Cilj rada bio je opisati genetsku strukture te parametre genetske raznolikosti autohtonih pasmina svinja Hrvatske temeljem dosadašnjih podataka u dostupnoj literaturi. Očuvanju genetske raznolikosti ...autohtonih pasmina se posljednjih desetljeća pridaje sve veća pozornost jer predstavljaju kulturno i genetsko nasljeđe te zbog svoje otpornosti na bolesti i prilagodljivosti različitim uvjetima mogu imati važnu ulogu u popravljanju konstitucijskih svojstava hibrida i plemenitih pasmina. Povećana uporaba hibridnih linija i plemenitih pasmina u uzgoju i proizvodnji rezultirala je smanjenjem populacija izvornih pasmina te promjenom njihove genetske strukture. Kao posljedica navedenog, populacije izvornih pasmina imaju vrlo visoku stopu uzgoja u srodstvu, nisku genetsku raznolikost te vrlo često u ovakvim populacijama dolazi do procesa „uskog grla“. U cilju održavanja genetske raznolikosti hrvatskih autohtonih pasmina svinja potrebno je provoditi plansko sparivanje uz kontrolu podrijetla, praćenje održive stope uzgoja u srodstvu te provoditi selekciju s optimiziranim doprinosom u uzgojnim programima.
The purpose of the study was to show the genetic structure and diversity parameters of Croatian autochthonous pig breeds based on available literature data. The preservation of genetic diversity of autochthonous breeds has recently been increasingly emphasized due to their cultural and genetic importance. Their resistance to disease and their adaptability to different conditions can play an important role in the improvement of constitutive characteristics of hybrid and noble pig breeds. The increased use of hybrids and modern breeds in breeding and production resulted in a decrease in the populations of autochthonous breeds and a change in their genetic structure. As a consequence, the population of autochthonous breeds has a very high rate of inbreeding, low genetic diversity and very often in these populations there is a bottleneck process. In order to maintain genetic diversity of Croatian autochthonous pig breeds, it is necessary to carry out planned breeding with control of origin, monitor sustainable inbreeding rate and carry out optimum contribution selection in breeding programmes.
Glavni cilj istraživanja je utvrditi genetsku raznolikost unutar prirodne populacije rizobija koji noduliraju stočni grašak na području sjeverozapadne Hrvatske te procijeniti njihovu simbioznu ...učinkovitost. Identifikacija srodnih bakterijskih sojeva provedena je primjenom RAPD i rep-PCR metode te na osnovi razlika u nodulacijskoj nodD genskoj regiji putem PCR-RFLP metode. Dokazano je da se autohtoni sojevi međusobno značajno razlikuju kao i od referentnih sojeva Rhizobium leguminosarum bv. viciae korištenih u ovim istraživanjima. Na osnovu nodulacijskih gena primjenom PCR-RFLP metode utvrđeno je da većina izolata ima istu ili vrlo sličnu nodulacijsku nodD regiju osim izolata K22 i K23. Vegetacijski
pokus u stakleniku postavljen je u svrhu procjene simbiozne učinkovitosti sojeva. Najveća masa suhe tvari kvržica utvrđena je primjenom izolata K23, K22, K17 i K20 što ukazuje na njihovu visoku infektivnost i nodulacijsku sposobnost. Signifikantno veći prinos zelene mase i suhe tvari nadzemnog dijela biljke, ostvaren je uz bakterizaciju s dva autohtona soja K26 i K16 koji su pokazali potencijalno visoku simbioznu učinkovitost u usporedbi s ostalim istraživanim sojevima.
Bijela djetelina porijeklom je iz područja Mediterana, a smatra se autohtonom vrstom za cijelu Europu. Proširila se zahvaljujući kolonizatorima po cijelom svijetu. U skladu s klimatskim i reljefnim ...različitostima Hrvatske ova vrsta se prilagodila različitim uvjetima zbog čega su se razvili različiti ekotipovi. Bijela djetelina ima pozitivan utjecaj na plodnost tla, te je jedan od najboljih fiksatora dušika. Iznimne je krmne vrijednosti, te se koristi u smjesi s travama za hranidbu stoke, pogotovo muznih krava. Vrlo je medonosna, ali i ljekovita vrsta.
