Entre febrero y septiembre de 2011, se tomaron muestras de sustrato blando en aguas someras, en tres sectores de un tramo rural del río Bogotá, ubicado en el área de Cajicá (Cundinamarca). Dada la importancia del río para la Sabana de Bogotá, el objetivo fue evaluar la calidad del agua, con base en algunas variables abióticas, los macroinvertebrados bentónicos y los índices BMWP/Col. y ASPT. No se observaron diferencias importantes entre los tres sectores de muestreo, pero sí variaciones cronológicas, asociadas a la influencia de las lluvias, intensificadas por un episodio moderado de La Niña. De este modo, las precipitaciones y el perfil limnológico, se relacionaron con la abundancia y la composición taxonómica de los invertebrados. Un sustrato arenoso-limoso favoreció la abundancia de Tubificidae (72,12%) y Chironomidae (23,43%), por su adaptabilidad a cargas orgánicas y de detritus altas y concentraciones bajas de O2. Estos taxa, junto con Physidae, Glossiphoniidae y Tipulidae, principalmente, indicaron contaminación moderada en los tres sectores (BMWP/Col. A=48, B= 48, C= 43) y eutrofización, como consecuencia del impacto humano (aguas residuales y actividades agropecuarias), que afectan las aguas del río y su biota.