Pseudomonasspp. frequently dominate the food spoilage in early cold-chain stage and previous studies suggested the spoliage-related abilities vary in species. Therefore, a species-level method is ...necessary to clarify the diversity in Pseudomonasspp. In this study, a housekeeping gene (mreB) was screened using genomic analysis, which has the ability to distinguish Pseudomonas at species level. Based on this gene, a Pseudomonas-specific primer pair targeting hypervariable region was designed. The primers could specifically distinguish Pseudomonas from other genus but also identify between 142 species in this genus. Using the Illumina MiSeq high-throughput sequencing platform, we proposed a method to rapidly identify Pseudomonas in complex samples and assessed the specificity, accuracy and sensitivity (LOD) of the method. The results showed that this novel approach was reliable and could directly detect as low as 2.648 logCFU/mL of Pseudomonas species. We surveyed the dynamic variation of Pseudomonas at different low temperatures and storage times, different processing points on farms.
In conclusion, this method provides a high-throughput sequencing approach to detect more Pseudomonas in susceptible foods material such as milk and meat, which will contribute to analyzing the effect of environmental factor to Pseudomonas community at species level.
•Screen the species-specific gene target of pseudomonas.•Establish a high-throughput method to illustrate pseudomonas construction in complex sample such as raw milk.•Analyze the dynamic variation of objective microbial community with temperature and time.
Cette étude est consacrée à la détermination de la capacité de 5 souches autochtones de groupe fluorescent des Pseudomonas et une souche de référence CHA0 à produire des sidérophores. Les 5 souches ...testées ont été isolées de la rhizosphère de l’olivier cultivé dans la région de Bouira (localisée au nord algérien). Les tests d’évaluation de la production des sidérophores ont été réalisés dans cinq milieux de culture différents à savoir le succinate (SM), le King B, le milieu PD, le milieu CAA et le milieu TSB. Les résultats obtenus confirment que l’ensemble des souches testées ont la capacité de produire des sidérophores sur le milieu succinate (MS) avec des intensités de production variable d’une souche à une autre. L'influence de certains facteurs tels que l’assimilation du fer ajouté, sous forme de FeCl3 à différentes concentrations, le pH, et le type de sucre sur la production des sidérophores a été également testées. Nous avons remarqué que l’absence de fer dans le milieu, à des pH neutre (7) en présence de fructose comme source de carbone assure les meilleurs taux de production. Plusieurs méthodes ont été utilisées pour la détection des sidérophores tels que les tests chimiques et biochimiques par l’électrophorèse SDS-PAGE. Ces méthodes ont permis de conclure que la plupart des sidérophores synthétisés par nos souches sont de type hydroxamate. D’autre part, l’infrarouge (IR) a été utilisée pour la détection du groupement fonctionnel des pigments responsables de la fluorescence (les chromophores) qui sont dans notre cas très riche en groupement OH, NH, cycles benzoïques, acide carboxylique COOH ce qui confirme la synthèse des sidérophores de type hydroxamates et plus précisément la classe des pyoverdines. L’évaluation qualitative de l’activité antifongique des sidérophores produits par les différentes espèces de Pseudomonas fluorescents à l’encontre de Verticillium dahliae a montré des taux d’inhibition qui varient de 25 à 48%.