White clover is a native species in the Mediterranean area and it is a native species in the whole of Europe. It has spread, thanks to colonizers, all over the world. In accordance with the climatic and relief differences of Croatia, this species has adapted to and developed different ecotypes. White clover has a positive effect on soil fertility, as well as the best nitrogen fixation. It is of exceptional fodder value. For that reason, it is used as mixture with grasses in livestock feeding, especially dairy cows. It is a very melliferous plant, as well as medicinal.
U ovom radu željeli smo ispitati različite parametre koji nam daju informaciju o učinkovitosti plantaža u proizvodnji genetski raznolikog potomstva. Koristili smo raspoložive inventurne podatke ...tvrtke “Hrvatske šume” d.o.o. o brojnom stanju i starosti rameta, te zabilježenim urodima u dvije klonske sjemenske plantaže hrasta lužnjaka; KSP “Plešćice” i KSP “Petkovac”.
U slučaju KSP „Plešćice” korišteni su inventurni podaci, te podaci o urodu za 2003.,2006.,2007.,2008.,2009. i 2010. godinu. Nakon 2010. godine zbog organizacijskih se razloga prestalo pratiti urod po klonovima i prešlo se na evidentiranje ukupnog uroda na plantaži, pa je za period 2010.-2017. godine nemoguće procjeniti genetsku raznolikost uroda.
U slučaju KSP „Petkovac” korišteni su inventurni podaci, te podaci o urodu za 2003.,2004.,2005.,2006.,2008.,2009. i 2010. godinu. U slučaju KSP „Petkovac” također se nakon 2010. godine napustilo evidentiranje uroda po klonovima.
Količine i varijabilnost uroda žira po godinama, kao i projekcije uroda za 2018. i 2019. godinu na temelju polinomijalnih regresijskih krivulja izračunali smo za sve godine evidentiranog uroda za cijelo razdoblje 2003. – 2017. godina. Rezultati su prikazani u tablici 1 i na slikama 1 i 2. Sve druge analize bile su moguće samo za godine kada se sakupljanje žira u plantažama provodilo odvojeno po klonovima. Korelacijama po metodama Pearsona i Spearmana usporedili smo raspodjelu uroda žira između parova istraživanih godina po klonovima, odnosno poredak udjela klonova u urodima žira između istraživanih godina. Obje korelacije bile su većinom statististički značajne između parova godina, sa ponekim iznimkama (tablica 2).
Ravnoteža uroda klonova po godinama, opisana kumulativnim krivuljama proizvodnje žira po godinama, po postocima rodnih klonova, prikazana je na slikama 3 i 4. Krivulje ravnoteže uroda klonova za obje plantaže prikazuju izrazito neravnomjernu raspodjelu uroda po klonova, što znači da je manjina klonova u istraživanim godinama
doprinosila većinskom količinom uroda. U uvjetima jednake plodnosti i sinkroniziranosti klonova doprinos u urodu bio bi razmjeran zastupljenosti klonova (clone size) tj. klonovi s većim brojem rameta značajnije bi doprinosili urodu. Iz tablice 3. može se primjetiti da je u slučaju KSP “Plešćice” ova korelacija bila slabija nego kod KSP “Petkovac”. Dapače, u tri od šest promatranih godina ona uopće nije bila značajna. U slučaju KSP “Petkovac” korelacija je bila značajna u svim promatranim godinama
Procjena efektivnih veličina populacije i genetske raznolikosti potomstva po godinama prikazani su u tablici 4. isključivo za žensku plodnost klonova. Prilikom izračuna doprinosa oba roditelja muška plodnost procijenjena je pomoću tri scenarija koja obuhvaćaju raznolik raspon potencijalnog muškog doprinosa u efektivnoj veličini populacije. Rezultati su prikazani u tablici 5. Usporedbom tri scenarija muškog doprinosa ukupnom efektivnom tj. statusnom broju (
Np
) vidljivo je da su vrijednosti za prvi ,gdje je muški doprinos razmjeran udjelu rameta datog klona u ukupnom broju rameta, intermedijarne u odnosu na druga dva scenarija. Najniži efektivni brojevi roditelja (
Np
), a time i najniži relativni efektivni brojevi (
Nr
), te najviše vrijednosti koeficijenta grupnog srodstva (Θ) dobivene su za drugi scenarij u kojem je muški doprinos jednak ženskome. Te su vrijednosti identične vrijednostima za samo žensku plodnost.
