Provider: - Institution: University of Zagreb. Faculty of Forestry. Department of Forest Genetics, Dendrology and Botany. - Data provided by Europeana Collections- Genetska raznolikost ...(varijabilnost, diverzitet) temeljni je dio ukupne biološke raznolikosti, a predstavlja bogatstvo različitih alela odnosno gena narazinama jedinki, populacija odnosno vrsta. Veća razina genetske raznolikosti omogućava populacijama veći kapacitet prilagođavanja putem prirodneselekcije i zbog toga je važan preduvjet njihova opstanka u promjenjivomokolišu. Stoga su upoznavanje i očuvanje genetske raznolikosti izuzetnovažne aktivnosti za dugoročni opstanak vrsta šumskog drveća, posebice onihkoje su nositelji ekosustava.Utvrđivanje razine, obrasca i uzroka genetske raznolikosti kod vrsta šumskog drveća moguće je putem dvaju metoda, a to su: 1. analizom kvantitativnih fenotipskih svojstava u genetičkim testovima i 2. analizom DNK biljega. Glavni cilj ovoga rada bio je utvrditi razinu i obrazac genetske raznolikosti populacija hrasta lužnjaka u Hrvatskoj korištenjem obje dostupne metode.Na tri različite lokacije osnovani su genetički testovi s potomstvom hrasta lužnjaka iz 16 sjemenskih i jedne gospodarske sastojine, kojereprezentiraju cjelokupan areal ove vrste u Hrvatskoj. Provedene su izmjere i ocjenjivanje raznovrsnih kvantitativnih fenotipskih svojstava: visinskog rasta,visinskog prirasta, preživljenja, zimske retencije lišća, intenziteta zaraze hrastovom pepelnicom, intenziteta oštećenosti biljaka kasnim proljetnim mrazem i fenologije listanja. Analizom varijance utvrđena je statistička značajnost ispitivanih izvora varijabilnosti (blokova, populacija, familija unutar populacija, interakcije blokova s populacijama i familijama), te su izračunati kvantitativni genetički parametri: nasljednost (individualna (h2i) i familijska (h2f)), koeficijent aditivne genetske varijacije (CVA) i parametar kvantitativne genetskediferencijacije (QST). Determinacija obrasca genetske diferencijacijeprovedena je multivarijatnom regresijskom stabalnom analizom (engl.Multivariate Regression Tree analysis MRT).Vrijednosti CVA i nasljednosti bile su kod većine svojstava niske, štoupućuje na nisku razinu unutarpopulacijske genetske varijabilnostiistraživanih populacija. Međutim vjerojatno je da su niske vrijednostigenetičkih parametara bile uzrokovane visokom varijancom ostatka tj.neaditivnom genetskom i okolišnom varijancom uključujući i varijancueksperimentalne pogreške. Stoga, izračunati genetički parametri nisuIIdovoljno pouzdani za konačan zaključak o razini unutarpopulacijske aditivnegenetske varijabilnosti hrasta lužnjaka u Hrvatskoj.Izračunati QST parametari ukazuju na značajnu kvantitativnu genetskudiferencijaciju istraživanih populacija hrasta lužnjaka i to vrlo vjerojatnouslijed djelovanja prirodne selekcije, na što je ukazala visina vrijednostiparametara.Determinacija obrasca kvantitativne genetske diferencijacije pokazala jekako su se populacije razdvojile s obzirom na relativnu humidnost i toplinustaništa iz kojeg potječu. Populacije iz suših i toplijih staništa imale su boljekarakteristike za ispitivana svojstva u pokusnim nasadima Jastrebarsko iKoška, jer su klimatske prilike u tim pokusnim nasadima tijekom analiziranogperioda više odgovarale originalnim stanišnim prilikama tih populacija. Sdruge strane, populacije koje potječu i iz relativno humidnijih i iz relativnoaridnijih staništa imale su bolje karakteristike visinskog rasta i preživljenja upokusnom nasadu Vrbanja.Genetska udaljenost između populacija izračunata analizama jezgrinihmikrosatelitnih biljega ukazuje kako većina populacija nije genetski značajnoudaljena. Ipak, utvrđeno je da su populacije HR 609 i HR 387 nešto višegenetski udaljene od ostalih. Kod tri populacije (HR: 609, 387 i 577) uočen jenedostatak očekivane heterozigotnosti, te visok FIS parametar, ukazujući nakrižanje u srodstvu.Analizom molekularne varijance (AMOVA) utvrđena je visokaunutarpopulacijska raznolikost, te statistički značajna komponenta varijanceuzrokovana razlikama između populacija, ukazujući na postojanje neutralnegenetske diferencijacije. Ipak, međupopulacijska diferencijacija zauzimala jesamo 1,47% ukupne raznolikosti, što ukazuje na snažan utjecaj migracijagena između populacija. Uz proces prirodne migracije gena (posebicepeludom) vrlo je vjerojatan i antropogeni utjecaj prijenosom šumskogreprodukcijskog materijala.Prostorna udaljenost ima signifikantan udio u raspodjeli genetičkeraznolikosti. Ukupno 19,6% genetske diferencijacije između analiziranihpopulacija može se objasniti njihovom prostornom udaljenošću (IBD), asrodnost jedinki se gubi nakon 240 km međusobne udaljenosti. Ipak,faktorijalnom analizom korespodencije nije utvrđena prava zemljopisnarazdvojenost populacija.Analizom kloroplastnih mikrosatelitnih biljega ukupna procijenjenaraznolikost svih populacija bila je velika. Utvrđena raznolikost izmeđupopulacija analizom molekularne varijance (AMOVA) bila je statističkivisoko značajna i veća od unutarpopulacijske raznolikosti. Također, jeustanovljeno postojanje 66 haplotipova u istraživanim populacijama, koji susvrstani u tri rodoslovne linije: linija L2 koja ujedno sadržava i najveći brojhaplotipova prostire se od istoka prema zapadu, linija L1 najviše jezastupljena u zapadnom dijelu rasprostranjenja hrasta lužnjaka u Hrvatskoj,dok L3 zauzima središnji dio areala.- Genetic diversity (i.e. variability) is the basic part of the biological diversityand represents reaches of the alleles and genes of individuals, populations andspecies. Higher level of genetic diversity in populations able them highercapacity for adjustment through natural selection, and therefore it is animportant part for their survival in a changing environment. Therefore, learnand preserve genetic diversity is extremely important for long-term survivalof forest tree species, especially those which are the carriers of ecosystem.Determination of level, pattern and causes of genetic diversity in forest treesspecies is possible by two methods: 1. the analysis of quantitative phenotypictraits in genetic field trials, and 2. by analysis of DNA markers. The mainobjective of this study was to determine the level and pattern of geneticdiversity of pedunculate oak populations in Croatia using both availablemethods.Three genetic field trials (Jastrebarsko, Koška and Vrbanja) were establishedon different locations with progeny from 16 seed stands and one normalmanaged stand, representing the distribution range of pedunculated oak inCroatia. Measurements of quantitative phenotypic traits such as height,survival, winter leaf retention, intensity of infection with powdery mildew,intensity of late spring frost damages and phenology were conducted todeterminate genetic diversity and differentiation.Statistical significance of analyses of variance was calculated for sources ofvariability: blocks, populations, family within populations, interaction ofblocks with populations and families. Based on percentage of variancecomponents from ANOVA, heritability (individual (h2i) and family (h2f))coefficient of additive genetic variation (CVA) and parameter of quantitativegenetic differentiation (QST) were calculated. Multivariate regression treeanalysis (MRT) was used to determine the pattern of genetic differentiation.Heritability (individual (h2i) and family (h2f)) and coefficient of additivegenetic variation (CVA) were low for almost all quantitative traits indicating alow level of intrapopulation genetic variability. However, low additivegenetic variation was probably caused by high variance residual in ANOVA
