Nova generacija sekvenciranja predstavlja znatan tehnološki napredak koji omogućuje velik napredak u poznavanju genoma životinja te sve širu primjenu u različitim područjima veterinarske medicine. ...Danas se napredne tehnologije primjenjuju u sekvenciranju cijelog genoma životinja, sekvenciranju njihovih egzoma, ciljanom sekvenciranju DNK fragmenata i sekvenciranju RNK. Ovaj pregled usmjeren je na trenutačna dostignuća, primjenu i izazove povezane s uporabom naprednih tehnologija sekvenciranja. Prikazana je i primjena tehnologije nove generacije sekvenciranja u genomici životinja kao i njezin daljnji razvoj i buduća primjena.
Završetkom projekta sekvenciranja ljudskoga genoma, omogućen je znatan napredak u molekularnoj biologiji čime se otvaraju novi viditci, kao i mogućnosti i u veterinarskoj medicini. Nova generacija ...sekvenciranja predstavlja znatan tehnološki napredak, koji omogućuje velik napredak u poznavanju genoma životinja te sve širu primjenu u različitim područjima veterinarske medicine. U radu su podrobno opisane različite metode novih generacija sekvenciranja, navodeći prednosti i nedostatke svake od platformi, prikazana je i povijest razvoja sekvenciranja kao i njezin daljnji razvoj i buduća primjena.
Molecular genetic testing is part of modern medical practice. DNA tests are an essential part of diagnostics and genetic counseling in single gene diseases, while their application in polygenic ...disorders is still limited. Pharmacogenetics studies DNA variants associated with variations in drug efficacy and toxicity, and tests in this field are being developed rapidly. The main method for molecular genetic testing is the polymerase chain reaction, with a number of modifications. New methods, such as next generation sequencing and DNA microarray, should allow simultaneous analysis of a number of genes, even whole genome sequencing. Ethical concerns in molecular genetic testing are very important, along with legislation. After molecular genetic testing, interpretation of results and genetic counseling should be done by professionals. With the example of thrombophilia, we discuss questions about genetic testing, its possibilities and promises.
Molekularno genetički testovi su deo savremene medicinske prakse. Primenjuju se pre svega u dijagnostici i genetičkom savetovanju kod monogenskih bolesti, dok su kod poligenskih poremećaja još uvek u razvoju. Farmakogenetski testovi su vezani za ulogu DNK varijanti u različitom odgovoru na terapiju i već dobijaju punu afirmaciju. Metode izvođenja molekularno genetičkih testova su bazirane na reakciji lančane polimerizacije DNK (PCR) i njenim modifikacijama. Nove metode, kao što su sledeća generacija sekvenciranja i primena genskih čipova, omogućiće simultano dobijanje velikog broja podataka o ispitivanoj DNK, pa čak i analizu čitavog genoma. Molekularno genetičko testiranje je povezano sa striktnim etičkim postulatima, koji su i zakonski regulisani. Tumačenje rezultata testiranja i sledstveni genetički savet treba da da profesionalac. Na primeru trombofilije iznosimo savremene stavove o genetičkom testiranju, razmatramo njegove mogućnosti i nove smernice.
Gene expression analysis by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) allows accurate and sensitive measurment of gene expression levels. However, a series of steps needs ...to be taken to ensure the relevance, accuracy, correct interpretation and repeatability of the RT-qPCR experiment. We describe here a simple experiment of determining relative gene expression for caspase 8 gene in chicken chondrocytes treated with an apoptosis inducing compound 5-fluorouracil. We use this example to point out some important guidelines in setting up a gene expression study in tissue cells, analyzing and interpreting the results and reporting on the findings.
Analiza izražanja genov z metodo reverznega pomnoževanja in kvantitativne verižne reakcije s polimerazo v realnem času (RT-qPCR) omogoča natančno in občutljivo določanje nivoja izražanja tarčnih genov. Vendar je za zagotavljanje točnosti, natančne interpretacije in ponovljivosti eksperimenta, predvsem pa relevantnosti rezultatov, pomembno natančno poznavanje korakov postopka. V tem prispevku opisujemo enostaven poskus, v katerem smo v celični liniji kokošjih hondrocitov, ki smo jih tretirali s spojino 5-fluorouracil, ki sproži apoptozo, določili relativno izražanje gena, ki kodira encim kaspazo 8. Ta primer smo uporabili za izpostavitev nekaterih pomembnih smernic pri oblikovanju študije izražanja genov v tkivnih celicah, analizi in interpretaciji rezultatov ter oblikovanju zaključkov.
Osteogenesis imperfecta (OI) je obilježena prijelomima uz minimalnu ili odsutnu traumu i predstavlja kontinuum u rasponu od
perinatalne smrtnosti, osobe s teškim skeletnim deformitetima do gotovo ...asimptomatskih osoba s niskom sklonošću prijelomima.
Dijagnosticiranje OI je interdisciplinski zadatak koji se temelji na obiteljskoj i/ili bolesnikovoj povijesti prijeloma u kombinaciji sa
znakovitim fi zičkim nalazima. Radiografsko snimanje otkriva prijelome različite starosti i stadija zaraštanja, Wormove kosti i osteopeniju.
Kako nema konačnog testa za OI, molekularno genetsko testiranje pomoću next generation sequencing (NGS) gena COL1A1
i COL1A2 te do 12 drugih gena bitno je za potvrdu genetske podloge. Stoga smo izradili NGS genski panel koji sadrži 12 gena uključenih
u OI ili tešku osteoporozu. Prikazujemo rezultate dobivene u nizu od 11 očito sporadičnih mladih bolesnika s OI, svi potomci
nezahvaćenih roditelja, koji su bili upućeni na ortopedsku kirurgiju u Specijalnoj bolnici sv. Katarina u Zaboku/Zagrebu. Deset od tih
11 bolesnika mogli smo genetski klasifi cirati. Sveukupno, uključena su bila tri gena u različitim postocima u našem nizu bolesnika:
COL1A1 (63,6%), COL1A2 (18,18%) i WNT1 (9,09%).
Osteogenesis imperfecta (OI) ili bolest krhkih kostiju je metabolička bolest kostiju obilježena krhkim kostima, niskom koštanom
masom i povišenom stopom lomova i deformiteta kostiju. Klinička ...prezentacija bolesnika s OI veoma je raznolika, od blagog do
teškog i smrtonosnog tipa OI. Napretkom molekularne biologije i istraživanjima na životinjskim modelima OI nađeno je najmanje
16 novih gena uključenih u patogenezu OI. Većina mutacija su autosomno dominantne i zahvaćaju gene COL1A1 i COL1A2 koji su
odgovorni za sintezu kolagena. Preostalih 10%-15% mutacija u OI su autosomno recesivne i zahvaćaju gene uključene u razne
metaboličke procese u kostima. Sve bolje razumijevanje metabolizma kostiju i genetski inženjering nude nove potencijalne terapijske
mogućnosti koje su u različitim fazama ispitivanja.
PDF
