Esta investigación tiene como objetivo capturar la segregación ocupacional y la discriminación salarial por género en la Universidad del Cauca, ubicada en el suroccidente colombiano, durante cuatro momentos en el tiempo (2005, 2010, 2015 y 2020). La metodología es cuantitativa e implementa en el primer caso el Índice de Karmel y MacLachlan (KM) y la descomposición de Kitagawa-Oaxaca-Blinder (KOB) en el segundo. Se utiliza información de datos panel en la descomposición KOB, lo que permite evaluar la evolución de la segregación en el tiempo. Las variables incluyen el género, el salario, la edad, los años de experiencia, el nivel de formación, los cargos administrativos, la unidad académica, entre otros. La información fue suministrada por la Vicerrectoría académica de la Universidad de forma totalmente anonimizada. Los resultados muestran evidencia de segregación ocupacional y discriminación salarial por género; a pesar de que en los últimos años ambas brechas se están cerrando levemente, el problema permanece. La segregación ocupacional ocurre aún en ocupaciones beta tradicionalmente ocupadas por las mujeres pese a la baja percepción de discriminación laboral por parte de las profesoras universitarias. En cuanto a las ocupaciones alfa, estas mantienen la hegemonía masculina. Las características observables hacen que existan diferencias en la modificación salarial entre profesores y profesoras, pero estas cada vez se hacen menos fuertes por el aumento en el nivel de formación y la disminución en el número de hijos e hijas. Existen factores discriminatorios no observados que mantienen la discriminación salarial femenina en respuesta a factores culturales arraigados en el patriarcado y tradicionalismo de la región donde se encuentra la universidad.