(UL)
-
Dig-up primers [Elektronski vir] : a pipeline for identification of polymorphic microsatellites loci within assemblies of related speciesTurudić, Ante ...Simple sequence repeats (SSRs) have become one of the most popular molecular markers and are used in numerous fields, including conservation genetics, population genetic studies, and genetic mapping. ... Advances in next-generation sequencing technology and the growing amount of genomic data are driving the development of bioinformatics tools for SSR marker design. These tools work with different combinations of input data, which can be raw reads or assemblies, and with one or more input datasets. We present here a new strategy and implementation of a simple standalone pipeline that utilizes more than one assembly for the in silico design of PCR primers for microsatellite loci in more than one species. Primers are tested in silico to determine if they are polymorphic, eliminating the need to test time-consuming cross-species amplification in the laboratory. The end result is a set of markers that are in silico polymorphic in all analyzed species and have great potential for the identification of interspecies hybrids. The efficiency of the tool is demonstrated using two examples at different taxonomic levels and with different numbers of input assemblies to generate promising, high-quality SSR markers.Vir: International journal of molecular sciences [Elektronski vir]. - ISSN 1422-0067 (Vol. 25, iss. 6, art. 3169, 2024, 10 str.)Vrsta gradiva - e-članek ; neleposlovje za odrasleLeto - 2024Jezik - angleškiCOBISS.SI-ID - 196357123
Avtor
Turudić, Ante |
Liber, Zlatko |
Grdiša, Martina |
Jakše, Jernej |
Varga, Filip |
Poljak, Igor |
Šatović, Zlatko
Teme
SSRs |
NGS |
SSR primer design |
in silico PCR |
bioinformatika |
molekularna genetika |
molekularni markerji |
mikrosateliti |
SSR markerji |
genom
![loading ... loading ...](themes/default/img/ajax-loading.gif)
Avtor | Turudić, Ante ... |
Naslov | Dig-up primers [Elektronski vir] : a pipeline for identification of polymorphic microsatellites loci within assemblies of related species |
Datum objave | 2024-03-09 |
COBISS.SI-ID | 196357123 |
Verzija objave v repozitoriju | Založnikova različica |
Licenca objave v repozitoriju | Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna |
Embargo | Takojšnja javna objava |
Projekti, iz katerih je bila financirana objava
Naziv | Akronim | Številka projekta | Financer |
---|---|---|---|
Research and Development of Plant Genetic Resources for Sustainable Agriculture | PK.1.1.02.0005 |
Croatian Science Foundation (CSF) |
Datoteke, ki spadajo k objavi
Povezava |
---|
![]() |
![]() |
Vnos na polico
Trajna povezava
- URL:
Faktor vpliva
Dostop do baze podatkov JCR je dovoljen samo uporabnikom iz Slovenije. Vaš trenutni IP-naslov ni na seznamu dovoljenih za dostop, zato je potrebna avtentikacija z ustreznim računom AAI.
Leto | Faktor vpliva | Izdaja | Kategorija | Razvrstitev | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP | JCR | SNIP |
Baze podatkov, v katerih je revija indeksirana
Ime baze podatkov | Področje | Leto |
---|
Povezave do osebnih bibliografij avtorjev | Povezave do podatkov o raziskovalcih v sistemu SICRIS |
---|---|
Turudić, Ante | ![]() |
Liber, Zlatko | ![]() |
Grdiša, Martina | ![]() |
Jakše, Jernej | 16379 |
Varga, Filip | ![]() |
Poljak, Igor | ![]() |
Šatović, Zlatko | ![]() |
Vir: Osebne bibliografije
in: SICRIS
Izberite prevzemno mesto:
Prevzem gradiva po pošti
Naslov za dostavo:
Med podatki člana manjka naslov.
Storitev za pridobivanje naslova trenutno ni dostopna, prosimo, poskusite še enkrat.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrano prevzemno mesto in naslov za dostavo ter dokončali postopek rezervacije.
S klikom na gumb "V redu" boste potrdili zgoraj izbrani naslov za dostavo in dokončali postopek rezervacije.
Obvestilo
Trenutno je storitev za avtomatsko prijavo in rezervacijo nedostopna. Gradivo lahko rezervirate sami na portalu Biblos ali ponovno poskusite tukaj kasneje.
Gesla v Splošnem geslovniku COBISS
Izbira mesta prevzema
Gradivo iz matične enote je brezplačno. Če je gradivo na mesto prevzema dostavljeno iz drugih enot, lahko knjižnica to storitev zaračuna.
Mesto prevzema | Status gradiva | Rezervacija |
---|
Rezervacija v teku
Prosimo, počakajte trenutek.
Rezervacija je uspela.
Rezervacija ni uspela.
Rezervacija...
Članska izkaznica:
Mesto prevzema: