Proces europeizacije južne Europe rezultirao je pregovorima o pristupanju Bosne i Hercegovine Europskoj uniji. Pregovori su započeli Sporazumom o stabilizaciji i pridruživanju između 1999. i 2015. godine. Nakon toga, Bosna i Hercegovina je 2016. godine predala službeni zahtjev za pristup Europskoj uniji. U ovom radu analiziramo učinke europeizacije na sustav zaštite prirode u Bosni i Hercegovini tijekom tog razdoblja kroz uspostavu višestupanjskog sustava za upravljanje zaštićenim područjima „Natura 2000“. Predstavljamo studiju slučaja kojom analiziramo morfogenezu uspostave višestupanjskog sustava upravljanja u tri dijela. Za studiju slučaja korištena je analiza relevantnih dokumenata te su provedeni intervjui s relevantnim akterima. U prvom dijelu objašnjava se projekt „Natura 2000“ u kontekstu Bosne i Hercegovine te njegovi potencijalni učinci na državne zakone u području zaštite prirode. U drugom dijelu objašnjava se uloga glavnih aktera u uspostavi višestupanjskog sustava upravljanja „Natura 2000“. U trećem dijelu ukazuje se na doprinos ali i izazove „Nature 2000“ za sustav zaštite prirode u Bosni i Hercegovini. Glavni su zaključci da je implementacija Europske ekološke mreže „Natura 2000“ u nacionalni sustav zaštite prirode u Bosni i Hercegovini rezultirao usvajanjem mehanizama bolje koordinacije između vladinih institucija, osnaživanjem nevladinih organizacija i promjenom odnosa između vladinih i nevladinih aktera u procesu donošenja odluka vezanih za nacionalni sustav zaštite prirode.