Složeni mehanizam transporta zagađenja u krškom podzemlju, kao i činjenica da kontaminirana spiljska voda može predstavljati opasnost po zdravlje ljudi ukoliko se koristi u vodoopskrbi, nameće potrebu praćenja (monitoringa) stanja kakvoće spiljske vode. Na uzorcima vode iz četiri speleološka objekta u Ravnim kotarima provedene su analize mikrobioloških i kemijskih parametara radi utvrđivanja kakvoće podzemne vode. Mikrobiološkim analizama utvrđene su povišene koncentracije različitih koliformnih bakterija u sva četiri objekta. Vjerojatan izvor tog zagađenja su neadekvatno izgrađene septičke jame u obližnjim selima te izmet šišmiša (guano) u spiljama u kojima postoje njihove kolonije. Kemijske analize podzemne vode pokazale su da su vrijednosti potencijalnih onečišćivala znatno ispod zakonski dopuštene granice što se može povezati s činjenicom da poljoprivreda, kao čest izvor kemijskog zagađenja u ruralnim područjima, nije više toliko razvijena da bi predstavljala ozbiljnu prijetnju za kvalitetu podzemnih voda.