Qualificar o desempenho dos fornecedores mostra-se crucial na gestão de suprimentos em instituições de saúde, principalmente nas de alta complexidade assistencial, como as de tratamento de câncer. O objetivo deste estudo foi analisar as contribuições do uso das ferramentas de gestão de projetos na implantação do Programa de Qualificação de Fornecedores de Medicamentos (PQFM). Para tanto, foi realizado um estudo de caso único em uma instituição pública de referência nacional em oncologia. A fase de implantação do PQFM, até a análise de viabilidade de estratégias de melhorias, ocorreu em 2022. Para sua execução, foram empregados os preceitos do guia PMBOK® e aplicado o modelo CEK (Canvas-EAP-Kanban). Foram realizadas análise documental e observação participante, e os dados foram interpretados pelo uso da técnica de construção de explicação. O modelo CEK mostrou-se pouco complexo e viável de ser executado, sendo considerado adequado para este tipo de projeto. A efetivação do programa apontou para necessidade de adaptação de rotinas de trabalho, podendo exigir recursos humanos e financeiros. Sendo a melhoria contínua da qualidade de produtos e serviços um compromisso das instituições de saúde, a implantação do PQFM deve ser estimulada nas instituições de saúde públicas do Brasil. Os resultados deste trabalho são relevantes para o preenchimento da lacuna proveniente da escassez de estudos sobre implantação do PQFM em instituições de saúde, contribuindo, assim, com a academia e com os gestores dos serviços públicos no processo de qualificação de seus fornecedores.