Successful experiments in molecular biology require good knowledge about various methods and protocols. In molecular biology, nucleic acid manipulation is the essence, starting with the quality of ...extraction and ending with several analysis assays (PCR, RT-PCR, qPCR, PCR arrays, molecular cloning, etc). Though many of these are so called “standardized”, in practice there are many variables that can influence the outcome of the experiment. Due to the importance of optimal primer design in PCR assays, we will focus on primer designing and checking software, but we also present other useful free tools that can help researchers in the molecular biology field
Pentru a avea succes în experimentele de biologie moleculară, sunt necesare cunoștințe bune despre diversele metode și protocoale în acest domeniu. În biologia moleculară, manipularea corespunzătoare a acizilor nucleici este esențială, începând cu calitatea extracției până la testele efective (PCR, RT-PCR, qPCR, PCR array, clonare, etc). Deși multe dintre protocoale sunt “standardizate”, în practică sunt multe variabile care pot influența rezultatele experimentelor. Datorită importanței proiectării corecte a primerilor în metodele de tip PCR, ne vom concentra pe modul de proiectare și pe verificarea lor cu ajutorul programelor de calculator, dar de asemenea prezentăm și alte programe utile disponibile gratuit, care pot ajuta cercetătorii în domeniul biologiei moleculare
Pentru a avea succes în experimentele de biologie moleculară, sunt necesare cunoștințe bune despre diversele metode și protocoale în acest domeniu. În biologia moleculară, manipularea corespunzătoare ...a acizilor nucleici este esențială, începând cu calitatea extracției până la testele efective (PCR, RT-PCR, qPCR, PCR array, clonare, etc). Deși multe dintre protocoale sunt “standardizate”, în practică sunt multe variabile care pot influența rezultatele experimentelor. Datorită importanței proiectării corecte a primerilor în metodele de tip PCR, ne vom concentra pe modul de proiectare și pe verificarea lor cu ajutorul programelor de calculator, dar de asemenea prezentăm și alte programe utile disponibile gratuit, care pot ajuta cercetătorii în domeniul biologiei moleculare
Alpska konvencija, mednarodna pogodba za varstvo Alp, predstavlja okvir za doseganje trajnostnega razvoja v alpskem svetu. A njeno uresničevanje je odvisno predvsem od izvajanja na lokalni ravni, ...kjer se uresničujejo prostorske politike, posegi v prostor in kjer se rojevajo ideje o številnih projektih ter inovacijah, kako živeti on ostati v Alpah. Prispevek govori o delovanju Alpske konvencije ter izvedenih primerih dobrih praks Alpske konvencije v Sloveniji.
The lesions which appear on the skin and are caused by parapoxvirus, herpesviruses and papillomavirus, depending on they're gravity, can produce large economic losses. The identification of viral ...species with different laboratory methods can facilitate making a correct diagnostic in identifying the infectious entity. The most common encountered injuries, especially on goats and kids, have an oral location, breasts, eyes and genital and podal. On the other side on cattles infected with papillomavirus the lesions are multiple and spread all over the body. To identify the etiologic agent from goats and cattle with skin lesions, tissue samples were collected and scabs. The virus identification was made with molecural biology techniques. The PCR method revealed the viral DNA, thus identifying a portion of the B2L preserved gene which is then amplified using primers PPP1-PPP4. For papillomavirus detection, primers FAP59 and FAP 64 were used to conserve the L1 human gene, primers that can help detect other types of papillomavirus from other species. The PCR results showed that lesions from goats were made by Orf virus, a virus that belongs to the papillomavirus gene, as for cattles the bovine papillomavirus. Studies have shown that PCR is a rapid laboratory method which can be used to identify the viral agent that causes severe skin lesions.