Najviši su efektivni brojevi i analogno druge vrijednosti dobivene za treći scenarij u kojem se pretpostavlja jednak muški doprinos svih klonova.
Za obje plantaže korelacija poretka ženskih efektivnih brojeva klonova za pojedine godine uroda, sa poretkom za količine uroda tih godina (po metodi Spearmana) je statistički značajna na razini p < 0,05.
Za primjenu mjera procjene genetske raznolikosti proizvedena u klonskim sjemenskim plantažama potrebna su sukcesivna višegodišnja praćenja cvjetanja/uroda, kao i saznanja o genetskoj dobiti dobivena testiranjem potomstva i uzgojne vrijednosti klonova u nedavno postavljenim testovima potomstva iz plantaža. Zbog svega toga je apsolutno preporučljivo da se daljnje sakupljanje uroda u ovim klonskim sjemenskim plantaža obavlja odvojeno po klonovima, jer se jedino na taj način, bez skupih molekularnih analiza, može doći do relevantnih informacija o doprinosu pojedinih klonova genetskoj raznolikosti potomstva.
In this study we wanted to investigate different parameters providing informations about the efficassy of orchards in producing genetically diverse progeny. We used available inventory data from the company „Croatian Forest” ltd. about the numbers and the age of ramets, as well as evidented crops in two clonal seed orchards (CSOs) of pedunculate oak : CSO „Plešćice” and CSO „Petkovac”.
For CSO „Plešćice” we used inventory data on ramets and crops for the years 2003, 2006, 2007, 2008, 2009 and 2010. and for CSO „Petkovac” for the years 2003, 2004, 2005, 2006, 2008, 2009 and 2010. After 2010 the collection of crops per clone was abandoned in both orchards and we only have data for overall crops in the orchards, until the year 2017.
We calculated the amounts and variability of acorn crops in different years, as well as projections of crops for years 2018 and 2019 based on polynomial regression curves, for all years of evidented crops between years 2003 and 2017. Results are shown in Table 1 and Figures 1 and 2. All other analysis were possible only for years in which crops were collected separately by clones.
We used Pearson’s product-moment and Spearman’s rank correlations to compare distributions of crops per clones between pairs of investigated years, ie. rank of clones in crops production between investigated years. Both correlations were mostly statistically significant with some exceptions (Table 2)
Clone fructification balance described by cummulative curves of acorn production in different years, per percentage of fructifying clones is shown in Figures 3 and 4. Clone balance curves in both orchards show irregular distribution of crops per clones, meaning that in investigated years minority of clones contributed to majority of crops. In conditions of equal clone fertility and maximal sinchronicity of clones, clone’s contribution to crops would be in concordance with the number of its ramets (clone size). Table 3 shows that in CSO Plešćice this correlation was weaker then in CSO Petkovac and, unlike in CSO Petkovac, not significant in all years.
Estimations of effective population sizes and genetic diversity of crops in different years is shown for female clone fertility in Table 4. For calculations of biparental contribution of clones, we used three scenarios encompassing various versions of potential male contribution in effective population sizes. Results are shown in Table 5. The values of effective (status) number of parents (
Np
) for the first scenario, where male contribution is proportionate to the percentage of clone’s ramets in the overall number of ramets of all clones, is intermediate between the other two scenarios. Lowest effective (status) number of parents (
Np
) and highest values of group ancestry coefficients (Θ) result from the second scenario where male contribution is equal to female. The highest effective numbers are gained for third scenario where equal male contribution of all clones is presumed.
In both CSOs, Spearman rank correlation between female effective numbers (
Nf
) and overall crops in different investigated years is statistically significant at p < 0,05 level.
These two CSOs are still filled with new ramets and are still relatively young. With increasing age and ramets’ tree sizes better results in crops and its genetic diversity are expected. For implementation of measures of crops genetic diversity estimations, it is necessary to monitor successively flowering and fructification in the CSOs through the years. The monitoring can then be combined with knowledge on genetic gain and clones’ breeding values obtained through recently established CSOs progeny trials. Therefore, we recommend collection of CSOs’ crops separately by clones, because without expensive molecular analysis it is the only way to get relevant information of individual clones contribution to genetic diversity of crops produced in the CSOs.