Considering that calculated genetic parameters are not reliable enough forfinal conclusion about level of intrapopulation genetic variability inpopulations of pedunculated oak in Croatia.High QST parameter reveals significant differences between populations,which confirm their genetic differentiation probably caused by naturalselection. Statistical significance level for interaction effect of populationswithin blocks indicates a certain level of phenotypic plasticity for analyzedpopulations. Populations were clustered according to relative humidity andtemperature of habitat of origin.Populations originating from more arid habitat showed higher phenotypiccharacteristics for survival and height in trials Jastrebarsko and Koška,probably because climatic in this field trials were favorable for populationoriginating from more aridic habitat. Populations originating from morehumid habitats and also from relatively arid habitats had the higher survivaland height in field trial Vrbanja.Analysis with nuclear microsatellite markers showed a low level of geneticdiversity between populations. Populations HR 609 and HR 387 are morediverse form other populations. Three populations (HR: 609, 387 and 577)have high FIS parameter indicating inbreeding.Analysis of molecular variance (AMOVA) determine high level ofintrapopulation diversity, also a statistically significance percentage ofvariance between populations indicate a neutral genetic differentiation.However, established interpopulation differences were only 1.47% of overalldifferences, referring to high migration of genes between populations. Besidethe natural gene flow (especially by pollen), the highly plausible isanthropogenic influence by moving of forest reproductive material.Total of 19.6% of genetic differentiation among populations can be explainedwith isolation by distance (IBD). Relatedness of individuals is lost after 240km mutual distance.Analysis with chloroplast microsatellite markers gave high overall diversityof populations. Diversity between populations in AMOVA was statisticalyhighly significant, higher than intrapopulation diversity. Also, 66 haplotypeswas determined, origination in three lines: line L2, with highest number ofhaplotypes extends from east to west, line L1 prevails in western part ofdistribution range, while line L3 is concentrated in central part.- All metadata publish
U radu je opisan problem neuspjeha genotipizacije životinjskih rotavirusa s dosadašnjim početnicama za genotipizaciju G3. Za rješavanje tog problema vrednovane su objavljene i rabljene početnice za ...G3 sa sekvencijama za VP7 područja genotipizacije izolata rotavirusa podrijetlom od ljudi i životinja. Analiza poravnanja sekvencije pokazala je da rabljene početnice G3 pokazuju veću komplementarnost s izolatima rotavirusa genotipa G6, G8 i G10. Postojeće početnice G3 bile su u devet nukleotida nepodudarne s rotavirusima G3 životinjskog podrijetla. Preinačene početnice za genotipizaciju G3 pokazale su se uspješnima za umnožavanje sva tri izolata G3 podrijetlom od životinja bez pogrješnog umnožavanja bilo kojeg genotipa skupine A rotavirusa odnosno G6 i G10. Preporučuje se upotreba predloženih početnica u molekularnim istraživanjima za dokaz uistinu dominantnih genotipova rotavirusa u životinja.
Genetska raznolikost dvaju divljih kalibausa, Labeo calbasu, i jedne mrjestilišne populacije proučavana je pomoću random amplified polymorphic DNA (RAPD) metode. Tri 10–mer nasumična primera (OPA01, ...OPB02 and OPC03) postigla su ukupno 26 ponovljivih i dosljedno prebrojivih RAPD traka, od kojih je 15 (57,69%) bilo polimorfično (P95), upućujući na visoku razinu genetske varijacije u svim proučavanim populacijama. Od triju populacija, Padma populacija je pokazala relativno nižu razinu genetske raznolikosti (0,1238), što bi moglo biti uzrokovano degradacijom staništa. UPGMA dendrogram baziran na N e i e v o j (1972.) metodi mjerenja genetičke udaljenosti (D) uputio je na segregaciju dviju divljih i jedne mrjestilišne populacije na dva jasna klastera:
Mrjestilište i Padma činile su jedan, a Jamuna drugi klaster, što upućuje na podrijetlo mrjestilišnog matičnog jata iz rijeke Padma. Istraživanje je pokazalo i da RAPD može biti učinkovito oruđe u utvrđivanju genetske strukture populacija kalibausa.
