-
Uporaba matematičnih modelov in algoritmov pri raziskovanju bioloških zaporedij : magistrsko deloRihtaršič, Urška, 1981-, matematikaV svojem magistrskem delu bom predstavila uporabo matematičnih modelov in nekaterih algoritmov dinamičnega programiranja pri reševanju problema vzporejanja bioloških, to je proteinskih in DNK ... zaporedij. Naš cilj bo poiskati optimalno poravnavo dveh zaporedij - to pomeni, da zaporedji poravnamo tako, da so homologne baze na istoležnih mestih. Pri tem si bomo pomagali z algebraičnimi statističnimi modeli. Seveda nikoli ne moremo biti popolnoma prepričani, da je poravnava, ki jo dobimo s takim modelom, dejansko pravilna, lahko pa poiščemo poravnavo, ki je optimalna glede na neko objektivno funkcijo. Ta funkcija je določena s točkovalno shemo, s katero pripišemo točke dogodkom delecije, insercije in substitucije v zaporedjih. Izkaže se, da je problem iskanja optimalne poravnave dveh zaporedij pri dani točkovalni shemi ekvivalenten problemu iskanja najkrajše poti v uteženem usmerjenem grafu, ki ga lahko učinkovito rešimo s pomočjo Needleman-Wunschevega algoritma. To je algoritem dinamičnega programiranja, kitemelji na tropski aritmetiki. Lahko pa se vprašamo tudi drugače: Kakšni morajo biti parametri točkovalne sheme, do bo izbrana poravnava glede na to točkovalno shemo optimalna? Tudi tu bomo uporabili algebraične statistične modele. Vsak tak model je podan s polinomsko preslikavo, ki slika iz parametričnega prostora v prostor stanj. Osredotočili se bomo predvsem na parni skriti markovski model za vzporejanje zaporedij. Vsakemu koordinatnemu polinomu te preslikave lahko priredimo Newtonov politop. Izkaže se, da oglišča tega politopa ustrezjo optimalnim poravnavam, vektorji parametrov, za katere je posamezna poravnava optimalna, pa ležijo v normalnem stožcu oglišča,ki določa to poravnavo. Newtonov politop dveh zaporedij izračunamo z algoritmom razširjanja politopov, ki je različica Needleman-Wunschovega algoritma, le da ga izvajamo v algebri politopov.Vrsta gradiva - magistrsko deloZaložništvo in izdelava - Ljubljana : [U. Rihtaršič], 2010Jezik - slovenskiCOBISS.SI-ID - 15550809
Avtor
Rihtaršič, Urška, matematika, 1981-
Drugi avtorji
Košir, Tomaž, 1962-
Teme
algebraični statistični modeli |
vzporejanje bioloških zaporedij |
Newtonov politop |
tropska aritmetika |
Needleman-Wunschev algoritem |
algoritem razširjanja politopov |
parametrično sklepanje |
algebraic statistical models |
sequence alignment |
biology |
Newtonov polytope |
tropical arithmetic |
Needleman-Wunsch algorithm |
polytope propagation algorithm |
parametric inference
Knjižnica/institucija |
Kraj | Akronim | Za izposojo | Druga zaloga |
---|---|---|---|---|
FMF in IMFM, Matematična knjižnica, Ljubljana | Ljubljana | MAKLJ |
v čitalnico 1 izv.
|
Vnos na polico
Trajna povezava
- URL:
Faktor vpliva
Dostop do baze podatkov JCR je dovoljen samo uporabnikom iz Slovenije. Vaš trenutni IP-naslov ni na seznamu dovoljenih za dostop, zato je potrebna avtentikacija z ustreznim računom AAI.
Leto | Faktor vpliva | Izdaja | Kategorija | Razvrstitev | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP |
Baze podatkov, v katerih je revija indeksirana
Ime baze podatkov | Področje | Leto |
---|
Povezave do osebnih bibliografij avtorjev | Povezave do podatkov o raziskovalcih v sistemu SICRIS |
---|---|
Rihtaršič, Urška, matematika, 1981- | 28914 |
Košir, Tomaž, 1962- | 08398 |
Izberite prevzemno mesto:
Prevzem gradiva po pošti
Obvestilo
Gesla v Splošnem geslovniku COBISS
Izbira mesta prevzema
Mesto prevzema | Status gradiva | Rezervacija |
---|
Prosimo, počakajte trenutek.