The present work was conducted to evaluate AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) and SSR (Simple Sequence Repeat) marker systems for their ability to detect genetic diversity within a set of ...29 common bean accessions spanning both the Andean and Mesoamerican gene pools and to compare the efficiency of these two marker types in the classification of accessions according to the gene pools of origin. The ten AFLP primer combinations produced 112 polymorphic bands, while 14 SSR primer pairs generated 100 polymorphic bands. Almost two-fold higher value of expected heterozygosity was calculated for SSR (0.63) than for AFLP (0.32). As the result of a higher multiplex ratio component (11.20), higher marker index value was observed for AFLP (3.56) in comparison to SSR (0.63). The higher level of polymorphism detected by SSR markers has contributed to the lower genetic similarity estimates based on SSR markers (mean 0.25) as compared to AFLP markers (mean 0.88). The dendrograms generated with hierarchical UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) cluster analysis of the Jaccard's similarity coefficient matrices revealed two major clusters, which were identified as the Andean and the Mesoamerican gene pools. Both marker systems showed comparable accuracy in grouping genotypes of common bean according to their gene pool of origin.
V raziskavi smo na vzorcu 29 genotipov navadnega fižola različnega geografskega porekla (srednjeameriško, andsko) proučevali učinkovitost AFLP (polimorfizem dolžine pomnoženih restrikcijskih fragmentov) in SSR (enostavne ponavljajoče se sekvence) markerjev v vrednotenju genetske raznolikosti in klasifikaciji navadnega fižola glede na poreklo. Z 10 pari AFLP začetnih oligonukleotidov smo v verižni reakciji s polimerazo (PCR) pri 29 genotipih namnožili 112 polimorfnih fragmentov, s 14 pari SSR začetnih oligonukleotidov pa 100. Za SSR markerski sistem (0,63) smo v primerjavi z AFLP sistemom (0,32) izračunali skoraj dvakrat višjo vrednost pričakovane heterozigotnosti polimorfnih lokusov. Pri AFLP sistemu smo zabeležili skoraj šestkrat višjo vrednost markerskega indeksa kot pri SSR (3,56:0,63), kar je posledica večjega povprečnega števila polimorfnih DNA fragmentov, namnoženih v posamezni AFLP analizi, in multipleksnega razmerja. Na podlagi odkritih polimorfizmov smo v primerjavi z AFLP s SSR sistemom izračunali nižjo povprečno vrednost genetske podobnosti med pari genotipov (0,88:0,25). Pri razvrščanju genotipov v skupine z metodo netehtane aritmetične sredine (UPGMA) na osnovi podobnosti so se akcesije ne glede na tip markerjev razvrstile v 2 skupini, ki ustrezata dvema izvornima geografskima regijama navadnega fižola (srednjeameriško, andsko). Rezultati raziskave kažejo, da sta SSR in AFLP markerska sistema podobno uspešna pri vrednotenju genetske raznolikosti navadnega fižola in njegovi klasifikaciji glede na poreklo.
