Garlic is one of the most important crops in Brazil and in the world. In Piaui State, specifically in micro region of Picos, semi-noble garlic was once grown on a large scale and supplied the demand of various municipalities in the state. After the noble garlic was introduced to the Brazilian market, the production of semi-noble garlic reduced which may have led to loss of genetic diversity. This study investigated the genetic diversity in twelve varieties of garlic, four originally from Piaui State and eight from the Garlic Germplasm Collection of the College of Agricultura "Luiz de Queiroz"--Universidade de Sao Paulo (ESALQ / USP). The present study characterized the germplasm based on descriptions proposed by the International Plant Genetic Resources Institute (IPGRI), currently Bioversity International, and conducted the genotyping of varieties from eight SSR loci. The agronomic characters and microsatellite genotyping were efficient to estimate genetic diversity among the garlic varieties. The results obtained with the morphological analysis corroborated the molecular analyses, demonstrating complementarity of these analyses dimensions in the study of genetic diversity in garlic. Thus, we concluded that genetic diversity exists among the varieties of garlic studied in terms of the germplasm origin and suggests that the material from the ESALQ / USP is a germplasm distinct from that grown in Piaui State. The genetic divergence among varieties of garlic in Piaui State indicates the possibility of selecting superior genotypes that increase the competitiveness of garlic from Piaui State against imported garlic. Key words: Allium sativum, agro-morphological characterization, microsatellites. O alho e uma das hortalicas mais importantes no mercado brasileiro e mundial. No Piaui, mais especificamente na microrregiao de Picos, o alho semi-nobre foi cultivado em larga escala e supria a demanda de varios municipios do estado. Devido a entrada do alho nobre no mercado brasileiro, houve reducao na producao de alho semi-nobre que pode ter levado a perda de diversidade genetica. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade genetica em doze variedades de alho, sendo quatro de origem piauiense e oito da Colecao de Germoplasma de Alho da Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz"--Universidade de Sao Paulo (ESALQ/USP). Para isso, caracterizou-se o germoplasma com base nos descritores propostos pelo International Plant Genetic Resources Institute (IPGRI), atualmente Bioversity International, e realizou-se a genotipagem das variedades a partir de oito locos SSR. Os resultados obtidos com a analise morfologica corroboraram as analises moleculares, evidenciando complementaridade dessas dimensoes de analise no estudo da diversidade genetica em alho. Assim, conclui-se que existe divergencia genetica entre as variedades de alho estudadas em funcao da procedencia do germoplasma e sugere-se que o material oriundo da ESALQ/USP trata-se de um germoplasma distinto do cultivado no Piaui. A divergencia genetica existente entre as variedades de alho no Piaui indica a possibilidade de selecao de genotipos superiores que aumentem a competitividade do alho piauiense frente ao alho importado. Palavras-chave: Allium sativum, caracterizacao agromorfologica, microssatelites.