Glavobolja je čest simptom moždanog udara, a primarne glavobolje javljaju se kao čest komorbiditet. Migrena je primarna glavobolja od koje pate uglavnom mlađe žene i čija se prevalencija povećava do 50. godine života. Vjerojatnost razvoja ishemijskoga moždanog udara veća je u mlađih žena koje boluju od migrena s aurom. Genetika igra bitnu ulogu u patofiziologiji migrene i ishemijskoga moždanog udara (IMU), prvenstveno kodirajući proteine koji reguliraju funkciju endotela krvnih žila i produkciju čimbenika zgrušavanja krvi. Od rizičnih čimbenika valja spomenuti pretilost, hiperlipidemiju, hiperglikemiju i pušenje, kao i primjenu oralnih kontraceptiva. Neki kardijalni čimbenici, kao što je perzistentni foramen ovale, povećavaju rizik za razvoj migrene s aurom i ishemijskoga moždanog udara. Kako svi ovi nabrojani čimbenici utječu na samu patofiziologiju migrene i IMU, još je predmet istraživanja. Od ostalih vrsta cerebrovaskularnih bolesti postoje naznake da je i hemoragijski cerebrovaskularni inzult češći u mlađih žena s migrenom, iako su istraživanja još uvijek kontradiktorna. Ono što je ipak vidljivo je da žene koje imaju migrenu s aurom, te dobiju neki oblik hemoragijskoga cerebrovaskularnog inzulta, imaju i veću vjerojatnost lošijeg ishoda u vidu smrtnosti ili značajne invalidnosti. Migrene su češće i u nekim drugim cerebrovaskularnim bolestima, kao što su disekcija cervikalnih arterija, te u bolestima malih krvnih žila mozga, gdje presudan utjecaj imaju genetske promjene. Prisutnost vaskularne bolesti ograničava primjenu akutne i profilaktičke terapije migrene zbog vazokonstrikcijskog učinka. Mjere za sprječavanje moždanog udara u bolesnika s migrenom usmjerene su na kontroliranje čimbenika rizika.