Rodbina gospodov Črnomaljskih, ki je uporabljala grb s šahirano črno-rdečo prečko na belem polju, je v 14. stoletju spadala med goriško ministerialiteto. Ob izumrtju istrske veje Goriških grofov so postali habsburški vazali in se vseskozi izkazovali v njihovi službi. Rod je doživel vrh v 15. stoletju za časa Martina in njegovih nečakov Gašperja in Jurija, sinov Petra Črnomaljskega, ki sta zase in za svoje potomce prejela plemiški naslov baronov, častni naslov dednih točajev na Kranjskem in v Slovenski marki ter cesarskih zastavnikov. Tedaj so se Črnomaljski uveljavili kot ključni zavezniki cesarja Friderika III. na Kranjskem in temu primerno opravljali pomembne službe. Poleg izvorne posesti, gospostva Črnomelj, so v 15. stoletju pridobili vrsto drugih posesti (Hmeljnik, Štatenberk) in gradiščanstev (Novi grad, Klevevž), ki so jih posedovali še v 16. stoletju ter so jih uvršale med najpremožnejše plemiške rodbine na Kranjskem. Čeprav je imel Jurij dva poročena sinova, sta umrla brez potomstva, tako da se je rodbina nadaljevala po Janezu (III.), sinu Gašperja Črnomaljskega. Reformacija je na Kranjsko prišla v sredini dvajsetih let 16. stoletja, ko je bil na čelu rodbine Krištof (II.), ki pa ga, navkljub vrsti »ravnanj« in članstvu v od šestdesetih let 16. stoletja že skorajda povsem protestantskih kranjskih stanovih, ob obstoječih virih ne moremo šteti med protestante. Povsem drugače pa velja za njegovega univerzitetno izobraženega sina Janeza (IV.) (1536–1595), ki je leta 1557 pridobil posesti v Gornji Avstriji in se odločil preseliti iz dežele Kranjske. V šestdesetih letih je že redno bival na novi posesti Windeck, h kateri je priključil tudi gospostvo Schwertberg, svoje kranjske posle pa vodil preko oskrbnikov svojih kranjskih gospostev. Prav v ta čas spada izrecna podpora kranjskim reformatorjem, ki jo izpričuje četrta imenjska knjiga za deželo Kranjsko. Pred majem 1564 je Janez Črnomaljski namenil dostojno premoženje Matiji Klombnerju, organizatorju kranjskega protestantstva in prvemu apostati, povsem mogoče pa je tudi, da je zanj kot oskrbnik služboval Matijin sorodnik Janez Klombner. Poleg tega je Črnomaljski materialno podpiral predikante Gregorja Vlahoviča, Gašperja (Kumpergerja), Tomaža Jagodiča in Jurija Mačka. Vlahovič je sicer pridigal v mestu Metlika, slednji trije pa na njegovih gospostvih Hmeljnik in Novi grad pri Boštanju (Obererkenstein). Ta izrecna in v davčnih knjigah izpričana podpora Črnomaljskega reformaciji spada v čas med letoma 1564 in 1569, ko je Janez z družino že redno bival v Gornji Avstriji. Kot se zdi, je bil zadnjič na Kranjskem maja 1564. Dve leti pozneje je bil sprejet na gosposko klop gornjeavstrijskih stanov ter bil imenovan za odposlanca na cesarski dvor in protestantskega šolskega superintendenta. Janez Črnomaljski je tako podpiral kranjske reformatorje iz precej oddaljene Gornje Avstrije, kar nakazuje meddeželne stike in povezanosti, ki jih do sedaj nismo poznali ali vsaj pretirano poudarjali. V svojih zadnjih letih je rodbinsko ime okitil z visokimi naslovi v Gornji Avstriji, daleč od svoje rodne domovine. Leta 1592 je nastopal kot deželni namestnik Gornje Avstrije, še dve leti pozneje pa je bil tudi deželni odbornik. Umrl je avgusta 1595. Preživelo ga je nič manj kot dvaindvajset otrok, ki jih je imel s tremi ženami, med njimi tudi znameniti politik in pravnik Jurij Erazem Črnomaljski (1567–1626).