Leziunile care apar la nivelul pielii, determinate de parapoxvirusuri, herpesvirusuri şi papillomavirusuri, în funcţie de gravitatatea lor, pot produce mari pierderi de natură economică. Identificarea speciilor virale prin diferite metode de laborator poate uşura, astfel, punerea unui diagnostic precis în identificarea entităţilor infecţioase. Cele mai frecvente leziuni întâlnite, în special la capre şi iezi, au localizare bucală, peribucală, mamară, oculară, podală şi genitală. În schimb, la bovinele infectate cu papillomavirus, leziunile sunt multiple şi dispersate pe tot corpul. Pentru identificarea agentului etiologic de la capre şi bovine cu leziuni la nivelul pielii s-au recoltat probe de ţesut şi cruste. Identificarea virusului s-a făcut prin tehnici de biologie moleculară. ADN viral a fost pus în evidenţă prin metoda PCR, identificându-se, astfel, o porţiune a genei conservate B2L, amplificată, apoi, cu ajutorul primerilor PPP1 - PPP4. Pentru detectarea papillomavirusului s-au folosit primerii FAP59 şi FAP64, utilizaţi pentru conservarea genei L1 de tip uman, primeri cu care se pot detecta şi alte tipuri de papillomavirus de la alte specii. Rezultatele obţinute în urma PCR-ului şi a secvenţializării au demonstrat că leziunile de la capre au fost produse de virusul Orf, virus ce face parte din genul Parapoxvirus, iar la bovine de Bovine papillomavirus. Studiile au demonstrat că PCR este o metodă de laborator rapidă şi poate fi utilizată pentru identificarea agentului viral ce determină leziuni grave la nivelul pielii.
Amaç: Bu çalışmanın amacı, alüminyum oksit partikülleriyle kumlama sonrası kullanılan farklı primerlerin ve universal adezivin, termal yaşlandırma sonrasında zirkonya ile self adeziv rezin siman ...arasındaki makaslama bağlanma dayanımı üzerindeki etkisini değerlendirmektir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda CAD/CAM zirkonya bloklardan boyutları 2 mm x 11 mm x 11 mm olacak şekilde 20 adet dörtgen örnek hazırlanmıştır. Tüm örneklerin yüzeyine 50 µm Al2O3 partikülleri yüzey pürüzlendirme işlemi uygulanmıştır. Hazırlanan örnekler farklı primer ve adeziv uygulamalarına göre 4 alt gruba ayrılmıştır (n=5). Kontrol: Herhangi bir primer veya universal adeziv uygulanmamıştır. Kerr Silane Primer (Negatif Kontrol): MDP içeriği bulunmayan seramik primeri uygulanmıştır. Ceramica-S ve Nova Compo-B Plus: Ceramica-S primer ve Nova Compo-B Plus universal adeziv karıştırılarak uygulanmıştır. Clearfil Ceramic Primer Plus: Clearfil Ceramic Primer Plus uygulanmıştır. Yüzey uygulamalarını takiben self adeziv rezin siman seramik yüzeylerine polimerize edilmiştir. Ardından örnekler 5000 devir termal döngü işlemine tabi tutulmuştur. Örneklere universal test cihazında makaslama bağlanma dayanımı testi uygulanmıştır. Yüzey işlemlerine göre Fmax (N) ve Mpa değerlerinin karşılaştırılmasında Tek Yönlü Varyans Analizi kullanılmıştır. Bulgular: Farklı primer ve adeziv kullanımına göre Fmax (N) ortalama değerleri istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık göstermiştir (p<0,001. Ceramica S ve Nova Compo-B Plus ile elde edilen değer diğer tüm primer gruplarından farklılık göstermiştir ve daha yüksektir (p<0,001). Clearfil Ceramic Primer Plus ile elde edilen değer de diğer gruplardan farklılık göstermiştir (p<0,001). Kontrol grubu ve Kerr Silane Primer gruplarında elde edilen Fmax (N) değerleri benzerlik göstermektedir (p>0,001). Sonuç: Mevcut limitasyonlar dahilinde, self adeziv rezin simanın herhangi bir primer uygulaması olmaksızın veya MDP içermeyen bir primer uygulanmasının, zirkonya seramik yüzeyine bağlanma gücünü artırmak için yeterli olmadığı sonucuna varılabilir. MDP içeren ve kumlama sonrası uygulanan primerler veya adezivler, zirkonyaya bağlanma için ideal bir seçenek olarak görünmektedir. Anahtar Kelimeler: Primer, Universal adeziv, Zirkonya
PDF