Prikazani su rezultati istraživanja varijabilnosti visinskog rasta provenijencija obične bukve (Fagus sylvatica L.) u dva terenska pokusa smještena u Hrvatskoj i Sloveniji. Pokusi provenijencija ...osnovani su tijekom proljeća 1998. godine s biljkama starosti 2 godine. U hrvatskom se pokusu nalazi trideset i šest, a u slovenskom trideset i osam europskih provenijencija. Biljke su posađene u eksperimentalnom dizajnu randomiziranog blok sustava (RBD), u tri ponavljanja, a svaka je provenijencija zastupljena sa po 150 sadnica. Hrvatski pokus čine provenijencije iz 13 europskih zemalja: Austrija, Belgija, Češka, Danska, Francuska, Hrvatska, Velika Britanija, Njemačka, Nizozemska, Poljska, Slovenija, Švedska i Ukrajina, a slovenski provenijencije iz 16 europskih zemalja: Austrija, Belgija, Češka, Danska, Francuska, Hrvatska, Velika Britanija, Njemačka, Italija, Luxemburg, Nizozemska, Poljska, Slovačka, Slovenija, Švedska i Švicarska.
Rezultati rada odnose se na preživljenje i visine biljaka starosti 2+8 godina (nakon 8 godina rasta u terenskom pokusu), izmjerenih u jesen 2005. godine. Promatrajući oba istraživana pokusa, provenijencija P-13 (Soignes-Belgija) imala je najbolje preživljenje u slovenskom pokusu (94 %). Najveće prosječne visine biljaka od 242,80 cm imala je lokalna provenijencija u slovenskom pokusu P- 53 (Postojna – Mašun).
Rezultati istraživanja uspijevanja provenijencija na različitim staništima pokazuju kako su pojedine provenijencije (P-05 Bretagne F, P-31 Urach D, P-17 Westfield GB) fenotipski stabilne, odnosno pokazuju opću adaptiranost, za razliku od drugih koje su fenotipski nestabilne, odnosno pokazuju specifičnu adaptiranost (P-64 Nizbor, CZ, P-51 Horni Plana-Ce CZ).
Rezultati analize varijance pokazali su da je efekt provenijencija bio statistički značajan samo u slovenskom testu, dok u hrvatskom pokusu i u kombiniranoj analizi nije bilo značajnih razlika između analiziranih provenijencija. Efekt interakcije provenijencija s blokovima bio je statistički značajan izvor varijabilnosti u oba pokusa, ukazujući na snažne utjecaje mikrostanišnih razlika.
Međutim, u hrvatskom testu blokovi su postavljeni prema nagibu terena, a ne paralelno sa slojnicama, što je vjerojatan uzrok visoke statističke značajnosti interakcije provenijencija s blokovima. Nadalje, u slovenskom su pokusu blokovi imali nejednak broj provenijencija, što je također vjerojatan uzrok statističke značajnosti interakcije blok × provenijencija. Vjerujemo da su prethodno navedeni razlozi doveli do precjenjenjivanja interakcija kao izvora varijabilnosti, a time istovremeno i do podcjenjivanja efekta provenijencija.
Tukey-Kramer-ov test signifikantnosti razlika između provenijencija nije pokazao klinalni obrazac geografske varijabilnosti, pa bi se moglo zaključiti da je genetska varijabilnost ekotipskoga karaktera. Međutim, buduća istraživanja, koja bi uključila i ekološke varijable originalnih majčinskih sastojina, trebala bi više razjasniti obrazac uočene genetske varijabilnosti u istraživanim pokusima.