Genetska raznolikost unutar autohtonih pasmina svinja se smanjuje kao posljedica smanjenja veličina populacija. Stoga se posljednjih godina posebna pozornost pridaje očuvanju genetske raznolikosti ...takvih pasmina. Cilj istraživanja bio je utvrditi genetsku raznolikost banijske šare svinje koristeći podatke o porijeklu životinja. Podaci o porijeklu sadržavali su 721 zapis o porijeklu svinja banijske šare pasmine u razdoblju od 2010 do 2017. godine. Referentna populacija sadržavala je sve životinje iz porijekla. Kvaliteta i cjelovitost pedigrea utvrđena je korištenjem slijedećih parametara: prosječni maksimalni broj generacija praćenih unatrag, prosječan broj punih generacija, te prosječan broj ekvivalentnih generacija. Genetska raznolikost populacije opisana je slijedećim parametrima: prosječni koeficijent uzgoja u srodstvu (F), stopa promjene koeficijenta uzgoja u srodstvu (ΔF), efektivna veličina populacije (Ne), prosječna srodnost u populaciji, te efektivni broj začetnika (Nef). Genetski intervali za četiri selekcijska puta izraženi su kao prosječna dob roditelja u trenutku rođenja potomaka. Prosječni maksimalni broj generacija iznosio je 2,47, prosječan broj punih generacija 1,50, dok je prosječni broj ekvivalentnih generacija iznosio 2,00. Prosječni koeficijent uzgoja u srodstvu iznosio je 3,68%, a stopa promjene uzgoja u srodstvu 1,74% po generaciji. Prosječna srodnost u populaciji iznosila je 9,32%, dok je efektivna veličina populacije iznosila 28,81. Prosječno trajanje generacijskog intervala iznosilo je 2,17 godine. Rezultati analize porijekla pokazali su potrebu za ulaganjem dodatnih napora kako bi se očuvala genetska raznolikost unutar populacije banijske šare svinje. Tome može pridonijeti plansko sparivanje životinja te primjena selekcije s optimiziranim doprinosom.
Genetska raznolikost pakistanskih jednogrbih deva slabo je dokumentirana. Ova studija procijenila je genetske varijacije dviju dobro poznatih pasmina pakistanskih deva - mareecha i barela - koje su ...vrlo dobro prilagođene klimi pustinje Cholistan. Deva može poslužiti kao koristan sudionik u lancu opskrbe hranom, osiguravajući mlijeko, meso i druge prehrambene proizvode za život pastira. Da bi se istražio novi svijet resursa, potrebno je više pozornosti za obavljanje standardnih postupaka za genetsku karakterizaciju, razvrstavanje i identifikaciju pasmina deva u zemlji. U tu svrhu, ukupno 66 životinja koje nisu u srodstvu pasmine mareecha (n=35) i barela (n=31) genotipizirane su uporabom 12 označenih mikrosatelitskih lokusa. Veličine fragmenata DNK određene su u ABI 3130 genetskom analizatoru. Svi mikrosatelitski markeri uspješno su pojačani i pokazali su polimorfnu narav s prosječnim sadržajem polimorfnih informacija (PIC) od 0,72 i 0,70 za mareecha, odnosno barela pasminu. Ukupno 107 alela s prosječno 8,91 alelom po lokusu u obje pasmine identificirano je tim markerima. CMS15 bio je vrlo polimorfan s 13 alela dok je VOLP-032 bio najniži s 2 lokusa. Fit i Fis vrijednosti bile su niske, ali je uočena velika diferencijacija populacije (17 %) za obje pasmine koje su posljedica migracije pastira u različite udaljene krajeve tijekom promjena klime.
Grah je jedna od najviše uzgajanih i najviše korištenih zrnatih mahunarki u svijetu koja ima visoku razinu genetske raznolikosti. U ovom radu je prikazan detaljan pregled razvoja i kartiranja ...mikrosatelitnih biljega (SSR, ponavljajuće jednostavne sekvence) kod graha. U posljednjih 25 godina, grah je bio predmetom brojnih genetskih istraživanja u kojima je provedena identifikacija i upotreba SSR-ova što je dovelo do razvoja genetskih karata. Prve genetske karte graha su razvijene u 1990-ima i bile su bazirane na različitim molekularnim biljezima, a uključivale su gene koji su povezani uz udomaćenje i važna agronomska svojstva. Kasnije su SSR-ovi omogućili genetsko kartiranje križanaca koji su često od interesa u oplemenjivanju bilja. Većina genetskih karata povezana je s osnovnom genetskom kartom uspostavljenom na rekombinantnoj inbred liniji BAT93 x Jalo EEP558, koja uključuje različite biljege kao što su RFLP (polimorfizam dužine restrikcijskih ulomaka), RAPD (nasumično umnožena polimorfna DNA), AFLP (polimorfizam dužine umnoženih ulomaka) te SSR-ove. Više od 2 000 SSR biljega je dostupno za grah i oni su važan alat za procjenu genetske raznolikosti tradicijskih kultivara graha. SSR-ovi su također korisni za procjenu unutarvrsne raznolikosti unutar roda Phaseolus.
