Proučevanje združbe mikroorganizmov v aktivnem blatu z obstoječimi mikrobiološkimi metodami predstavlja nerešljiv problem, kadar želimo ugotavljati ne le število vseh mikroorganizmov v vzorcu temveč tudi število bakterij specifičnih bakterijskih subpopulacij. Opisali smo metodo za hitro analiziranje aktivnega blata z uporabo dveh različno označenih oligonukleotidnih sond in pripadajočih detektorjev fluorescence pretočnega citometra. S pomočjo sond EUB338-Cy3 in fD1-FITC, specifičnih za vse bakterije, smo postavili model in ga preizkusili s 16S rRNK sondo NSO190-FITC, specifično za kemolitotrofne oksidatorje amonija iz b - podskupine proteobakterij. Ugotovili smo, da je bilo v vzorcu 16,3% bakterij, ki jih prepozna omenjena sonda. Kot možno izboljšavo smo preizkusili učinek tripansko modrega na avtofluorescenco in fluorescenco s sondami hibridiziranih celic. Tripansko modro zniža raven zelene avtofluorescence in nespecifične fluorescence, ne vpliva pa na fluorescenco specifično hibridiziranih celic.