aconsejamiento del paciente acerca de la administración de la medicación prescrita. El mejor desempeño se registró para la disponibilidad de formación y supervisión dentro del servicio, en siete de los diez estados, respectivamente. Conclusiones A pesar de la inestabilidad existente, el Ministerio de Salud ha desarrollado la capacidad de utilizar LQAS para medir la calidad de los cuidados a nivel nacional y en cada estado, lo cual facilitará una distribución eficiente y equitativa de los recursos. En general, nuestros datos revelan una gran necesidad de mejora en la calidad de la atención en todos los estados.