Cette étude est consacrée à la détermination de la capacité de 5 souches autochtones de groupe fluorescent des Pseudomonas et une souche de référence CHA0 à produire des sidérophores. Les 5 souches ...testées ont été isolées de la rhizosphère de l’olivier cultivé dans la région de Bouira (localisée au nord algérien). Les tests d’évaluation de la production des sidérophores ont été réalisés dans cinq milieux de culture différents à savoir le succinate (SM), le King B, le milieu PD, le milieu CAA et le milieu TSB. Les résultats obtenus confirment que l’ensemble des souches testées ont la capacité de produire des sidérophores sur le milieu succinate (MS) avec des intensités de production variable d’une souche à une autre. L'influence de certains facteurs tels que l’assimilation du fer ajouté, sous forme de FeCl3 à différentes concentrations, le pH, et le type de sucre sur la production des sidérophores a été également testées. Nous avons remarqué que l’absence de fer dans le milieu, à des pH neutre (7) en présence de fructose comme source de carbone assure les meilleurs taux de production. Plusieurs méthodes ont été utilisées pour la détection des sidérophores tels que les tests chimiques et biochimiques par l’électrophorèse SDS-PAGE. Ces méthodes ont permis de conclure que la plupart des sidérophores synthétisés par nos souches sont de type hydroxamate. D’autre part, l’infrarouge (IR) a été utilisée pour la détection du groupement fonctionnel des pigments responsables de la fluorescence (les chromophores) qui sont dans notre cas très riche en groupement OH, NH, cycles benzoïques, acide carboxylique COOH ce qui confirme la synthèse des sidérophores de type hydroxamates et plus précisément la classe des pyoverdines. L’évaluation qualitative de l’activité antifongique des sidérophores produits par les différentes espèces de Pseudomonas fluorescents à l’encontre de Verticillium dahliae a montré des taux d’inhibition qui varient de 25 à 48%.
Cette étude est consacrée à la détermination de la capacité de 5 souches autochtones de groupe fluorescent des Pseudomonas et une souche de référence CHA0 à produire des sidérophores. Les 5 souches ...testées ont été isolées de la rhizosphère de l’olivier cultivé dans la région de Bouira (localisée au nord algérien). Les tests d’évaluation de la production des sidérophores ont été réalisés dans cinq milieux de culture différents à savoir le succinate (SM), le King B, le milieu PD, le milieu CAA et le milieu TSB. Les résultats obtenus confirment que l’ensemble des souches testées ont la capacité de produire des sidérophores sur le milieu succinate (MS) avec des intensités de production variable d’une souche à une autre. L'influence de certains facteurs tels que l’assimilation du fer ajouté, sous forme de FeCl3 à différentes concentrations, le pH, et le type de sucre sur la production des sidérophores a été également testées. Nous avons remarqué que l’absence de fer dans le milieu, à des pH neutre (7) en présence de fructose comme source de carbone assure les meilleurs taux de production. Plusieurs méthodes ont été utilisées pour la détection des sidérophores tels que les tests chimiques et biochimiques par l’électrophorèse SDS-PAGE. Ces méthodes ont permis de conclure que la plupart des sidérophores synthétisés par nos souches sont de type hydroxamate. D’autre part, l’infrarouge (IR) a été utilisée pour la détection du groupement fonctionnel des pigments responsables de la fluorescence (les chromophores) qui sont dans notre cas très riche en groupement OH, NH, cycles benzoïques, acide carboxylique COOH ce qui confirme la synthèse des sidérophores de type hydroxamates et plus précisément la classe des pyoverdines. L’évaluation qualitative de l’activité antifongique des sidérophores produits par les différentes espèces de Pseudomonas fluorescents à l’encontre de Verticillium dahliae a montré des taux d’inhibition qui varient de 25 à 48%.
Cette étude est consacrée à la détermination de la capacité de 5 souches autochtones de groupe fluorescent des Pseudomonas et une souche de référence CHA0 à produire des sidérophores. Les 5 souches ...testées ont été isolées de la rhizosphère de l’olivier cultivé dans la région de Bouira (localisée au nord algérien). Les tests d’évaluation de la production des sidérophores ont été réalisés dans cinq milieux de culture différents à savoir le succinate (SM), le King B, le milieu PD, le milieu CAA et le milieu TSB. Les résultats obtenus confirment que l’ensemble des souches testées ont la capacité de produire des sidérophores sur le milieu succinate (MS) avec des intensités de production variable d’une souche à une autre. L'influence de certains facteurs tels que l’assimilation du fer ajouté, sous forme de FeCl3 à différentes concentrations, le pH, et le type de sucre sur la production des sidérophores a été également testées. Nous avons remarqué que l’absence de fer dans le milieu, à des pH neutre (7) en présence de fructose comme source de carbone assure les meilleurs taux de production. Plusieurs méthodes ont été utilisées pour la détection des sidérophores tels que les tests chimiques et biochimiques par l’électrophorèse SDS-PAGE. Ces méthodes ont permis de conclure que la plupart des sidérophores synthétisés par nos souches sont de type hydroxamate. D’autre part, l’infrarouge (IR) a été utilisée pour la détection du groupement fonctionnel des pigments responsables de la fluorescence (les chromophores) qui sont dans notre cas très riche en groupement OH, NH, cycles benzoïques, acide carboxylique COOH ce qui confirme la synthèse des sidérophores de type hydroxamates et plus précisément la classe des pyoverdines. L’évaluation qualitative de l’activité antifongique des sidérophores produits par les différentes espèces de Pseudomonas fluorescents à l’encontre de Verticillium dahliae a montré des taux d’inhibition qui varient de 25 à 48%.
