Introducción: el control de la calidad del diagnóstico de las parasitosis intestinales es un proceder de gran importancia en la práctica de la salud pública; sin embargo, no está tan difundido como en otras ramas del diagnóstico del laboratorio clínico y solo ha sido incorporado en los últimos años. Objetivos: evaluar la calidad del diagnóstico parasitológico en cuatro municipios de La Habana. Métodos: el estudio se efectuó en 15 policlínicos de los municipios La Lisa, Arroyo Naranjo, La Habana del Este y Cerro, de la provincia de La Habana, en el período comprendido entre marzo de 2011 a mayo de 2012. El universo de trabajo estuvo constituido por 747 muestras de heces analizadas en los laboratorios de dichos policlínicos. Para determinar la concordancia entre observadores se calculó el coeficiente Kappa para dos observadores y dos categorías. Resultados: solo en un policlínico hubo grado de acuerdo casi perfecto en el diagnóstico parasitario (coeficiente de concordancia kappa de 0.90, p < 0,05). En una cuarta parte de los policlínicos evaluados fue posible establecer la concordancia en el diagnóstico parasitario y de ellos solo en uno hubo calidad satisfactoria. Conclusiones: los principales errores en el diagnóstico son para Ascaris lumbricoides y Blastocystis spp. Estos resultados sugieren perfeccionar constantemente la capacitación del personal que realiza este tipo de exámenes.