El mejoramiento genético de la caña de azúcar es un proceso laborioso y lento, que toma entre 10 y 15 años de intensas evaluaciones para la obtención de un nuevo cultivar. Diversas herramientas biotecnológicas aplicadas en determinadas etapas del esquema de mejora pueden hacer más eficiente el proceso global, aportando información más precisa a los mejoradores. Además, la transformación genética y la edición génica permiten incorporar nuevas características de interés a los nuevos cultivares desarrollados. El programa de mejoramiento genético de la Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres ha incorporado exitosamente la utilización de marcadores moleculares para determinar la diversidad genética de su banco de germoplasma, para la identificación de marcadores ligados a características de rendimiento y de resistencia a enfermedades, para la certificación de pureza genética, y para el diagnóstico molecular de enfermedades. Asimismo, se realizó la transformación genética de variedades comerciales locales para conferir resistencia a estrés biótico mediante biobalística, y actualmente se desarrollan nuevas líneas mediante edición génica. El desarrollo y la incorporación de "nuevas tecnologías de mejoramiento" en un esquema de mejora tradicional es un gran desafío y en este caso han sido implementadas de manera efectiva para el mejoramiento de caña de azúcar.