A 61.3 kDa Phenol hydroxylase (PheA) was purified and characterized from Pseudomonas sp. KZNSA (PKZNSA). Cell free extract of the isolate grown in mineral salt medium supplemented with 600 ppm phenol ...showed 21.58 U/mL of PheA activity with a specific activity of 7.67 U/mg of protein. The enzyme was purified to 1.6-fold with a total yield of 33.6%. The purified PheA was optimally active at pH 8 and temperature 30 °C, with ≈95% stability at pH 7.5 and temperature 30 °C after 2 h. The Lineweaver-Burk plot showed the vmax and Km values of 4.04 µM/min and 4.03 µM, respectively, for the substrate phenol. The ES-MS data generated from the tryptic digested fragments of pure protein and PCR amplification of a ≈600 bp gene from genomic DNA of PKZNSA lead to the determination of complete amino acid and nucleotide sequence of PheA. Bioinformatics tools and homology modelling studies indicated that PheA from PKZNSA is likely a probable protein kinase UbiB (2-octaprenylphenol hydroxylase) involving Lys and Asp at positions 153 and 288 for binding and active site, respectively. Characterization and optimization of PheA activity may be useful for a better understanding of 2,4-dichlorophenol degradation by this organism and for potential industrial application of the enzyme.
Plastics constitute an important part of our life for many decades. All the wastes produced from human activities finally enters into the aquatic ecosystem. Microbial degradation of plastic is a ...promising eco-friendly strategy which represents a great opportunity to manage waste plastic materials with minimum adverse impacts. In this present study, totally 248 bacterial isolates were isolated from the plastic waste dumped sites in the coastal region districts of Tamil Nadu, India and screened for HDPE degradation. Based on the results obtained from the weight loss, viability and FT-IR, 10 bacterial isolates were considered to be potent HDPE degraders. The identification of efficient HDPE degrading isolates confirms that most of the bacterial isolates belong to the genus Bacillus spp. and Pseudomonas spp. The present study suggests that the isolated efficient bacterial strains can be used as cost-effective, eco-friendly and safe approach for the elimination of plastic wastes from the environment.
•248 bacterial isolates were isolated and screened for HDPE degradation efficiency.•Bacillus spp. and Pseudomonas spp. were considered to be potent HDPE marine biodegraders.•The study demonstrated the degradation ability of marine bacteria without any pre-treatments.•The current findings provide promising evidence for the biodegradation of polyethylene.
Biological control is an eco-friendly strategy for mitigating and controlling plant diseases with negligible effects on human health and environment. Biocontrol agents are mostly isolated from field ...crops, and microbiomes associated with wild native plants is underexplored. The main objective of this study was to characterize the bacterial isolates associated with Smilax bona-nox L, a successful wild plant with invasive growth habits. Forty morphologically distinct bacterial isolates were recovered from S. bona-nox. Based on 16S rRNA gene sequencing, these isolates belonged to 12 different genera namely Burkholderia, Pseudomonas, Xenophilus, Stenotrophomonas, Pantoea, Enterobactriaceae, Kosakonia, Microbacterium, Curtobacterium, Caulobacter, Lysinibacillus and Bacillus. Among them, Pseudomonas sp. EA6 and Pseudomonas sp. EA14 displayed the highest potential for inhibition of Phytophthora. Based on sequence analysis of rpoD gene, these isolates revealed a 97% identity with a Pseudomonas fluorescence strain. Bioactivity-driven assays for finding bioactive compounds revealed that crude proteins of Pseudomonas sp. EA6 inhibited mycelial growth of P. parasitica, whereas crude proteins of Pseudomonas sp. EA14 displayed negligible activity. Fractionation and enzymatic analyses revealed that the bioactivity of Pseudomonas sp. EA6 was mostly due to glucanolytic enzymes. Comparison of chromatographic profile and bioactivity assays indicated that the secreted glucanolytic enzymes consisted of β-1,3 and β-1,4 glucanases, which acted together in hydrolyzing Phytophthora cell walls. Since the biological activity of the crude glucanolytic extract was >60-fold higher than the purified β-1,3 glucanase, the glucanolytic enzyme system of Pseudomonas sp. EA6 likely acts synergistically in cell wall hydrolysis of P. parasitica.