Rezultati ovih istraživanja svoju primjenu mogu imati u oplemenjivanju kao i u očuvanju genetskog bogatstva obične bukve.
Cilj ove studije bio je istražiti genetsku varijabilnost populacije gradskih golubova (Columba livia) u općini Montería, Kolumbija, uporabom fenotipskih markera perja. Nasumično uzorkovanje je ...provedeno između ožujka i travnja 2023. na 21 jatu golubova u općini Montería Kroz urbane ekskurzije, izravno promatranje i fotografsku evidenciju, fenotipski je klasificirano 1570 jedinki. Proučavani su autosomni markeri koji određuju boju i dizajn perja: Checker (C), Grizzle (G), Spread (S), i Ash-Red (B). Genetski profili subpopulacija gradskih golubova su utvrđeni uporabom sljedećih genetskih indeksa populacije: očekivana heterozigotnost (He), ukupna genetska raznolikost (HT), raznolikost unutar populacija (HS), raznolikost između populacija (DST), koeficijent genetske raznolikost (GST), genski tok (Nm) i genetska udaljenost između populacija, procijenjeno pomoću PopGene 1.31 programa. Frekvencije alela kretale su se od 0,315 za Checker gen do 0,005 za Spread marker. Ukupna genetska raznolikost bila je umjerena, a genetska diferencijacija između populacija bila je niska, popraćena visokim genskim tokom. Zamijećen je i višak heterozigota te su pronađene niske vrijednosti genetske udaljenosti između populacija. Rezultati ukazuju na ograničenu genetsku diferencijaciju između populacija, što dovodi do zaključka da su populacije golubova u općini Montería u vrlo visokom srodstvu.
U svrhu selekcije različitih roditelja procijenjena je genetska raznolikost među dvadeset genotipova. Trideset potomaka F1 razvijenih spajanjem linija - ispitivača istraživano je od generacije ...sadnica do prve generacije klona za pet važnih agronomskih osobina. Analizom klastera otkriveno je da se roditelji mogu svrstati u sedam različitih klastera. Prosjeci klustera pokazali su veliki raspon variranja kod nekoliko osobina među pojedinačnim kao i višegenotipskim klasterima. S obzirom na raznolikost uzorka roditelje treba selekcionirati iz klastera I, III, IV i V za oplemenjivanje krumpira. Analizom varijance otkriveno je da su gotovo svi izvori variranja bili veoma značajni za sve istraživane osobine u obje generacije. Roditelji Challisha, Lalpakri, Patnai, Chamak, Sadagoti, TPS-67 i TPS-364 bili su dobri spajatelji za prinos gomolja i osobine prinosa zbog svog gca djelovanja. Djelovanje gca je pokazalo da je od 30 hibrida 12 imalo određene sposobnosti spajanja za prinos gomolja, a ti su hibridi također ispoljili znatnu heterozu za osobine prinosa gomolja i osobine što doprinose prinosu.
Rod Vaccinium obuhvaća relativno velik broj vrsta no u Hrvatskoj su nativne samo tri svojte (V. myrtillus L., V. vitis-idaea L. i V. uliginosum L.), dok je V. corymbosum L. ‘pridošlica’ koja svoju
...nazočnost u flori Hrvatske zahvaljuje uvozu sadnog materijala i početku kultiviranja borovnice. U Hrvatskoj je svakako najraširenija vrsta V. myrtillus (borovnica) od koje se sakupljaju bobice koje se kao sezonsko šumsko voće još uvijek može naći na našim tržnicama. U narodu, prije relativno nepoznata V. vitis-idaea (brusnica) posljednjih godina postala je zanimljiva zbog pripisivanih joj povoljnih učinaka na zdravlje i velike propagande farmaceutske industrije. Kao što je to slučaj s mnogim drugim samoniklim vrstama voća na području Hrvatske, tako se ni u slučaju roda Vaccinium nije provodilo sustavno istraživanje rasprostranjenosti vrsta, ali se iz velikog broja pojedinačnih navoda i opažanja ipak može sastaviti prilično dobra slika njihove rasprostranjenosti. Isto tako, kod nas se nije provodio nikakav rad na oplemenjivanju i uvođenju u kulturu naših autohtonih vrsta. Zato je potrebno nastaviti istraživanjima rasprostranjenosti te istovremeno početi stvarati kolekcije jedinki s pozitivnim svojstvima da se olakša daljnji istraživački rad i oplemenjivanje.
