Abstract Estuaries are important ecosystems due to the ecological services they provide, acting as nurseries for many species of fish and invertebrates, and are also used as environments for the extraction and cultivation of mollusks. Oysters are animals that filter water to obtain oxygen and nutrients. In this process, they can bioaccumulate microorganisms and chemical substances in their tissues. The growth of mollusk culture in Northeastern Brazil requires the health identification of cultivated oysters through the quantification of the potentially harmful microbiota accumulated in the animals. Therefore, the present work aims to quantify and identify bacteria and possible pathogens found in the tissues of cultivated oysters and their culture waters. The Most Probable Number of Coliforms (MPN) in oysters and water were considered suitable according to the Brazilian current legislation, Vibrio sp. obtained low colonization and Salmonella sp. was not observed. The prevalence of microorganisms potentially pathogenic to oysters was 33.7%, highlighting metazoans and Nematopsis sp., however, the intensity of the infestation of these organisms was moderate. The low contamination of oysters demonstrates that this culture environment is promising for this activity. However, continuous environmental and sanitary monitoring is fundamental to guarantee the safety of the culture waters and the sustainability of aquaculture activities. Resumo Os estuários são ecossistemas importantes devido a serviços ecológicos que fornecem, os quais conferem a função de berçário para muitas espécies de peixes e invertebrados, e também são utilizados como ambientes de extração e cultivo de moluscos. As ostras são animais que filtram a água para obtenção de oxigênio e nutrientes. Nesse processo podem bioacumular microorganismos e substâncias químicas em seus tecidos. O crescimento da malacocultura no Nordeste do Brasil fomenta a necessidade de identificar a sanidade das ostras cultivadas através da quantificação da microbiota potencialmente nociva acumulada nos animais. Portanto o presente trabalho visa quantificar e identificar bactérias e possíveis patógenos encontrados nos tecidos dos moluscos cultivados e nas suas águas de cultivo. O Número mais Provável de Coliformes (NMP) nas ostras e na água foram considerados próprios segundo as legislações vigentes, Vibrio sp. obteve baixa colonização e Salmonella sp. não foi observada. A prevalência de microorganismos potencialmente patógenos para as ostras foi de 33,7%, destacando como mais prevalentes os metazoários e Nematopsis sp., porém a intensidade da infestação desses organismos foi moderada. A baixa contaminação das ostras demonstra que este ambiente de cultivo é promissor para esta atividade. No entanto, o contínuo monitoramento ambiental e sanitário é fundamental para garantir a inocuidade das águas de cultivo e a sustentabilidade das atividades aquícolas.