A crise mundial da água não se limita em sua disponibilidade, mas também na qualidade da água superficial, que embora em abundância em certas regiões, não é devidamente preservada. A APA do rio Uberaba foi criada principalmente para manutenção dos recursos hídricos para abastecimento público. Contudo, observa-se mudanças no uso e ocupação do solo, resultado da expansão agropecuária nos últimos anos, aumentando a fragmentação florestal, o que favorece o assoreamento e compromete a disponibilidade de água. Assim, o presente estudo realizou o diagnóstico ambiental da microbacia do Mutum, inserida na APA, por meio de biomonitoramento com macroinvertebrados bentônicos, análises visuais, microbiológicas e físico-químicas. Os valores dos parâmetros físico-químicos não ultrapassaram os limites estabelecidos para rios de classe II, com exceção dos metais: Cd, Cu, Fe e Ni, os quais podem ser oriundos de disposição inadequada de resíduos, lixiviação de agrotóxicos e tipo de rocha. A degradação ambiental foi constatada pela aplicação do Protocolo de Avaliação Rápida de Rios (PAR) e confirmada pela presença de E. coli nas amostras de água e pela avaliação dos macroinvertebrados bentônicos. Os índices biológicos mostraram baixa diversidade de táxons e elevada dominância de quironomídeos, larvas de insetos resistentes a estresses ambientais. O ponto com maior estabilidade das margens e proteção pela vegetação ripária apresentou os melhores índices biológicos. Por se tratar de uma Unidade de Conservação de uso sustentável, constituída por propriedades privadas, a qualidade ambiental deve ser monitorada e incentivada na região para que a APA possa manter os serviços ambientais prestados.