Zahvaljujući klimatskim uvjetima i zemljopisnom položaju, Hrvatska flora je bogata biljnim vrstama. Među njima postoji velik broj samoniklih voćnih vrsta, zanimljivih zbog natprosječne kakvoće svojih ...plodova. Podaci iz postojeće literature kao i oni vlastitih istraživanja uspoređeni su s popisom svojti rasprostranjenih u Europi. Zbog jednostavnog međuvrsnog križanja svojti roda Rubus, postoji velika genetska raznolikost unutar roda koja je u prošlosti korištena za izravni odabir iz prirodnih populacija i stvaranje brojnih sorti. Neke od tih vrsta mogu se rabiti i u budućim oplemenjivačkim programima.
Postojanje velike raznolikosti među životinjskim populacijama i vrstama, negativni ljudski utjecaj kroz prekomjerno iskorištavanje i promjene prirodnih staništa, činjenice su da su životinje postale ...središtem mnogih molekularnobioloških istraživanja. Cilj ovog rada usmjeren je na pregled pisane dokumentacije najkorištenijih biotehnoloških metoda za razlikovanje životinjskih populacija, uključujući i njihove prednosti i nedostatke.
Domaća mačka (Felis catus) mali je sisavac, mesožder koji pripada porodici mačaka. Karakterizira ju značajna varijabilnost u smislu pasmine, s tim da su ženke obično veličinom manje od mužjaka. Mačke ...su jedna od najpopularnijih vrsta kućnih ljubimaca diljem svijeta, ali postoji sve više dokaza da njihove velike populacije imaju negativan učinak na okoliš. Mačke se odlikuju zamjetnim polimorfizmima, posebno bojom, uzorkom i teksturom njihovog krzna, što je lako moguće prepoznati vizualno. To čini prikupljanje podataka jednostavnim postupkom. Uz to, mačke su idealna vrsta za studije populacije, jer su to kozmopolitske životinje i čine panmiktičku populaciju. Genetske analize populacije mačaka ključne su za razumijevanje povijesti njihove evolucije i za razvoj filogenetskih hipoteza vezano uz odnosa alela. Međutim, unatoč važnosti ovih studija, globalna dostupnost informacija je ograničena pa čak i potpuno odsutna u nekim područjima. Cilj je ove studije bio je utvrditi razinu genetske raznolikosti i strukture u populacijama domaćih mačaka (Felis catus) uporabom markera krzna u Valleduparu, Cesar. Nasumično uzorkovanje je provedeno između veljače i rujna 2022. godine te je fenotipski identificirano 365 odraslih životinja u dvanaest kvartova lokaliteta. Proučavani geni uključivali su Orange, Agouti, Dilution, Tabby, Long Hair, Siamese, Manx, Spotting White i Dominant White. Non-agouti marker pokazao je najveću učestalost (0,740), dok je Manx gen pokazao najnižu vrijednost. Najviše genetske raznolikosti otkriveno je unutar populacija, a bilo je ograničeno između populacija. Uz to, zamijećen je i visoki genski tok, obilje heterozigota i smanjena genetska diferencijacija između populacija. Spotting White locus pokazao je otklon od Hardy-Weinberg ekvilibrija. Genetska udaljenost između populacija i dobiveni dendrogram otkrili su niske značajne vrijednosti, ukazujući da su populacije općenito u uskom srodstvu.
