Objective In 4‐ to 8‐year‐old Zambian children (n = 744), we evaluated the effects of adjusting for inflammation (α1‐acid glycoprotein >1 g/l), with or without additional adjustment for malaria, on prevalence estimates of iron deficiency (ID) and iron deficiency anaemia (IDA) during low malaria (LowM) and high malaria (HighM) transmission seasons. Methods To estimate adjustment factors, children were classified as: (i) reference (malaria negative without inflammation), (ii) inflammation without malaria (I), (iii) malaria without inflammation (M) and (iv) inflammation with malaria (IM). We estimated the unadjusted ID or IDA prevalence, and then adjusted for inflammation alone (IDI or IDAI) or inflammation and malaria (IDIM or IDAIM). Results Mean ferritin was 38 (reference), 45 (I), 43 (M) and 54 μg/l (IM) in LowM, increasing to 44, 56, 96 and 167 μg/l, respectively, in HighM. Corresponding mean sTfR was 6.4, 6.9, 7.9 and 8.4 mg/l in LowM, increasing to 8.2, 9.2. 8.7 and 9.7 mg/l in HighM. Ferritin‐based ID, IDI and IDIM were 7.8%, 8.7% or 9.1%, respectively, in LowM and 4.6%, 10.0% or 11.7%, respectively, in HighM. Corresponding soluble transferrin receptor (sTfR)‐based estimates were 27.0%, 24.1% and 19.1%, respectively, in LowM, increasing to 53.6%, 46.5% and 45.3%, respectively, in HighM. Additional adjustment for malaria resulted in a ~1‐ to 2‐percentage point change in IDA, depending on biomarker and season. Conclusions In this population, malaria substantially increased ferritin and sTfR concentrations, with modest effects on ID and IDA prevalence estimates. Objectif Chez les enfants zambiens de 4 à 8 ans (n = 744), nous avons évalué les effets de l'ajustement pour l'inflammation (α1‐glycoprotéine acide > 1 g/L), avec ou sans ajustement additionnel pour le paludisme, sur les estimations de prévalence de la carence en fer (CF) et l'anémie ferriprive (AF) lors des saisons de transmission faible (LowM) et élevée (HighM) du paludisme. Méthodes Pour estimer les facteurs d'ajustement, les enfants ont été classés en: a) référence (paludisme négatif sans inflammation), b) inflammation sans paludisme (I), c) paludisme sans inflammation (M), et d) inflammation avec paludisme (IM). Nous avons estimé la prévalence non ajustée de la CF ou de l’AF, puis avons ajusté pour l'inflammation seule (CFI ou AFI) ou l'inflammation avec le paludisme (CFIM ou AFIM). Résultats La ferritine moyenne était de 38 (référence), 45 (I), 43 (M) et 54 (IM) μg/L dans la LowM, augmentant à 44, 56, 96 et 167 μg/L respectivement, dans la HighM. Les valeurs moyennes correspondantes du récepteur soluble de la transferrine (sTfR) étaient de 6,4; 6,9; 7,9 et 8,4 mg/L dans la LowM, augmentant à 8,2; 9,2; 8,7 et 9,7 mg/L dans la HighM. Les CF sur base de la ferritine, de CFI et CFIM étaient respectivement de 7,8%, 8,7% et 9,1% dans la LowM et de 4,6%, 10,0% et 11,7% respectivement, dans la HighM. Les estimations correspondantes du sTfR étaient respectivement de 27,0%, 24,1% et 19,1% dans la LowM, augmentant à 53,6%, 46,5% et 45,3%, respectivement, dans la HighM. Des ajustements supplémentaires pour le paludisme ont entraîné une variation d'environ 1 à 2 points de pourcentage de l’AF selon le biomarqueur et la saison. Conclusions Dans cette population, le paludisme a considérablement augmenté les concentrations de ferritine et du sTfR, avec des effets modestes sur les estimations de prévalence la CF et de l'AF.