This study aims to investigate ampicillin catabolism in a pandrug-resistant strain, Pseudomonas sp. MR 02 of P. putida lineage.
The characterization of carbapenem resistance was done following the ...standard protocol. The broth macrodilution method was used to determine the MIC values of antimicrobial agents both in the presence and in the absence of phenylalanine-β-naphthylamide. High MIC values (>10 000 mg/L) of ampicillin led to speculation that it may serve as a growth substrate, and thus minimal medium was used to evaluate ampicillin as a nutrient. The growth of MR 02 was measured in minimal medium in the presence or absence of 0.4 mM EDTA, supplemented with ampicillin as sole carbon, nitrogen and energy source. RNA-seq was used to generate expression profiles of genes in ampicillin or glucose-grown cells. The blaNDM-1 gene of MR 02 was cloned in the pHSG398 vector and expressed in Escherichia coli DH5α.
Phenotypic analysis along with genome sequence data identifies Pseudomonas sp. MR 02 as a pandrug-resistant strain. Transcriptome data has revealed that blaNDM-1 was among the top 50 differentially expressed genes in ampicillin grown cells compared to the glucose grown cells in the minimal medium. Heterologous expression of blaNDM-1 gene in E. coli DH5α enabled its growth and subsistence on ampicillin as the sole source of carbon and energy.
The ability of a pandrug-resistant Pseudomonas sp. MR 02 to consume ampicillin for growth has a huge implication in the bioremediation of β-lactam residues in the environment.
Nutrient deficiency in wild plant species, including quinoa (
Chenopodium quinoa
Willd), can be overcome by applying mineral-solubilizing bacteria. Quinoa is a gluten-free, nutritious food crop with ...unique protein content. The present study aimed to characterize mineral-solubilizing rhizobacterial strains and to evaluate their plant growth-promoting potential in quinoa seedlings. More than sixty rhizobacterial strains were isolated from the quinoa rhizosphere and found eighteen strains to be strong phosphate solubilizers. Most of these bacterial strains showed zinc solubilization, and more than 80% of strains could solubilize manganese. The selected strains were identified as
Bacillus altitudinis
Cq-3,
Pseudomonas flexibilis
Cq-32,
Bacillus pumilus
Cq-35,
Pseudomonas furukawaii
Cq-40,
Pontibacter lucknowensis
Cq-48, and
Ensifer
sp. Cq-51 through 16S rRNA partial gene sequencing. Mainly, these strains showed the production of organic acids, including malic, gluconic, tartaric, ascorbic, lactic, and oxalic acids in insoluble phosphorus amended broth. All strains showed production of gluconic acids, while half of the strains could produce malic, ascorbic, lactic, and oxalic acids. These strains demonstrated the production of indole-3-acetic acid in the presence as well as in the absence of L-tryptophan. The bacterial strains also demonstrated their ability to promote growth and yield attributes, including shoot length, root length, leave numbers, root and shoot dry biomass, spike length, and spikes numbers of quinoa in pots and field trials. Increased physiological attributes, including relative humidity, quantum flux, diffusive resistance, and transpiration rate, were observed due to inoculation with mineral solubilizing bacterial strains under field conditions.
P. lucknowensis
Cq-48, followed by
P. flexibilis
Cq-32, and
P. furukawaii
Cq-40 showed promising results to promote growth, yield, and physiological attributes. The multi-traits characteristics and plant growth-promoting ability in the tested bacterial strains could provide an opportunity for formulating biofertilizers that could promote wild quinoa growth and physiology.
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