Objetivou-se caracterizar a estrutura da comunidade fitoplanctônica bem como as principais variáveis abióticas do estuário do rio Apodi-Mossoró, Rio Grande do Norte, Brasil. Foram realizadas coletas mensais durante as marés altas de sizígia e análises de variáveis abióticas e bióticas de julho de2004 aagosto de 2005 em três pontos (foz, estuário médio e estuário superior). Foram calculadas as médias para cada estação de coleta e período sazonal, além dos atributos de comunidade: riqueza, diversidade e equitabilidade. Para a identificação dos principais fatores responsáveis pela variância dos dados foi realizada a Análise de Componentes Principais, as variações na abundância fitoplanctônica, por sua vez, foram avaliadas usando a Análise de Correspondência e a Análise de Correspondência Canônica. O estuário do rio Apodi-Mossoró é um ecossistema tropical e estável termicamente, influenciado pela sazonalidade dos períodos de estiagem e chuvas. Seu regime de salinidade predominante é o euhalino, podendo variar entre oligohalino e hipersalino em função do balanço hídrico, além disso, seu pH é predominantemente alcalino. Este ambiente pode ser considerado oligotrófico e bem oxigenado. A comunidade fitoplanctônica do estuário esteve composta por 109 táxons infragenéricos, pertencentes a cinco grupos distintos, com Bacilallariophyta apresentando maior contribuição, tanto no aspecto qualitativo (62%) como quantitativo (74%). A riqueza, bem como a diversidade, foi superior em 2004, assim como no período de estiagem, apresentando tendência de diminuição conforme o afastamento da foz e, segundo os atributos de comunidade, esta é de elevada riqueza e bem distribuída, porém, de baixa diversidade. Composition of the phytoplankton community in the Apodi-Mossoró River estuary, Brazilian semi-arid Abstract: The objective was to characterize the structure of the phytoplankton community as well as the main abiotic variables of the Apodi-Mossoró estuary, Rio Grande do Norte, Brazil. Monthly collections were carried out during high tides of syzygy and analyzes of abiotic and biotic variables from July 2004 to August 2005 in three points (estuary, middle estuary and upper estuary). The means were calculated for each collection season and seasonal period, in addition to the community attributes: richness, diversity and equitability. For the identification of the main factors responsible for the data variance, the Principal Component Analysis was performed and the variations in the phytoplankton abundance were evaluated using the Correspondence Analysis and Canonical-Correlation Analysis. The Apodi-Mossoró River estuary is a thermally stable tropical ecosystem, influenced by the seasonality of drought and rainy periods. Its predominant salinity regime is euhaline, which can vary from oligohaline to hypersaline as a function of water balance, and its pH is predominantly alkaline. This environment can be considered oligotrophic and well oxygenated. The phytoplankton community of the estuary consisted of 109 infrageneric taxa, belonging to five distinct groups, with Bacilallariophyta showing the greatest contribution, both in the qualitative aspect (62%) and in the quantitative aspect (74%). Wealth and diversity were higher in 2004, as well as in the dry season, with decreasing trends depending on the distance from the mouth, and according to community attributes, this richness is well distributed but low in diversity.