Cilj ove studije bio je okarakterizirati polimorfizam pojedinačnih nukleotida kod Calpaina (CAPN), kalpastatina (CAST), leptina (LEP), hormona rasta (GH), receptora hormona rasta (GHR), inzulinu ...sličnog čimbenika rasta 1 (IGF-1) i miostatina (MSTN) u križanaca kreolske dlakave ovce iz Kolumbije s ovcama pelibuey pasmine. U 192 jedinke, lokusi CAST i MSTN genotipizirani su PCR-RFLP, a loci CAPN, GH, GHR, IGF-1 i LEP pomoću PCR-SSCP i sekvenci. Izračunati su sljedeći pokazatelji: alelna i genotipska frekvencija, uočena (Ho) i očekivana heterozigotnost (He), indeks fiksacije i odstupanja od ravnoteže Hardy-Weinberga (HWE). U lokusu CAPN nađene su veće frekvencije alela T (70 %) u odnosu na C (30 %), a frekvencije genotipa TT (46 %) i TC (48 %) su nadmašile CC (6 %). Kod CAST-a, MM genotip (83 %) je bio najčešći, a slijede ga ostali genotipovi (MN: 16 % i NN 0,5 %), tako da su alelne frekvencije bile M: 91 % i N: 9%. Alel A (66 %) lokuse LEP bio je češći od alela G (34 %), a AA, AG i GG genotipovi imali su frekvencije 43, 47 i 10 %. U lokusu GH pronađene su samo dva genotipa (AA: 64 % i AG: 36 %) s alelnim frekvencijama 82 i 18 % za A i G. U lokusu IGF-1, genotipovi AA, GG i
AG prikazali su frekvencije od 36, 49 i 15 %, s većom prisutnošću alela G (56 %) od A (44 %). U analiziranoj populaciji, lokusi GHR i MSTN bili su monomorfni, a u svakom su pronađeni samo AA i MM genotipovi. Lokusi CAST, GH i IGF-1 pokazali su odstupanja od HWE.
Jedino je u IGF-1 lokusu ustanovljen manjak He. Lokusi CAPN, CAST, LEP, GH i IGF-1 bili su polimorfni s visokim He i viškom heterozigota. Nasuprot tome, lokusi GHR i MST bili su monomorfni. Rezultati prikazani u ovom istraživanju mogu se koristiti u programima uzgoja životinja.
Cilj ove studije bio je procijeniti genetsku raznolikost kolumbijskog kreolskog magaraca iz odjela Sucre koristeći molekularne markere tipa RAM-a (engl. Random Amplified Microsatellites). U 100 ...jedinki iz pet podregija odjela izlučeno je DNK, a pomoću PCR-a amplificirano je pet primera RAM-a. Pronađene su 291 trake, prosječno 11,96±1,45 po primeru, najveća vrijednost u CCA (18±2,23), a najniža u TG i GT (8,8±0,44). Najviši polimorfni primer (88,09±10,91 %) i s najvišim He (engl. heterozygosity value (0,376±0,021) bio je CA, dok je najniži bio GT (0,341±0,076 i 0,101±0,040). Intrapopulacijska analiza pokazala je prosječno 66,50±1,72 pojasa, od kojih je 89,86±24,04 % bilo polimorfno. Subpopulacija Gulf of Morrosquillo (GO) imala je najveći broj opsega (63±3,84), a najmanju je pronašla u Mojana (MO) (48±2,88), međutim, najveću vrijednost polimorfnih lokusa (81,16 %) i He (0,335±0,022) pronašli su u subpopulaciji Montes de María (MM), koja je najraznolikija. Ustvrđena prosječna genetska raznolikost iznosila je 0,351±0,021 za cijelu populaciju. Analiza populacijske strukture pokazala je 10 % odstupanja između subpopulacija, s vrijednosti FST-a od 0,17±0,01 (P<0,05). Genetske udaljenosti između subpopulacija pokazale su da su MO i GO najdalje. RAM markeri učinkoviti su za procjenu genetske raznolikosti kreolskog magaraca, ova kreolska pasmina ima visoke vrijednosti genetske raznolikosti, MM subpopulacija je najraznolikija, pronađena genetska struktura može biti rezultat prirodnih geografskih barijera između podregija.
PDF
